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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5uf6 | |||||||||
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タイトル | The 2.8 A Electron Microscopy Structure of Adeno-Associated Virus-DJ Bound by a Heparanoid Pentasaccharide | |||||||||
要素 | capsid protein VP1 | |||||||||
キーワード | VIRUS LIKE PARTICLE / glycan / receptor / attachment | |||||||||
機能・相同性 | Empty Capsid Viral Protein 2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Beta Complex / Mainly Beta / fondaparinux 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Xie, Q. / Spear, J.M. / Noble, A.J. / Sousa, D.R. / Meyer, N.L. / Davulcu, O. / Zhang, F. / Linhardt, R.J. / Stagg, S.M. / Chapman, M. | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Ther Methods Clin Dev / 年: 2017 タイトル: The 2.8 Å Electron Microscopy Structure of Adeno-Associated Virus-DJ Bound by a Heparinoid Pentasaccharide. 著者: Qing Xie / John M Spear / Alex J Noble / Duncan R Sousa / Nancy L Meyer / Omar Davulcu / Fuming Zhang / Robert J Linhardt / Scott M Stagg / Michael S Chapman / 要旨: Atomic structures of adeno-associated virus (AAV)-DJ, alone and in complex with fondaparinux, have been determined by cryoelectron microscopy at 3 Å resolution. The gene therapy vector, AAV-DJ, is ...Atomic structures of adeno-associated virus (AAV)-DJ, alone and in complex with fondaparinux, have been determined by cryoelectron microscopy at 3 Å resolution. The gene therapy vector, AAV-DJ, is a hybrid of natural serotypes that was previously derived by directed evolution, selecting for hepatocyte entry and resistance to neutralization by human serum. The structure of AAV-DJ differs from that of parental serotypes in two regions where neutralizing antibodies bind, so immune escape appears to have been the primary driver of AAV-DJ's directed evolution. Fondaparinux is an analog of cell surface heparan sulfate to which several AAVs bind during entry. Fondaparinux interacts with viral arginines at a known heparin binding site, without the large conformational changes whose presence was controversial in low-resolution imaging of AAV2-heparin complexes. The glycan density suggests multi-modal binding that could accommodate sequence variation and multivalent binding along a glycan polymer, consistent with a role in attachment, prior to more specific interactions with a receptor protein mediating entry. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5uf6.cif.gz | 123.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5uf6.ent.gz | 92.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5uf6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5uf6_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5uf6_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5uf6_validation.xml.gz | 24.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5uf6_validation.cif.gz | 34.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/5uf6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/5uf6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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| x 60
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| x 5
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| x 6
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58577.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス) 株: hybrid of serotypes 2, 8, and 9 / 遺伝子: CAPSID / プラスミド: pFBDDJM11 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): SF9 |
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#2: 多糖 | 2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2- ...2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-3,6-di-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-methyl 2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranoside / fondaparinux |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Adeno-associated virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 3.75 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス) 株: hybrid of serotypes 2, 8, and 9 | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株: SF9 / プラスミド: pFBDDJM11 | ||||||||||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: 60 viral subunits form the icosahedral capsid | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K 詳細: blot force = 1, blot time = 3 seconds, total blots = 1 |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 29000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 750 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.4 sec. / 電子線照射量: 66 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1051 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 45 / 利用したフレーム数/画像: 1-45 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 120166 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 107454 / 対称性のタイプ: POINT |