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- EMDB-6668: Cryo-EM structure of mTORC1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6668
タイトルCryo-EM structure of mTORC1
マップデータ
試料
  • 複合体: human mTOR complex 1
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase mTOR
    • タンパク質・ペプチド: Regulatory-associated protein of mTOR
    • タンパク質・ペプチド: Target of rapamycin complex subunit LST8
キーワードcryo structure mTOR complex / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent catabolic process / RNA polymerase III type 2 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase III type 1 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of cytoplasmic translational initiation / regulation of locomotor rhythm / T-helper 1 cell lineage commitment / positive regulation of pentose-phosphate shunt / positive regulation of wound healing, spreading of epidermal cells / TORC2 complex / regulation of membrane permeability ...positive regulation of SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent catabolic process / RNA polymerase III type 2 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase III type 1 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of cytoplasmic translational initiation / regulation of locomotor rhythm / T-helper 1 cell lineage commitment / positive regulation of pentose-phosphate shunt / positive regulation of wound healing, spreading of epidermal cells / TORC2 complex / regulation of membrane permeability / cellular response to leucine starvation / TFIIIC-class transcription factor complex binding / heart valve morphogenesis / negative regulation of lysosome organization / TORC1 complex / voluntary musculoskeletal movement / positive regulation of odontoblast differentiation / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / calcineurin-NFAT signaling cascade / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of keratinocyte migration / regulation of osteoclast differentiation / MTOR signalling / regulation of lysosome organization / energy reserve metabolic process / cellular response to L-leucine / regulation of autophagosome assembly / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / cellular response to nutrient / Amino acids regulate mTORC1 / cellular response to methionine / TORC2 signaling / positive regulation of osteoclast differentiation / negative regulation of cell size / cellular response to osmotic stress / anoikis / cell projection organization / inositol hexakisphosphate binding / cardiac muscle cell development / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of myelination / negative regulation of protein localization to nucleus / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / positive regulation of ruffle assembly / regulation of cell size / negative regulation of macroautophagy / positive regulation of myotube differentiation / Macroautophagy / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / germ cell development / positive regulation of actin filament polymerization / oligodendrocyte differentiation / TORC1 signaling / behavioral response to pain / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / TOR signaling / mTORC1-mediated signalling / response to amino acid / positive regulation of translational initiation / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / HSF1-dependent transactivation / regulation of macroautophagy / positive regulation of TOR signaling / protein kinase activator activity / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / enzyme-substrate adaptor activity / social behavior / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of lipid biosynthetic process / vascular endothelial cell response to laminar fluid shear stress / heart morphogenesis / neuronal action potential / regulation of cellular response to heat / positive regulation of lamellipodium assembly / phagocytic vesicle / T cell costimulation / cardiac muscle contraction / positive regulation of stress fiber assembly / positive regulation of endothelial cell proliferation / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / cytoskeleton organization / 14-3-3 protein binding / endomembrane system / cellular response to nutrient levels / positive regulation of glycolytic process / cellular response to amino acid starvation / cellular response to starvation / regulation of signal transduction by p53 class mediator / Regulation of PTEN gene transcription / negative regulation of autophagy / VEGFR2 mediated vascular permeability / regulation of autophagy / protein serine/threonine kinase activator activity / post-embryonic development / positive regulation of translation / TP53 Regulates Metabolic Genes / regulation of actin cytoskeleton organization
