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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wda | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the PulG pseudopilus | ||||||||||||
要素 | General secretion pathway protein G | ||||||||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / helical polymer / bacterial secretion / cryo-EM | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / membrane => GO:0016020 / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Klebsiella oxytoca (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Lopez-Castilla, A. / Thomassin, J.L. / Bardiaux, B. / Zheng, W. / Nivaskumar, M. / Yu, X. / Nilges, M. / Egelman, E.H. / Izadi-Pruneyre, N. / Francetic, O. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, フランス, European Union, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2017 タイトル: Structure of the calcium-dependent type 2 secretion pseudopilus. 著者: Aracelys López-Castilla / Jenny-Lee Thomassin / Benjamin Bardiaux / Weili Zheng / Mangayarkarasi Nivaskumar / Xiong Yu / Michael Nilges / Edward H Egelman / Nadia Izadi-Pruneyre / Olivera Francetic / 要旨: Many Gram-negative bacteria use type 2 secretion systems (T2SSs) to secrete proteins involved in virulence and adaptation. Transport of folded proteins via T2SS nanomachines requires the assembly of ...Many Gram-negative bacteria use type 2 secretion systems (T2SSs) to secrete proteins involved in virulence and adaptation. Transport of folded proteins via T2SS nanomachines requires the assembly of inner membrane-anchored fibres called pseudopili. Although efficient pseudopilus assembly is essential for protein secretion, structure-based functional analyses are required to unravel the mechanistic link between these processes. Here, we report an atomic model for a T2SS pseudopilus from Klebsiella oxytoca, obtained by fitting the NMR structure of its calcium-bound subunit PulG into the ~5-Å-resolution cryo-electron microscopy reconstruction of assembled fibres. This structure reveals the comprehensive network of inter-subunit contacts and unexpected features, including a disordered central region of the PulG helical stem, and highly flexible C-terminal residues on the fibre surface. NMR, mutagenesis and functional analyses highlight the key role of calcium in PulG folding and stability. Fibre disassembly in the absence of calcium provides a basis for pseudopilus length control, essential for protein secretion, and supports the Archimedes screw model for the type 2 secretion mechanism. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5wda.cif.gz | 999.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5wda.ent.gz | 873.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5wda.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5wda_validation.pdf.gz | 862.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5wda_full_validation.pdf.gz | 897.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5wda_validation.xml.gz | 60.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5wda_validation.cif.gz | 103 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/5wda ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/5wda | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14525.482 Da / 分子数: 25 / 断片: UNP residues 7-140 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) / 遺伝子: pulG, AB185_31145, SAMEA2273639_02747 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0G3SCW3 #2: 化合物 | ChemComp-CA / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: PulG pseudopilus / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Klebsiella oxytoca (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 20 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1819 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 83.2 ° / 軸方向距離/サブユニット: 10.2 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 85619 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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