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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5lmv | ||||||
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タイトル | Structure of bacterial 30S-IF1-IF2-IF3-mRNA-tRNA translation pre-initiation complex(state-III) | ||||||
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![]() | RIBOSOME / translation / initiation factors / 30S / IF1 / IF2 / IF3 / tRNAi / PIC / Thermus thermophilus | ||||||
機能・相同性 | ![]() ribosome disassembly / translation initiation factor activity / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding ...ribosome disassembly / translation initiation factor activity / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / zinc ion binding / membrane / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å | ||||||
![]() | Hussain, T. / Llacer, J.L. / Wimberly, B.T. / Ramakrishnan, V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Large-Scale Movements of IF3 and tRNA during Bacterial Translation Initiation. 著者: Tanweer Hussain / Jose L Llácer / Brian T Wimberly / Jeffrey S Kieft / V Ramakrishnan / ![]() ![]() 要旨: In bacterial translational initiation, three initiation factors (IFs 1-3) enable the selection of initiator tRNA and the start codon in the P site of the 30S ribosomal subunit. Here, we report 11 ...In bacterial translational initiation, three initiation factors (IFs 1-3) enable the selection of initiator tRNA and the start codon in the P site of the 30S ribosomal subunit. Here, we report 11 single-particle cryo-electron microscopy (cryoEM) reconstructions of the complex of bacterial 30S subunit with initiator tRNA, mRNA, and IFs 1-3, representing different steps along the initiation pathway. IF1 provides key anchoring points for IF2 and IF3, thereby enhancing their activities. IF2 positions a domain in an extended conformation appropriate for capturing the formylmethionyl moiety charged on tRNA. IF3 and tRNA undergo large conformational changes to facilitate the accommodation of the formylmethionyl-tRNA (fMet-tRNA(fMet)) into the P site for start codon recognition. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1016.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4083MC ![]() 4073C ![]() 4074C ![]() 4075C ![]() 4076C ![]() 4077C ![]() 4078C ![]() 4079C ![]() 4080C ![]() 4081C ![]() 4082C ![]() 5lmnC ![]() 5lmoC ![]() 5lmpC ![]() 5lmqC ![]() 5lmrC ![]() 5lmsC ![]() 5lmtC ![]() 5lmuC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 AYZ
#1: RNA鎖 | 分子量: 493958.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#24: RNA鎖 | 分子量: 13466.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
#25: RNA鎖 | 分子量: 24861.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTV
#2: タンパク質 | 分子量: 29317.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#3: タンパク質 | 分子量: 26751.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 24373.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 17583.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 18050.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#8: タンパク質 | 分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 14410.614 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#10: タンパク質 | 分子量: 11954.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#11: タンパク質 | 分子量: 13737.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#12: タンパク質 | 分子量: 14637.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#13: タンパク質 | 分子量: 14338.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#14: タンパク質 | 分子量: 7158.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#15: タンパク質 | 分子量: 10578.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#16: タンパク質 | 分子量: 10409.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#17: タンパク質 | 分子量: 12325.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#18: タンパク質 | 分子量: 10258.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#19: タンパク質 | 分子量: 10605.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#20: タンパク質 | 分子量: 11736.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#21: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3350.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-Translation initiation factor IF- ... , 3種, 3分子 WXa
#22: タンパク質 | 分子量: 8247.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: infA, TTHA1669 / プラスミド: pET13a / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#23: タンパク質 | 分子量: 19904.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: infC, TTHA0551 / プラスミド: pET13a / 発現宿主: ![]() ![]() |
#26: タンパク質 | 分子量: 63265.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: infB, TTHA0699 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: ![]() ![]() |
-非ポリマー , 3種, 5分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/FME.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/FME.gif)
#27: 化合物 | #28: 化合物 | #29: 化合物 | ChemComp-FME / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: 30S-IF1-IF2-IF3-mRNA-tRNA pre-initiation complex (state-III) タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#26 / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.9129 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 6.5 | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.065 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 59000 X / 倍率(補正後): 104478 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 100 K / 最低温度: 90 K |
撮影 | 平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 30 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3200 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 25 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 803433 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 26324 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: FSC |