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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6398 | |||||||||
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タイトル | Electron cryo-microscopy of a Propionibacterium acnes phage | |||||||||
![]() | Reconstruction of Propionibacterium acnes phage | |||||||||
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![]() | acne / bacteriophage / cryoEM / HK97-like | |||||||||
機能・相同性 | Gp6![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
![]() | Chiou J / Zhang X / Marinelli LJ / Modlin RL / Zhou ZH | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Capsid Structure of the Propionibacterium acnes Bacteriophage ATCC_Clear 著者: Chiou J / Zhang X / Marinelli LJ / Modlin RL / Zhou ZH | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 466 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 8.9 KB 8.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 205.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of Propionibacterium acnes phage | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Propionibacterium acnes bacteriophage ATCC_Clear capsid structure
全体 | 名称: Propionibacterium acnes bacteriophage ATCC_Clear capsid structure |
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要素 |
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-超分子 #1000: Propionibacterium acnes bacteriophage ATCC_Clear capsid structure
超分子 | 名称: Propionibacterium acnes bacteriophage ATCC_Clear capsid structure タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 33 MDa / 手法: SDS-PAGE/MS |
-超分子 #1: Propionibacterium phage PA6
超分子 | 名称: Propionibacterium phage PA6 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Propionibacterium acnes bacteriophage / 詳細: Mature virions, DNA inside masked / NCBI-ID: 376758 / 生物種: Propionibacterium phage PA6 / Sci species strain: ATCC 29399B_C / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Propionibacterium acnes bacteriophage |
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宿主 | 生物種: ![]() |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 660 Å / T番号(三角分割数): 7 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
グリッド | 詳細: Purified sample was applied to a Quantifoil grid |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 15 seconds before plunging |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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日付 | 2014年5月16日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 3168 / 平均電子線量: 25 e/Å2 詳細: Every image is the average of twelve frames recorded by the direct electron detector. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 38462 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.27 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 38462 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
詳細 | The particles were selected using an in-house selection procedure. |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: FREALIGN / 使用した粒子像数: 27504 |