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- PDB-5t5h: Structure and assembly model for the Trypanosoma cruzi 60S riboso... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t5h
タイトルStructure and assembly model for the Trypanosoma cruzi 60S ribosomal subunit
要素
  • (60S ribosomal protein ...) x 23
  • (RNA LARGE SUBUNIT ...) x 2
  • (Ribosomal protein ...) x 13
  • 40S ribosomal protein L14
  • 5.8S rRNA
  • 5S rRNA
  • 60S ribosomal subunit protein L31
  • srRNA1
  • srRNA2
  • srRNA3
  • srRNA4
キーワードRIBOSOME / Trypanosoma cruzi / ribosomal subunit / assmebly / multiply fragmented rRNAs / 2.5 angstrom cryo-EM structure
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA / cytosolic ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / structural constituent of chromatin / nucleosome / large ribosomal subunit / nucleosome assembly / ribosome biogenesis ...protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA / cytosolic ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / structural constituent of chromatin / nucleosome / large ribosomal subunit / nucleosome assembly / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / membrane / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Linker histone H1/H5 / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L28e / : / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L18e / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family ...Linker histone H1/H5 / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L28e / : / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L18e / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L19, eukaryotic / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / : / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L30e signature 1. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein L14e domain / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L7A/L8 / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L6e / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L14, KOW motif / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal L37ae protein family / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19e / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein L35A / Ribosomal protein L35Ae / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 / Ribosomal protein L35A superfamily / Ribosomal protein L4/L1e, eukaryotic/archaeal, conserved site / Ribosomal protein L1e signature. / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L31e domain superfamily / Ribosomal protein L31e / Ribosomal_L31e / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e, conserved site / Ribosomal protein L21 superfamily / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e signature. / Ribosomal protein L37e, conserved site / Ribosomal protein L37e signature. / Ribosomal protein L24e-related / Ribosomal protein L24e/L24 superfamily / Ribosomal protein L24e / Ribosomal protein L37e / Ribosomal protein L22/L17, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L37e / Ribosomal protein L4, eukaryotic and archaeal type / Ribosomal_L15e / Ribosomal protein L15e / Ribosomal protein L15e core domain superfamily / Ribosomal protein L3, domain 3, archaeal type superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein eL28 / 60S ribosomal protein L11, putative / 60S ribosomal protein L29 / 60S ribosomal protein L4, putative / Ribosomal protein L15 / 60S ribosomal protein L5, putative ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein eL28 / 60S ribosomal protein L11, putative / 60S ribosomal protein L29 / 60S ribosomal protein L4, putative / Ribosomal protein L15 / 60S ribosomal protein L5, putative / 60S ribosomal protein L44, putative / 60S ribosomal protein L32, putative / 60S ribosomal protein L37a, putative / Large ribosomal subunit protein eL34 / 60S ribosomal protein L17, putative / Ribosomal protein L21E (60S), putative / 60S ribosomal protein L26, putative / 60S ribosomal protein L30, putative / 60S ribosomal protein L6, putative / 60S ribosomal protein L7, putative / 60S ribosomal protein L2, putative / 40S ribosomal protein L14, putative / Ribosomal protein L38, putative / Ribosomal protein L39, putative / Ribosomal protein L37 / 60S ribosomal protein L18a / Large ribosomal subunit protein eL22 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Ribosomal protein L24, putative / 60S ribosomal protein L35, putative / 60S ribosomal protein L23a, putative / Large ribosomal subunit protein uL15 / 60S ribosomal protein L23, putative / Ribosomal protein L35A, putative / 60S ribosomal protein L13 / 60S ribosomal protein L7a / Ribosomal protein L19-like protein / Ribosomal protein L27 / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L36 / 60S ribosomal subunit protein L31 / 60S ribosomal protein L13a
