PDB-5yf1: Crystal structure of CARNMT1 bound to carnosine and SFG

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yf1

タイトル

Crystal structure of CARNMT1 bound to carnosine and SFG

要素

Carnosine N-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / SAM / methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

carnosine N-methyltransferase / carnosine N-methyltransferase activity / carnosine metabolic process / Histidine catabolism / L-histidine catabolic process / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / methylation / protein homodimerization activity / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.399 Å

データ登録者

Cao, R. / Li, H.

引用

ジャーナル: Cell Res. / 年: 2018
タイトル: Molecular basis for histidine N1 position-specific methylation by CARNMT1.
著者: Cao, R. / Zhang, X. / Liu, X. / Li, Y. / Li, H.

履歴

登録	2017年9月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年8月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yf1.cif.gz	313.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yf1.ent.gz	252.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yf1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5yf1_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5yf1_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	5yf1_validation.xml.gz	30.8 KB	表示
CIF形式データ	5yf1_validation.cif.gz	44 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/5yf1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/5yf1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yf0C 5yf2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5yf0-d 5g5t-d 4k7c-2 5jjp-6 4xx0-d 5tqh-2 5yf2-d 3zni-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carnosine N-methyltransferase

B: Carnosine N-methyltransferase

ヘテロ分子

86.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.125, 128.125, 324.643
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-503- CA
2	1	B-733- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Carnosine N-methyltransferase 分子量: 42454.281 Da / 分子数: 2 / 断片: methyltransferase domain (UNP RESIDUES 53-409) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CARNMT1, C9orf41 / プラスミド: pHisGB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8N4J0, carnosine N-methyltransferase

#1: タンパク質

Carnosine N-methyltransferase

分子量: 42454.281 Da / 分子数: 2 / 断片: methyltransferase domain (UNP RESIDUES 53-409) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CARNMT1, C9orf41 / プラスミド: pHisGB1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8N4J0, carnosine N-methyltransferase

-
非ポリマー , 6種, 372分子

#2: 化合物	ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE / シネフンギン分子量: 381.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₇O₅
#3: 化合物	ChemComp-8V0 / (2~{S})-2-(3-azanylpropanoylamino)-3-(1~{H}-imidazol-4-yl)propanoic acid / カルノシン分子量: 226.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₄O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.85 % / Mosaicity: 0.401 ° / Mosaicity esd: 0.002 °
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 16% PEG 8000, 0.1 M MES, pH 6.0, 0.2 M CaAc

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月16日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.399→50 Å / Num. obs: 62119 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 35.99 Å² / R_merge(I) obs: 0.128 / R_pim(I) all: 0.069 / R_rim(I) all: 0.146 / Χ²: 1.81 / Net I/σ(I): 8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.4-2.44	4.1	0.845	3046	0.595	0.464	0.968	1.408	99.4
2.44-2.49	4.2	0.802	3047	0.648	0.439	0.918	1.458	99.7
2.49-2.53	4.2	0.686	3036	0.709	0.373	0.784	1.406	99.6
2.53-2.59	4.2	0.658	3066	0.722	0.358	0.752	1.481	99.5
2.59-2.64	4.2	0.521	3048	0.788	0.281	0.594	1.459	99.5
2.64-2.7	4.2	0.473	3058	0.819	0.255	0.539	1.506	99.4
2.7-2.77	4.2	0.408	3058	0.87	0.219	0.465	1.467	99.4
2.77-2.85	4.3	0.353	3064	0.897	0.189	0.402	1.538	99.1
2.85-2.93	4.2	0.288	3021	0.921	0.156	0.329	1.579	99.1
2.93-3.02	4.2	0.23	3053	0.954	0.123	0.262	1.545	99.1
3.02-3.13	4.2	0.189	3058	0.964	0.101	0.215	1.601	98.8
3.13-3.26	4.2	0.153	3062	0.977	0.083	0.175	1.621	98.6
3.26-3.41	4.2	0.117	3043	0.985	0.063	0.134	1.69	98.4
3.41-3.58	4.2	0.093	3047	0.99	0.05	0.107	1.846	97.7
3.58-3.81	4.3	0.081	3044	0.992	0.044	0.093	2.006	97.3
3.81-4.1	4.2	0.076	3038	0.991	0.041	0.087	2.386	96.3
4.1-4.52	4.2	0.069	3000	0.992	0.038	0.08	2.941	94.8
4.52-5.17	4.1	0.065	2987	0.993	0.036	0.075	3.032	93.5
5.17-6.51	4.2	0.066	2996	0.993	0.035	0.075	2.348	92.3
6.51-50	4.3	0.041	3040	0.997	0.022	0.047	1.986	86.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R rigid body: 0.412

	最高解像度	最低解像度
Rotation	41.6 Å	2.65 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	1.12_2829	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.399→41.593 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.34

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2007	3125	5.03 %	random selection
R_work	0.1683	-	-	-
obs	0.1699	62119	99.35 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 163.05 Å² / B_iso mean: 45.4487 Å² / B_iso min: 18.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.399→41.593 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5739	0	108	361	6208
B_iso mean	-	-	46.39	48.6	-
残基数	-	-	-	-	691

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6039
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.917	8176
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	858
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1042
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.817	3550

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3986-2.4361	0.2923	132	0.2568	2612	2744	99
2.4361-2.476	0.2953	130	0.2488	2667	2797	100
2.476-2.5187	0.2508	128	0.2356	2621	2749	100
2.5187-2.5645	0.2719	118	0.2351	2683	2801	100
2.5645-2.6138	0.2627	153	0.2283	2599	2752	99
2.6138-2.6672	0.2582	166	0.2177	2613	2779	99
2.6672-2.7251	0.2439	145	0.2146	2622	2767	99
2.7251-2.7885	0.2404	137	0.2042	2629	2766	99
2.7885-2.8582	0.2676	134	0.2009	2628	2762	99
2.8582-2.9355	0.2281	151	0.1896	2625	2776	99
2.9355-3.0219	0.2288	132	0.1871	2634	2766	99
3.0219-3.1194	0.2195	142	0.1848	2645	2787	98
3.1194-3.2308	0.2205	146	0.183	2626	2772	99
3.2308-3.3601	0.2225	142	0.1687	2698	2840	100
3.3601-3.513	0.2051	145	0.1492	2663	2808	100
3.513-3.6981	0.1754	159	0.1429	2684	2843	100
3.6981-3.9296	0.1745	154	0.1321	2690	2844	100
3.9296-4.2327	0.1535	134	0.1243	2742	2876	100
4.2327-4.6582	0.1574	148	0.1187	2743	2891	100
4.6582-5.331	0.1455	129	0.128	2784	2913	100
5.331-6.712	0.1889	137	0.1773	2819	2956	100
6.712-41.5994	0.1781	163	0.1858	2967	3130	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1758	0.8087	-0.1702	2.4651	-0.4013	1.8053	-0.0656	0.4729	0.4846	-0.1358	0.0719	0.1281	-0.3394	-0.1448	-0.0507	0.3353	0.0762	0.0321	0.3361	0.1078	0.4318	-63.0709	52.8875	-1.4051
2	2.3143	0.5788	-0.6293	0.9615	-0.2042	1.3876	0.0252	0.0782	0.5332	0.1043	0.0139	0.1233	-0.2816	0.0773	-0.0107	0.3946	-0.0942	0	0.2731	0.0392	0.3559	-37.6631	59.4577	-2.4294
3	2.541	0.6191	-0.9306	1.1563	-0.2321	1.1637	-0.0366	-0.0015	0.1469	-0.0101	0.0336	0.0188	-0.2241	0.2446	0.0306	0.3038	-0.084	-0.0277	0.3021	0.0465	0.256	-35.3888	51.2074	-5.1889
4	1.2771	1.3387	-0.1828	2.3848	-0.1948	1.7672	-0.0225	0.0424	0.1067	0.0097	0.0694	0.2157	0.1033	-0.1186	-0.0505	0.3066	-0.0399	0.0419	0.2541	0.0633	0.2535	-45.4629	23.4118	-19.3211
5	2.155	-0.2954	0.1348	1.8069	0.0699	1.6503	-0.2173	0.0382	-0.0786	-0.2606	0.0721	0.4164	0.4104	-0.6742	0.1276	0.4201	-0.1268	0.0057	0.3861	0.0616	0.3659	-54.1169	17.0186	-10.6646
6	0.709	0.1079	-0.5031	0.7243	-0.0528	1.9036	-0.0924	-0.0659	-0.0771	0.0307	0.0046	-0.0127	0.27	0.022	0.0837	0.2682	0.0208	0.0232	0.192	0.0648	0.2492	-51.494	16.2197	6.4248
7	2.0658	0.2452	-0.6733	0.945	0.1171	1.3642	0.0422	-0.0274	0.0778	0.0955	-0.0495	0.0946	-0.1814	-0.0692	0.0126	0.2949	0.0316	0.0403	0.2172	0.0268	0.2349	-55.4147	31.2747	11.2441

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 57 through 128 )	A	57 - 128
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 129 through 243 )	A	129 - 243
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 244 through 409 )	A	244 - 409
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 56 through 131 )	B	56 - 131
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 132 through 170 )	B	132 - 170
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 171 through 342 )	B	171 - 342
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 343 through 409 )	B	343 - 409

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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