類似検索 - 分子機能
Raptor, N-terminal CASPase-like domain / Raptor N-terminal CASPase like domain / Raptor N-terminal CASPase like domain / Regulatory associated protein of TOR / Target of rapamycin complex subunit LST8 / Domain of unknown function DUF3385, target of rapamycin protein / Serine/threonine-protein kinase mTOR domain / Domain of unknown function / FKBP12-rapamycin binding domain / Serine/threonine-protein kinase TOR ...Raptor, N-terminal CASPase-like domain / Raptor N-terminal CASPase like domain / Raptor N-terminal CASPase like domain / Regulatory associated protein of TOR / Target of rapamycin complex subunit LST8 / Domain of unknown function DUF3385, target of rapamycin protein / Serine/threonine-protein kinase mTOR domain / Domain of unknown function / FKBP12-rapamycin binding domain / Serine/threonine-protein kinase TOR / FKBP12-rapamycin binding domain superfamily / FKBP12-rapamycin binding domain / HEAT repeat / HEAT repeat / Rapamycin binding domain / : / Serine/threonine-protein kinase ATR-like, HEAT repeats / : / FATC domain / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FATC / FATC domain / PIK-related kinase / FAT domain profile. / FATC domain profile. / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Armadillo-like helical / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / WD domain, G-beta repeat / Armadillo-type fold / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase mTOR / Regulatory-associated protein of mTOR / Target of rapamycin complex subunit LST8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Yang H / Wang J
資金援助 中国, 5件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of ChinaU1432242 中国
National Natural Science Foundation of China31425008 中国
National Natural Science Foundation of China91419301 中国
Basic Research Project of Shanghai Science and Technology Commission12JC1402700 中国
Program of Shanghai Subject Chief Scientist14XD1400500 中国
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2016
タイトル: 4.4 Å Resolution Cryo-EM structure of human mTOR Complex 1.
著者: Huirong Yang / Jia Wang / Mengjie Liu / Xizi Chen / Min Huang / Dan Tan / Meng-Qiu Dong / Catherine C L Wong / Jiawei Wang / Yanhui Xu / Hong-Wei Wang /
要旨: Mechanistic target of rapamycin (mTOR) complex 1 (mTORC1) integrates signals from growth factors, cellular energy levels, stress and amino acids to control cell growth and proliferation through ...Mechanistic target of rapamycin (mTOR) complex 1 (mTORC1) integrates signals from growth factors, cellular energy levels, stress and amino acids to control cell growth and proliferation through regulating translation, autophagy and metabolism. Here we determined the cryo-electron microscopy structure of human mTORC1 at 4.4 Å resolution. The mTORC1 comprises a dimer of heterotrimer (mTOR-Raptor-mLST8) mediated by the mTOR protein. The complex adopts a hollow rhomboid shape with 2-fold symmetry. Notably, mTORC1 shows intrinsic conformational dynamics. Within the complex, the conserved N-terminal caspase-like domain of Raptor faces toward the catalytic cavity of the kinase domain of mTOR. Raptor shows no caspase activity and therefore may bind to TOS motif for substrate recognition. Structural analysis indicates that FKBP12-Rapamycin may generate steric hindrance for substrate entry to the catalytic cavity of mTORC1. The structure provides a basis to understand the assembly of mTORC1 and a framework to characterize the regulatory mechanism of mTORC1 pathway.
履歴
登録2016年11月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年1月25日-
マップ公開2017年1月25日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0142
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0142
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5h64
  • 表面レベル: 0.0142
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6668.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6668.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.31 Å/pix.
x 300 pix.
= 391.962 Å		1.31 Å/pix.
x 300 pix.
= 391.962 Å		1.31 Å/pix.
x 300 pix.
= 391.962 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.30654 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0142 / ムービー #1: 0.0142
最小 - 最大-0.019926969 - 0.065701485
平均 (標準偏差)0.00028743307 (±0.0023469562)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 391.962 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.306541.306541.30654
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z391.962391.962391.962
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0200.0660.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : human mTOR complex 1