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Liu, Z. / Gutierrez-Vargas, C. / Wei, J. / Grassucci, R.A. / Ramesh, M. / Espina, N. / Sun, M. / Tutuncuoglu, B. / Madison-Antenucci, S. / Woolford Jr., J.L. ...Liu, Z. / Gutierrez-Vargas, C. / Wei, J. / Grassucci, R.A. / Ramesh, M. / Espina, N. / Sun, M. / Tutuncuoglu, B. / Madison-Antenucci, S. / Woolford Jr., J.L. / Tong, L. / Frank, J.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM29169 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)35GM118093 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM028301 米国
National Science Foundation (NSF, United States)GRFP DGE-11-44155 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)HHMI 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2016
タイトル: Structure and assembly model for the Trypanosoma cruzi 60S ribosomal subunit.
著者: Zheng Liu / Cristina Gutierrez-Vargas / Jia Wei / Robert A Grassucci / Madhumitha Ramesh / Noel Espina / Ming Sun / Beril Tutuncuoglu / Susan Madison-Antenucci / John L Woolford / Liang Tong / Joachim Frank /
要旨: Ribosomes of trypanosomatids, a family of protozoan parasites causing debilitating human diseases, possess multiply fragmented rRNAs that together are analogous to 28S rRNA, unusually large rRNA ...Ribosomes of trypanosomatids, a family of protozoan parasites causing debilitating human diseases, possess multiply fragmented rRNAs that together are analogous to 28S rRNA, unusually large rRNA expansion segments, and r-protein variations compared with other eukaryotic ribosomes. To investigate the architecture of the trypanosomatid ribosomes, we determined the 2.5-Å structure of the Trypanosoma cruzi ribosome large subunit by single-particle cryo-EM. Examination of this structure and comparative analysis of the yeast ribosomal assembly pathway allowed us to develop a stepwise assembly model for the eight pieces of the large subunit rRNAs and a number of ancillary "glue" proteins. This model can be applied to the characterization of Trypanosoma brucei and Leishmania spp. ribosomes as well. Together with other details, our atomic-level structure may provide a foundation for structure-based design of antitrypanosome drugs.
履歴
登録2016年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月16日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / em_image_scans ...citation / em_image_scans / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32018年3月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Other / Structure summary
カテゴリ: cell / database_PDB_caveat ...cell / database_PDB_caveat / em_entity_assembly / entity
Item: _cell.length_a / _cell.length_b ..._cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c / _em_entity_assembly.name / _entity.pdbx_description
改定 1.42019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52019年12月18日Group: Advisory / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_sites / cell ...atom_sites / cell / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8361
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA LARGE SUBUNIT ALPHA
B: RNA LARGE SUBUNIT BETA
C: 5.8S rRNA
D: 5S rRNA
E: srRNA1
F: srRNA3
G: srRNA2
H: srRNA4
I: 60S ribosomal protein L18
L: 60S ribosomal protein L11
N: 60S ribosomal protein L13
O: 60S ribosomal protein L13a
P: 40S ribosomal protein L14
Q: Ribosomal protein L15
R: 60S ribosomal protein L17
S: 60S ribosomal protein L18a
T: Ribosomal protein L19-like protein
U: Ribosomal protein L21E (60S)
V: 60S ribosomal protein L22
W: 60S ribosomal protein L23
X: 60S ribosomal protein L23a
Y: Ribosomal protein L24
Z: 60S ribosomal protein L26
a: Ribosomal protein L27
b: 60S ribosomal protein L27A/L29
c: 60S ribosomal protein L28
d: Ribosomal protein L29
e: 60S ribosomal protein L2
f: Ribosomal protein L13
g: 60S ribosomal protein L30
h: 60S ribosomal subunit protein L31
i: 60S ribosomal protein L32
j: 60S ribosomal protein L34
k: 60S ribosomal protein L35
l: Ribosomal protein L35A
m: Ribosomal protein L36
n: Ribosomal protein L37
o: 60S ribosomal protein L37a
p: Ribosomal protein L38
q: Ribosomal protein L39
r: 60S ribosomal protein L4
t: 60S ribosomal protein L44
u: 60S ribosomal protein L5
v: 60S ribosomal protein L6
w: 60S ribosomal protein L7
x: Ribosomal protein L7a-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,591,694154
ポリマ－1,588,94646
非ポリマー2,748108
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

