+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6698 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of a eukaryotic voltage-gated sodium channel at near atomic resolution | |||||||||
マップデータ | overall map | |||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 membrane depolarization during action potential / voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / neuronal action potential / axon 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Periplaneta americana (ワモンゴキブリ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Shen H / Zhou Q / Pan X / Li Z / Wu J / Yan N | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2017 タイトル: Structure of a eukaryotic voltage-gated sodium channel at near-atomic resolution. 著者: Huaizong Shen / Qiang Zhou / Xiaojing Pan / Zhangqiang Li / Jianping Wu / Nieng Yan / 要旨: Voltage-gated sodium (Na) channels are responsible for the initiation and propagation of action potentials. They are associated with a variety of channelopathies and are targeted by multiple ...Voltage-gated sodium (Na) channels are responsible for the initiation and propagation of action potentials. They are associated with a variety of channelopathies and are targeted by multiple pharmaceutical drugs and natural toxins. Here, we report the cryogenic electron microscopy structure of a putative Na channel from American cockroach (designated NaPaS) at 3.8 angstrom resolution. The voltage-sensing domains (VSDs) of the four repeats exhibit distinct conformations. The entrance to the asymmetric selectivity filter vestibule is guarded by heavily glycosylated and disulfide bond-stabilized extracellular loops. On the cytoplasmic side, a conserved amino-terminal domain is placed below VSD, and a carboxy-terminal domain binds to the III-IV linker. The structure of NaPaS establishes an important foundation for understanding function and disease mechanism of Na and related voltage-gated calcium channels. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6698.map.gz | 28.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-6698-v30.xml emd-6698.xml | 16.1 KB 16.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_6698.png | 51.5 KB | ||
その他 | emd_6698_additional.map.gz | 28.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6698 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6698 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6698_validation.pdf.gz | 487.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_6698_full_validation.pdf.gz | 487.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6698_validation.xml.gz | 5.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_6698_validation.cif.gz | 6.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6698 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6698 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6698.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | overall map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.29 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-追加マップ: overall map with B factor of -300
ファイル | emd_6698_additional.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | overall map with B factor of -300 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : voltage-gated sodium channel
全体 | 名称: voltage-gated sodium channel |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: voltage-gated sodium channel
超分子 | 名称: voltage-gated sodium channel / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Periplaneta americana (ワモンゴキブリ) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Sodium channel protein
分子 | 名称: Sodium channel protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Periplaneta americana (ワモンゴキブリ) |
分子量 | 理論値: 183.875422 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MASWSHPQFE KGGGARGGSG GGSWSHPQFE KGFDYKDDDD KGTMADNSPL IREERQRLFR PYTRAMLTAP SAQPAKENGK TEENKDNSR DKGRGANKDR DGSAHPDQAL EQGSRLPARM RNIFPAELAS TPLEDFDPFY KNKKTFVVVT KAGDIFRFSG E KSLWMLDP ...文字列: MASWSHPQFE KGGGARGGSG GGSWSHPQFE KGFDYKDDDD KGTMADNSPL IREERQRLFR PYTRAMLTAP SAQPAKENGK TEENKDNSR DKGRGANKDR DGSAHPDQAL EQGSRLPARM RNIFPAELAS TPLEDFDPFY KNKKTFVVVT KAGDIFRFSG E KSLWMLDP FTPIRRVAIS TMVQPIFSYF IMITILIHCI FMIMPATQTT YILELVFLSI YTIEVVVKVL ARGFILHPFA YL RDPWNWL DFLVTLIGYI TLVVDLGHLY ALRAFRVLRS WRTVTIVPGW RTIVDALSLS ITSLKDLVLL LLFSLFVFAV LGL QIYMGV LTQKCVKHFP ADGSWGNFTD ERWFNYTSNS SHWYIPDDWI EYPLCGNSSG AGMCPPGYTC LQGYGGNPNY GYTS FDTFG WAFLSVFRLV TLDYWEDLYQ LALRSAGPWH ILFFIIVVFY GTFCFLNFIL AVVVMSYTHM VKRADEEKAA ERELK KEKK AASVANNTAN GQEQTTIEMN GDEAVVIDNN DQAARQQSDP ETPAPSVTQR LTDFLCVWDC CVPWQKLQGA IGAVVL SPF FELFIAVIIV LNITFMALDH HDMNIEFERI LRTGNYIFTS IYIVEAVLKI IALSPKFYFK DSWNVFDFII VVFAILE LG LEGVQGLSVF RSFRLLRVFR LAKFWPTLNN FMSVMTKSYG AFVNVMYVMF LLLFIFAIIG MQLFGMNYID NMERFPDG D LPRWNFTDFL HSFMIVFRAL CGEWIESMWD CMLVGDWSCI PFFVAVFFVG NLVILNLLIA LLLNNYGSFC TSPTSDEED SKDEDALAQI VRIFKRFKPN LNAVKLSPMK PDSEDIVESQ EIQGNNIADA EDVLAGEFPP DCCCNAFYKC FPSRPARDSS VQRMWSNIR RVCFLLAKNK YFQKFVTAVL VITSVLLALE DIYLPQRPVL VNITLYVDYV LTAFFVIEMI IMLFAVGFKK Y FTSKWYWL DFIVVVAYLL NFVLMCAGIE ALQTLRLLRV FRLFRPLSKV NGMQVVTSTL VEAVPHIFNV ILVGIFFWLV FA IMGVQLF AGKFYKCVDE NSTVLSHEIT MDRNDCLHEN YTWENSPMNF DHVGNAYLSL LQVATFKGWL QIMNDAIDSR EVH KQPIRE TNIYMYLYFI FFIVFGSFFI LKLFVCILID IFRQQRRKAE GLSATDSRTQ LIYRRAVMRT MSAKPVKRIP KPTC HPQSL MYDISVNRKF EYTMMILIIL NVAVMAIDHY GQSMEFSEVL DYLNLIFIII FFVECVIKVS GLRHHYFKDP WNIID FLYV VLAIAGLMLS DVIEKYFISP TLLRILRILR VGRLLRYFQS ARGMRLLLLA LRKALRTLFN VSFLLFVIMF VYAVFG MEF FMHIRDAGAI DDVYNFKTFG QSIILLFQLA TSAGWDGVYF AIANEEDCRA PDHELGYPGN CGSRALGIAY LVSYLII TC LVVINMYAAV ILDYVLEVYE DSKEGLTDDD YDMFFEVWQQ FDPEATQYIR YDQLSELLEA LQPPLQVQKP NKYKILSM N IPICKDDHIF YKDVLEALVK DVFSRRGSPV EAGDVQAPNV DEAEYKPVSS TLQRQREEYC VRLIQNAWRK HKQQN |
-分子 #2: N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE
分子 | 名称: N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 13 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
-分子 #3: BETA-D-MANNOSE
分子 | 名称: BETA-D-MANNOSE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 7 / 式: BMA |
---|---|
分子量 | 理論値: 180.156 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: 25 mM Tris-HCl, pH 7.4, 50mM NaCl, 0.1% digitonin, 2.5 mM D-Desthiobiotin and protease inhibitor cocktail |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K 詳細: Grids were blotted for 3.5 s and flash-frozen in liquid ethane cooled by liquid nitrogen.. |
詳細 | This sample was monodisperse |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-32 / 平均露光時間: 0.25 sec. / 平均電子線量: 1.5625 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 2.6 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.7 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 22500 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |