[日本語] English
万見
- PDB-5y2q: X-ray structure of acetylcholine binding protein (AChBP) complexe... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y2q
タイトルX-ray structure of acetylcholine binding protein (AChBP) complexed with a small molecule
要素Acetylcholine-binding protein
キーワードPROTEIN BINDING/INHIBITOR / Acetylcholine binding protein / PROTEIN BINDING-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


synaptic cleft / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / synapse / membrane
類似検索 - 分子機能
Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Distorted Sandwich / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8L3 / Acetylcholine-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Lymnaea stagnalis (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.363 Å
データ登録者Jiang, L.L. / Zhou, L.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: X-ray structure of acetylcholine binding protein (AChBP) complexed with a small molecule
著者: Jiang, L.L. / Zhou, L.
履歴
登録2017年7月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
D: Acetylcholine-binding protein
A: Acetylcholine-binding protein
B: Acetylcholine-binding protein
C: Acetylcholine-binding protein
E: Acetylcholine-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,38010
ポリマ－120,6245
非ポリマー1,7565
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13590 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area41210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.185, 77.156, 222.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D
51chain E

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP

Dom-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1LYSLYSchain AAB2 - 2044 - 206
2GLYGLYchain BBC2 - 2054 - 207
3LYSLYSchain CCD2 - 2044 - 206
4LYSLYSchain DDA2 - 2044 - 206
5LYSLYSchain EEE2 - 2044 - 206

-
要素

#1: タンパク質
Acetylcholine-binding protein / AchBP


分子量: 24124.783 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 21-229 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lymnaea stagnalis (無脊椎動物) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P58154
#2: 化合物
ChemComp-8L3 / 3-[[4-[(3,4-dichlorophenyl)methyl]piperidin-4-yl]methoxy]pyridine


分子量: 351.270 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H20Cl2N2O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.37 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: TRIS PH 8.0, AMMONIUM SULFATE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97914 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97914 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→50 Å / Num. obs: 47126 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 50.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 1.07 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.36-2.447.80.8847290.8630.3290.9421.03698.1
2.44-2.547.90.71246500.8930.2660.7621.08897.6
2.54-2.667.80.5246990.9290.1950.5571.08797.2
2.66-2.87.80.36846480.9630.1380.3941.08996.7
2.8-2.977.80.23946620.9840.0890.2561.07496.3
2.97-3.27.80.14646490.9930.0540.1561.0796
3.2-3.537.60.10146380.9960.0380.1081.06495.6
3.53-4.037.30.08246610.9970.0310.0881.02995.2
4.03-5.087.30.05847130.9980.0220.0621.08295.5
5.08-507.70.03950770.9990.0140.0421.07797.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ収集
HKL-2000データスケーリング
PHENIXphenix.refine: 1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UX2

1ux2


解像度: 2.363→45.056 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.94
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2768 2325 4.95 %
Rwork0.2233 --
obs0.2258 47013 96.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 91.02 Å2 / Biso mean: 37.25 Å2 / Biso min: 11.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.363→45.056 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7993 0 115 144 8252
Biso mean--38.22 32.78 -
残基数----999
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0118304
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.44811314
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541280
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071449
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2023053
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4812X-RAY DIFFRACTION10.428TORSIONAL
12B4812X-RAY DIFFRACTION10.428TORSIONAL
13C4812X-RAY DIFFRACTION10.428TORSIONAL
14D4812X-RAY DIFFRACTION10.428TORSIONAL
15E4812X-RAY DIFFRACTION10.428TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3634-2.41160.41681380.33262469260792
2.4116-2.4640.35671380.3062608274698
2.464-2.52140.39391560.29392599275597
2.5214-2.58440.38421270.28622650277798
2.5844-2.65430.36631460.28922589273597
2.6543-2.73240.33691410.27972607274896
2.7324-2.82060.37191410.26822604274597
2.8206-2.92130.32151410.2652595273696
2.9213-3.03830.30051400.25322614275496
3.0383-3.17650.36611260.24272623274996
3.1765-3.3440.34211370.24452611274896
3.344-3.55340.27571290.23192605273495
3.5534-3.82760.26371440.21982615275995
3.8276-4.21250.25751320.19582613274595
4.2125-4.82150.19871280.17142647277595
4.8215-6.07220.22791390.19192697283696
6.0722-45.06410.23021220.21272942306499

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る