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- PDB-5wtf: Cryo-EM structure for Hepatitis A virus empty particle -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wtf
タイトルCryo-EM structure for Hepatitis A virus empty particle
要素
  • VP0
  • VP1
  • VP3
キーワードVIRUS / HAV / Neutralizing mechanism / Receptor recognition / Viral entry
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell mitochondrial outer membrane / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / picornain 3C / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / host multivesicular body / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport ...host cell mitochondrial outer membrane / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / picornain 3C / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / host multivesicular body / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / symbiont entry into host cell / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Hepatitis A virus, protein VP1-2A / : / Hepatitis A virus viral protein VP / 2B protein soluble domain / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Jelly Rolls - #20 / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. ...Hepatitis A virus, protein VP1-2A / : / Hepatitis A virus viral protein VP / 2B protein soluble domain / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Jelly Rolls - #20 / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis A virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Wang, X. / Zhu, L. / Dang, M. / Hu, Z. / Gao, Q. / Yuan, S. / Sun, Y. / Zhang, B. / Ren, J. / Walter, T.S. ...Wang, X. / Zhu, L. / Dang, M. / Hu, Z. / Gao, Q. / Yuan, S. / Sun, Y. / Zhang, B. / Ren, J. / Walter, T.S. / Wang, J. / Fry, E.E. / Stuart, D.I. / Rao, Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation31570717 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2017
タイトル: Potent neutralization of hepatitis A virus reveals a receptor mimic mechanism and the receptor recognition site.
著者: Xiangxi Wang / Ling Zhu / Minghao Dang / Zhongyu Hu / Qiang Gao / Shuai Yuan / Yao Sun / Bo Zhang / Jingshan Ren / Abhay Kotecha / Thomas S Walter / Junzhi Wang / Elizabeth E Fry / David I Stuart / Zihe Rao /
要旨: Hepatitis A virus (HAV) infects ∼1.4 million people annually and, although there is a vaccine, there are no licensed therapeutic drugs. HAV is unusually stable (making disinfection problematic) and ...Hepatitis A virus (HAV) infects ∼1.4 million people annually and, although there is a vaccine, there are no licensed therapeutic drugs. HAV is unusually stable (making disinfection problematic) and little is known of how it enters cells and releases its RNA. Here we report a potent HAV-specific monoclonal antibody, R10, which neutralizes HAV infection by blocking attachment to the host cell. High-resolution cryo-EM structures of HAV full and empty particles and of the complex of HAV with R10 Fab reveal the atomic details of antibody binding and point to a receptor recognition site at the pentamer interface. These results, together with our observation that the R10 Fab destabilizes the capsid, suggest the use of a receptor mimic mechanism to neutralize virus infection, providing new opportunities for therapeutic intervention.
履歴
登録2016年12月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月8日Group: Database references
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: atom_sites / cell ...atom_sites / cell / em_sample_support / em_software
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB / _em_sample_support.grid_type / _em_software.name
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-6687
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6687
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP1
B: VP0
C: VP3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,7633
ポリマ－75,7633
非ポリマー00
水00
1
A: VP1
B: VP0
C: VP3
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,545,775180
ポリマ－4,545,775180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: VP1
B: VP0
C: VP3
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 379 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)378,81515
ポリマ－378,81515
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: VP1
B: VP0
C: VP3
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 455 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)454,57718
ポリマ－454,57718
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: VP1
B: VP0
C: VP3
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 4.55 MDa, 180 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,545,775180
ポリマ－4,545,775180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
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34generate(-0.13819667, -0.42532545, -0.89442715), (0.95105653, -0.30901699, -6.0E-8), (-0.27639317, -0.85065078, 0.44721366)
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37generate(0.63819651, -0.26286558, -0.72360687), (0.26286559, -0.80901699, 0.5257311), (-0.72360686, -0.5257311, -0.44721351)
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54generate(-0.86180337, -0.42532546, 0.27639323), (-0.42532546, 0.309017, -0.85065079), (0.27639322, -0.85065077, -0.44721363)
55generate(-0.67082042, 0.68819092, 0.27639322), (0.1624598, 0.5, -0.85065082), (-0.72360679, -0.52573115, -0.44721357)
56generate(-0.36180339, -0.58778525, -0.7236068), (-0.26286559, 0.809017, -0.52573109), (0.89442719, 4.0E-8, -0.44721361)
57generate(-0.67082042, 0.16245979, -0.72360678), (0.68819094, 0.50000001, -0.52573115), (0.27639322, -0.85065081, -0.44721357)
58generate(-0.05278649, 0.68819092, -0.72360682), (0.68819094, -0.5, -0.52573116), (-0.72360682, -0.52573115, -0.44721351)
59generate(0.63819652, 0.26286559, -0.72360686), (-0.26286559, -0.809017, -0.5257311), (-0.72360686, 0.52573109, -0.44721351)
60generate(0.44721357, -0.52573105, -0.72360685), (-0.85065085, -0.52573106), (0.27639315, 0.85065083, -0.44721357)

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要素

#1: タンパク質 VP1


分子量: 25161.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepatitis A virus (ウイルス) / 器官: Homo sapiens / 細胞株 (発現宿主): vero / 発現宿主: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 参照: UniProt: P08617*PLUS
#2: タンパク質 VP0


分子量: 22765.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepatitis A virus (ウイルス) / 器官: Homo sapiens / 細胞株 (発現宿主): vero / 発現宿主: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 参照: UniProt: P08617*PLUS
#3: タンパク質 VP3


分子量: 27835.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepatitis A virus (ウイルス) / 細胞株 (発現宿主): vero / 発現宿主: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 参照: UniProt: P08617*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Hepatitis A virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 6 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Hepatitis A virus (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 細胞: vero / プラスミド: no plasmids
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Homo sapiens
ウイルス殻名称: capsid / 直径: 300 nm / 三角数 (T数): 1
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS Buffer
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 298 K / 詳細: blot for 3s seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Calibrated defocus min: 1200 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3000 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: OTHER
撮影平均露光時間: 1.8 sec. / 電子線照射量: 1.2 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 500
画像スキャン横: 3710 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 25 / 利用したフレーム数/画像: 1-25

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.10_2155: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1EMAN2粒子像選択EMAN2 e2boxer.py was used to automatically select particle images
4Gctf3CTF補正
7CHIMERAモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
11RELION1.3最終オイラー角割当
13RELION1.3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 5000
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 4000 / クラス平均像の数: 45 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 150 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0085490
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.7667485
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.8684369
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.049840
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.005955

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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