全体名称: human mTOR complex 1
要素
  • 複合体: human mTOR complex 1
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase mTOR
    • タンパク質・ペプチド: Regulatory-associated protein of mTOR
    • タンパク質・ペプチド: Target of rapamycin complex subunit LST8

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超分子 #1: human mTOR complex 1

超分子名称: human mTOR complex 1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1 MDa

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分子 #1: Serine/threonine-protein kinase mTOR

分子名称: Serine/threonine-protein kinase mTOR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 289.257969 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MLGTGPAAAT TAATTSSNVS VLQQFASGLK SRNEETRAKA AKELQHYVTM ELREMSQEES TRFYDQLNHH IFELVSSSDA NERKGGILA IASLIGVEGG NATRIGRFAN YLRNLLPSND PVVMEMASKA IGRLAMAGDT FTAEYVEFEV KRALEWLGAD R NEGRRHAA ...文字列:
MLGTGPAAAT TAATTSSNVS VLQQFASGLK SRNEETRAKA AKELQHYVTM ELREMSQEES TRFYDQLNHH IFELVSSSDA NERKGGILA IASLIGVEGG NATRIGRFAN YLRNLLPSND PVVMEMASKA IGRLAMAGDT FTAEYVEFEV KRALEWLGAD R NEGRRHAA VLVLRELAIS VPTFFFQQVQ PFFDNIFVAV WDPKQAIREG AVAALRACLI LTTQREPKEM QKPQWYRHTF EE AEKGFDE TLAKEKGMNR DDRIHGALLI LNELVRISSM EGERLREEME EITQQQLVHD KYCKDLMGFG TKPRHITPFT SFQ AVQPQQ SNALVGLLGY SSHQGLMGFG TSPSPAKSTL VESRCCRDLM EEKFDQVCQW VLKCRNSKNS LIQMTILNLL PRLA AFRPS AFTDTQYLQD TMNHVLSCVK KEKERTAAFQ ALGLLSVAVR SEFKVYLPRV LDIIRAALPP KDFAHKRQKA MQVDA TVFT CISMLARAMG PGIQQDIKEL LEPMLAVGLS PALTAVLYDL SRQIPQLKKD IQDGLLKMLS LVLMHKPLRH PGMPKG LAH QLASPGLTTL PEASDVGSIT LALRTLGSFE FEGHSLTQFV RHCADHFLNS EHKEIRMEAA RTCSRLLTPS IHLISGH AH VVSQTAVQVV ADVLSKLLVV GITDPDPDIR YCVLASLDER FDAHLAQAEN LQALFVALND QVFEIRELAI CTVGRLSS M NPAFVMPFLR KMLIQILTEL EHSGIGRIKE QSARMLGHLV SNAPRLIRPY MEPILKALIL KLKDPDPDPN PGVINNVLA TIGELAQVSG LEMRKWVDEL FIIIMDMLQD SSLLAKRQVA LWTLGQLVAS TGYVVEPYRK YPTLLEVLLN FLKTEQNQGT RREAIRVLG