-
RNA LARGE SUBUNIT ... , 2種, 2分子 AB

#1: RNA鎖 RNA LARGE SUBUNIT ALPHA


分子量: 414400.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
#2: RNA鎖 RNA LARGE SUBUNIT BETA / Trypanosoma cruzi 5.8S ribosomal RNA / internal transcribed spacers 1-7 (ITS1-ITS7) / and 28S ribosomal RNA


分子量: 303899.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

-
RNA鎖 , 6種, 6分子 CDEFGH

#3: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 54425.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
#4: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38047.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
#5: RNA鎖 srRNA1


分子量: 46982.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
#6: RNA鎖 srRNA3


分子量: 14572.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
#7: RNA鎖 srRNA2


分子量: 39608.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
#8: RNA鎖 srRNA4


分子量: 29374.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

+
60S ribosomal protein ... , 23種, 23分子 ILNORSVWXZbcegijkortuvw

#9: タンパク質 60S ribosomal protein L18


分子量: 21595.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DZP2
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L11


分子量: 7672.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4CNF4
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L13


分子量: 23690.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4E661
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L13a


分子量: 23412.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: V5DCT1
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L17


分子量: 17545.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DC23
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L18a


分子量: 20595.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DZ31
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L22


分子量: 11872.974 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DZN3
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L23


分子量: 13651.026 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4E4R0
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L23a


分子量: 13444.673 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4E2Y1
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L26


分子量: 13107.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DG45
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L27A/L29


分子量: 16103.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4E4Q8
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L28


分子量: 13836.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: O00822
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L2


分子量: 26737.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DPQ8
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L30


分子量: 7508.954 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DIC9
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L32


分子量: 13218.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4D1H8
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L34


分子量: 12302.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DB26
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L35


分子量: 14526.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4E2E0
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L37a / Ribosomal proteins L37 / putative


分子量: 9609.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DAV9
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L4


分子量: 37228.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4CQW2
#42: タンパク質 60S ribosomal protein L44


分子量: 10908.060 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4CV79
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L5


分子量: 28665.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4CU61
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L6


分子量: 19042.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DIV9
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L7


分子量: 24898.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DNZ7

-
タンパク質 , 2種, 2分子 Ph

#13: タンパク質 40S ribosomal protein L14


分子量: 17483.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DQ35
#31: タンパク質 60S ribosomal subunit protein L31


分子量: 19483.080 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: V5C333

-
Ribosomal protein ... , 13種, 13分子 QTUYadflmnpqx

#14: タンパク質 Ribosomal protein L15


分子量: 24154.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4CTG9
#17: タンパク質 Ribosomal protein L19-like protein


分子量: 18187.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q9BMP1
#18: タンパク質 Ribosomal protein L21E (60S)


分子量: 16584.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DED2
#22: タンパク質 Ribosomal protein L24


分子量: 7363.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4E078
#24: タンパク質 Ribosomal protein L27


分子量: 15419.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q9U4H7
#27: タンパク質 Ribosomal protein L29


分子量: 7378.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4CPD8
#29: タンパク質 Ribosomal protein L13


分子量: 45359.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: V5B599
#35: タンパク質 Ribosomal protein L35A


分子量: 15513.169 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4E581
#36: タンパク質 Ribosomal protein L36


分子量: 10819.966 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: V5BDJ2
#37: タンパク質 Ribosomal protein L37


分子量: 9734.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DXW6
#39: タンパク質 Ribosomal protein L38


分子量: 6840.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DQ60
#40: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein L39


分子量: 6436.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DVC6
#46: タンパク質 Ribosomal protein L7a-like protein


分子量: 25701.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q9BMP0

-
非ポリマー , 3種, 191分子

#47: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#48: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#49: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: trypanosoma cruzi 60S ribosomal subunit / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#46 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
緩衝液pH: 7.2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantfoil
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 27 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: EPU / カテゴリ: 画像取得
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 235000 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 56 / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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