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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5me1 | ||||||
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タイトル | Structure of the 30S Pre-Initiation Complex 2 (30S IC-2) Stalled by GE81112 | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / Initiation of Translation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribosome disassembly / guanosine tetraphosphate binding / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / ribosomal small subunit binding / chaperone-mediated protein folding / negative regulation of translational initiation ...ribosome disassembly / guanosine tetraphosphate binding / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / ribosomal small subunit binding / chaperone-mediated protein folding / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / translation initiation factor activity / response to cold / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of RNA splicing / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / translational initiation / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome biogenesis / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / molecular adaptor activity / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) Thermus thermophilus (バクテリア) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.5 Å | ||||||
データ登録者 | Lopez-Alonso, J.P. / Fabbretti, A. / Kaminishi, T. / Iturrioz, I. / Brandi, L. / Gil Carton, D. / Gualerzi, C. / Fucini, P. / Connell, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2017 タイトル: Structure of a 30S pre-initiation complex stalled by GE81112 reveals structural parallels in bacterial and eukaryotic protein synthesis initiation pathways. 著者: Jorge P López-Alonso / Attilio Fabbretti / Tatsuya Kaminishi / Idoia Iturrioz / Letizia Brandi / David Gil-Carton / Claudio O Gualerzi / Paola Fucini / Sean R Connell / 要旨: In bacteria, the start site and the reading frame of the messenger RNA are selected by the small ribosomal subunit (30S) when the start codon, typically an AUG, is decoded in the P-site by the ...In bacteria, the start site and the reading frame of the messenger RNA are selected by the small ribosomal subunit (30S) when the start codon, typically an AUG, is decoded in the P-site by the initiator tRNA in a process guided and controlled by three initiation factors. This process can be efficiently inhibited by GE81112, a natural tetrapeptide antibiotic that is highly specific toward bacteria. Here GE81112 was used to stabilize the 30S pre-initiation complex and obtain its structure by cryo-electron microscopy. The results obtained reveal the occurrence of changes in both the ribosome conformation and initiator tRNA position that may play a critical role in controlling translational fidelity. Furthermore, the structure highlights similarities with the early steps of initiation in eukaryotes suggesting that shared structural features guide initiation in all kingdoms of life. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5me1.cif.gz | 1.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5me1.ent.gz | 1.1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5me1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5me1_validation.pdf.gz | 584.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5me1_full_validation.pdf.gz | 773.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5me1_validation.xml.gz | 119.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5me1_validation.cif.gz | 193.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/5me1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/5me1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 2種, 2分子 AX
#1: RNA鎖 | 分子量: 497404.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: GenBank: 802133627 |
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#26: RNA鎖 | 分子量: 24818.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Taken from PDB entry 3JCN / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: GenBank: 731469900 |
-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTU
#2: タンパク質 | 分子量: 26781.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V0 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 26031.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V3 |
#4: タンパク質 | 分子量: 23514.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V8 |
#5: タンパク質 | 分子量: 17629.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W1 |
#6: タンパク質 | 分子量: 15211.058 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P02358 |
#7: タンパク質 | 分子量: 17637.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P02359 |
#8: タンパク質 | 分子量: 14146.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W7 |
#9: タンパク質 | 分子量: 14886.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7X3 |
#10: タンパク質 | 分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R5 |
#11: タンパク質 | 分子量: 13870.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R9 |
#12: タンパク質 | 分子量: 13683.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S3 |
#13: タンパク質 | 分子量: 13128.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsM, b3298, JW3260 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S9 |
#14: タンパク質 | 分子量: 11606.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG59 |
#15: タンパク質 | 分子量: 10290.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADZ4 |
#16: タンパク質 | 分子量: 11464.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: D8AGC4, UniProt: A0A0U4BH30*PLUS |
#17: タンパク質 | 分子量: 9724.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG63 |
#18: タンパク質 | 分子量: 9005.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T7 |
#19: タンパク質 | 分子量: 10455.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U3 |
#20: タンパク質 | 分子量: 9708.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U7 |
#21: タンパク質 | 分子量: 8524.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P68679 |
-Translation initiation factor IF- ... , 4種, 4分子 VWYZ
#22: タンパク質 | 分子量: 8247.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Taken from PDB entry 1HR0 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: infA, TTHA1669 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SHR1 |
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#23: タンパク質 | 分子量: 97498.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Taken from PDB entry 3JCN / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: infB, gicD, ssyG, b3168, JW3137 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A705 |
#24: タンパク質 | 分子量: 19717.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Taken from PDB entry 1TIF 由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 遺伝子: infC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03000 |
#25: タンパク質 | 分子量: 16667.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Taken from PDB entry 2IFE / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A192C6K3, UniProt: P0A707*PLUS |
-非ポリマー , 1種, 1分子
#27: 化合物 | ChemComp-FME / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 30S Pre-Initiation Complex IC-2 Stalled by GE81112 / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#26 / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.7 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 278 K |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL 2200FSC |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 50000 X / 倍率(補正後): 74183 X / Cs: 2 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 0.3 sec. / 電子線照射量: 17 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 261 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter |
画像スキャン | 横: 4096 / 縦: 4096 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 174142 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 13.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 26776 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT 詳細: The fitting of the model to the EM volume was performed through rigid body fitting. The head and the body of the 30S were treated as independent bodies. Due to the low resolution of the ...詳細: The fitting of the model to the EM volume was performed through rigid body fitting. The head and the body of the 30S were treated as independent bodies. Due to the low resolution of the volume, the conformation of the linking bases was not minimized. In addition, some of the clashes of the model are produced by flexible loops or protein side chains that were not refined. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
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