LLGALDPYKH KVNIGMIDQS RDASAVSLSE SKSSQDSSDY STSEMLVNMG NLPLDEFYPA VSMVALMRIF R DQSLSHHH TMVVQAITFI FKSLGLKCVQ FLPQVMPTFL NVIRVCDGAI REFLFQQLGM LVSFVKSHIR PYMDEIVTLM RE FWVMNTS IQSTIILLIE QIVVALGGEF KLYLPQLIPH MLRVFMHDNS PGRIVSIKLL AAIQLFGANL DDYLHLLLPP IVK LFDAPE APLPSRKAAL ETVDRLTESL DFTDYASRII HPIVRTLDQS PELRSTAMDT LSSLVFQLGK KYQIFIPMVN KVLV RHRIN HQRYDVLICR IVKGYTLADE EEDPLIYQHR MLRSGQGDAL ASGPVETGPM KKLHVSTINL QKAWGAARRV SKDDW LEWL RRLSLELLKD SSSPSLRSCW ALAQAYNPMA RDLFNAAFVS CWSELNEDQQ DELIRSIELA LTSQDIAEVT QTLLNL AEF MEHSDKGPLP LRDDNGIVLL GERAAKCRAY AKALHYKELE FQKGPTPAIL ESLISINNKL QQPEAAAGVL EYAMKHF GE LEIQATWYEK LHEWEDALVA YDKKMDTNKD DPELMLGRMR CLEALGEWGQ LHQQCCEKWT LVNDETQAKM ARMAAAAA W GLGQWDSMEE YTCMIPRDTH DGAFYRAVLA LHQDLFSLAQ QCIDKARDLL DAELTAMAGE SYSRAYGAMV SCHMLSELE EVIQYKLVPE RREIIRQIWW ERLQGCQRIV EDWQKILMVR SLVVSPHEDM RTWLKYASLC GKSGRLALAH KTLVLLLGVD PSRQLDHPL PTVHPQVTYA YMKNMWKSAR KIDAFQHMQH FVQTMQQQAQ HAIATEDQQH KQELHKLMAR CFLKLGEWQL N LQGINEST IPKVLQYYSA ATEHDRSWYK AWHAWAVMNF EAVLHYKHQN QARDEKKKLR HASGANITNA TTAATTAATA TT TASTEGS NSESEAESTE NSPTPSPLQK KVTEDLSKTL LMYTVPAVQG FFRSISLSRG NNLQDTLRVL TLWFDYGHWP DVN EALVEG VKAIQIDTWL QVIPQLIARI DTPRPLVGRL IHQLLTDIGR YHPQALIYPL TVASKSTTTA RHNAANKILK NMCE HSNTL VQQAMMVSEE LIRVAILWHE MWHEGLEEAS RLYFGERNVK GMFEVLEPLH AMMERGPQTL KETSFNQAYG RDLME AQEW CRKYMKSGNV KDLTQAWDLY YHVFRRISKQ LPQLTSLELQ YVSPKLLMCR DLELAVPGTY DPNQPIIRIQ SIAPSL QVI TSKQRPRKLT LMGSNGHEFV FLLKGHEDLR QDERVMQLFG LVNTLLANDP TSLRKNLSIQ RYAVIPLSTN SGLIGWV PH CDTLHALIRD YREKKKILLN IEHRIMLRMA PDYDHLTLMQ KVEVFEHAVN NTAGDDLAKL LWLKSPSSEV WFDRRTNY T RSLAVMSMVG YILGLGDRHP SNLMLDRLSG KILHIDFGDC FEVAMTREKF PEKIPFRLTR MLTNAMEVTG LDGNYRITC HTVMEVLREH KDSVMAVLEA FVYDPLLNWR LMDTNTKGNK RSRTRTDSYS AGQSVEILDG VELGEPAHKK TGTTVPESIH SFIGDGLVK PEALNKKAIQ IINRVRDKLT GRDFSHDDTL DVPTQVELLI KQATSHENLC QCYIGWCPFW

