+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5z1h | ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the bacterial ribosomal decoding site in complex with 6'-fluoro sisomicin | ||||||||||||||||||||||||||||
要素 | RNA (5'-R(*キーワード | RNA / rRNA / aminoglycoside | 機能・相同性 | Chem-FSJ / RNA / RNA (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å | データ登録者 | Kanazawa, H. / Hanessian, S. / Kondo, J. | 資金援助 | 日本, 1件 |
引用 | ジャーナル: ChemMedChem / 年: 2018 | タイトル: Structure-Based Design of a Eukaryote-Selective Antiprotozoal Fluorinated Aminoglycoside. 著者: Kanazawa, H. / Saavedra, O.M. / Maianti, J.P. / Young, S.A. / Izquierdo, L. / Smith, T.K. / Hanessian, S. / Kondo, J. 履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5z1h.cif.gz | 37.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5z1h.ent.gz | 24.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5z1h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5z1h_validation.pdf.gz | 762.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 5z1h_full_validation.pdf.gz | 763.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5z1h_validation.xml.gz | 5.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5z1h_validation.cif.gz | 6.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z1/5z1h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z1/5z1h | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 7370.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-FSJ / ( | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.64 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2-Methyl-2,4-pentanediol, LiCl, spermine tetrahydrochloride, sodium cacodylate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月14日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.4→42.8 Å / Num. obs: 5052 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.54 % / Biso Wilson estimate: 39.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I): 8.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.4→42.8 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.44
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 241.24 Å2 / Biso mean: 41.16 Å2 / Biso min: 14.91 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.4→42.8 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4
|