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万見
- PDB-5j7v: Faustovirus major capsid protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j7v
タイトルFaustovirus major capsid protein
要素major capsid protein
キーワードVIRUS / double jelly-roll
機能・相同性Group II dsDNA virus coat/capsid protein / Putative major capsid protein p72
機能・相同性情報
生物種Faustovirus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.5 Å
データ登録者Klose, T. / Rossmann, M.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI011219 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2016
タイトル: Structure of faustovirus, a large dsDNA virus.
著者: Thomas Klose / Dorine G Reteno / Samia Benamar / Adam Hollerbach / Philippe Colson / Bernard La Scola / Michael G Rossmann /
要旨: Many viruses protect their genome with a combination of a protein shell with or without a membrane layer. Here we describe the structure of faustovirus, the first DNA virus (to our knowledge) that ...Many viruses protect their genome with a combination of a protein shell with or without a membrane layer. Here we describe the structure of faustovirus, the first DNA virus (to our knowledge) that has been found to use two protein shells to encapsidate and protect its genome. The crystal structure of the major capsid protein, in combination with cryo-electron microscopy structures of two different maturation stages of the virus, shows that the outer virus shell is composed of a double jelly-roll protein that can be found in many double-stranded DNA viruses. The structure of the repeating hexameric unit of the inner shell is different from all other known capsid proteins. In addition to the unique architecture, the region of the genome that encodes the major capsid protein stretches over 17,000 bp and contains a large number of introns and exons. This complexity might help the virus to rapidly adapt to new environments or hosts.
履歴
登録2016年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月1日Group: Database references
改定 1.22016年6月15日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: em_image_scans / em_software / pdbx_audit_support
Item: _em_software.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42018年1月24日Group: Experimental preparation / カテゴリ: em_vitrification / Item: _em_vitrification.details
改定 1.52018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.name
改定 1.62019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.72022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_sheet_hbond / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type
改定 1.82024年5月15日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-8144
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8144
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: major capsid protein
B: major capsid protein
C: major capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,3463
ポリマ－215,3463
非ポリマー00
水00
1
A: major capsid protein
B: major capsid protein
C: major capsid protein
x 2760


  • complete icosahedral assembly
  • 594 MDa, 8280 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)594,354,0578280
ポリマ－594,354,0578280
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation2759
2
A: major capsid protein
B: major capsid protein
C: major capsid protein
x 46


  • icosahedral asymmetric unit
  • 9.91 MDa, 138 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,905,901138
ポリマ－9,905,901138
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation45
3
A: major capsid protein
B: major capsid protein
C: major capsid protein
x 230


  • icosahedral pentamer
  • 49.5 MDa, 690 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,529,505690
ポリマ－49,529,505690
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation229
4
A: major capsid protein
B: major capsid protein
C: major capsid protein
x 46


  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
  • 9.91 MDa, 138 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,905,901138
ポリマ－9,905,901138
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation45
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 major capsid protein


分子量: 71781.891 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Faustovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A0H3TLP8*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Faustovirus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Faustovirus (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Vermamoeba vermiformis / 株: CDC 19
ウイルス殻
IDEntity assembly-ID名称直径 (nm)三角数 (T数)
11outer capsid shell2600277
21inner capsid shell190016
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 詳細: Plunged into liquid ethane

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 25 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1EMAN22.1粒子像選択e2boxer.py was used to manually select particles.
2Leginon3.1画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7UCSF Chimera1.10.2モデルフィッティング
9jspr初期オイラー角割当
10jspr最終オイラー角割当
12jspr３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 15.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 9640 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Accession code: 5J7O / Initial refinement model-ID: 1 / PDB-ID: 5J7O

5j7o

/ Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB chain-ID
1A
2B
3C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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