UniProtKB: Serine/threonine-protein kinase mTOR

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分子 #2: Regulatory-associated protein of mTOR

分子名称: Regulatory-associated protein of mTOR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 149.200016 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MESEMLQSPL LGLGEEDEAD LTDWNLPLAF MKKRHCEKIE GSKSLAQSWR MKDRMKTVSV ALVLCLNVGV DPPDVVKTTP CARLECWID PLSMGPQKAL ETIGANLQKQ YENWQPRARY KQSLDPTVDE VKKLCTSLRR NAKEERVLFH YNGHGVPRPT V NGEVWVFN ...文字列:
MESEMLQSPL LGLGEEDEAD LTDWNLPLAF MKKRHCEKIE GSKSLAQSWR MKDRMKTVSV ALVLCLNVGV DPPDVVKTTP CARLECWID PLSMGPQKAL ETIGANLQKQ YENWQPRARY KQSLDPTVDE VKKLCTSLRR NAKEERVLFH YNGHGVPRPT V NGEVWVFN KNYTQYIPLS IYDLQTWMGS PSIFVYDCSN AGLIVKSFKQ FALQREQELE VAAINPNHPL AQMPLPPSMK NC IQLAACE ATELLPMIPD LPADLFTSCL TTPIKIALRW FCMQKCVSLV PGVTLDLIEK IPGRLNDRRT PLGELNWIFT AIT DTIAWN VLPRDLFQKL FRQDLLVASL FRNFLLAERI MRSYNCTPVS SPRLPPTYMH AMWQAWDLAV DICLSQLPTI IEEG TAFRH SPFFAEQLTA FQVWLTMGVE NRNPPEQLPI VLQVLLSQVH RLRALDLLGR FLDLGPWAVS LALSVGIFPY VLKLL QSSA RELRPLLVFI WAKILAVDSS CQADLVKDNG HKYFLSVLAD PYMPAEHRTM TAFILAVIVN SYHTGQEACL QGNLIA ICL EQLNDPHPLL RQWVAICLGR IWQNFDSARW CGVRDSAHEK LYSLLSDPIP EVRCAAVFAL GTFVGNSAER TDHSTTI DH NVAMMLAQLV SDGSPMVRKE LVVALSHLVV QYESNFCTVA LQFIEEEKNY ALPSPATTEG GSLTPVRDSP CTPRLRSV S SYGNIRAVAT ARSLNKSLQN LSLTEESGGA VAFSPGNLST SSSASSTLGS PENEEHILSF ETIDKMRRAS SYSSLNSLI GVSFNSVYTQ IWRVLLHLAA DPYPEVSDVA MKVLNSIAYK ATVNARPQRV LDTSSLTQSA PASPTNKGVH IHQAGGSPPA SSTSSSSLT NDVAKQPVSR DLPSGRPGTT GPAGAQYTPH SHQFPRTRKM FDKGPEQTAD DADDAAGHKS FISATVQTGF C DWSARYFA QPVMKIPEEH DLESQIRKER EWRFLRNSRV RRQAQQVIQK GITRLDDQIF LNRNPGVPSV VKFHPFTPCI AV ADKDSIC FWDWEKGEKL DYFHNGNPRY TRVTAMEYLN GQDCSLLLTA TDDGAIRVWK NFADLEKNPE MVTAWQGLSD MLP TTRGAG MVVDWEQETG LLMSSGDVRI VRIWDTDREM KVQDIPTGAD SCVTSLSCDS HRSLIVAGLG DGSIRVYDRR MALS ECRVM TYREHTAWVV KASLQKRPDG HIVSVSVNGD VRIFDPRMPE SVNVLQIVKG LTALDIHPQA DLIACGSVNQ FTAIY NSSG ELINNIKYYD GFMGQRVGAI SCLAFHPHWP HLAVGSNDYY ISVYSVEKRV R

UniProtKB: Regulatory-associated protein of mTOR

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分子 #3: Target of rapamycin complex subunit LST8

分子名称: Target of rapamycin complex subunit LST8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 35.91009 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MNTSPGTVGS DPVILATAGY DHTVRFWQAH SGICTRTVQH QDSQVNALEV TPDRSMIAAA GYQHIRMYDL NSNNPNPIIS YDGVNKNIA SVGFHEDGRW MYTGGEDCTA RIWDLRSRNL QCQRIFQVNA PINCVCLHPN QAELIVGDQS GAIHIWDLKT D HNEQLIPE ...文字列:
MNTSPGTVGS DPVILATAGY DHTVRFWQAH SGICTRTVQH QDSQVNALEV TPDRSMIAAA GYQHIRMYDL NSNNPNPIIS YDGVNKNIA SVGFHEDGRW MYTGGEDCTA RIWDLRSRNL QCQRIFQVNA PINCVCLHPN QAELIVGDQS GAIHIWDLKT D HNEQLIPE PEVSITSAHI DPDASYMAAV NSTGNCYVWN LTGGIGDEVT QLIPKTKIPA HTRYALQCRF SPDSTLLATC SA DQTCKIW RTSNFSLMTE LSIKSGNPGE SSRGWMWGCA FSGDSQYIVT ASSDNLARLW CVETGEIKRE YGGHQKAVVC LAF NDSVLG

UniProtKB: Target of rapamycin complex subunit LST8

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称
20.0 mMHEPES
150.0 mMNaCl
1.0 mMTCEP
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7676 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7420 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 0-31 / 実像数: 2997 / 平均露光時間: 0.25 sec. / 平均電子線量: 8.25 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.5 µm / 倍率（補正後）: 22500 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 486584
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND3 (ver. 3) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 115039
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-5h64:
Cryo-EM structure of mTORC1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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