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- PDB-5wn8: Structural Insights into Substrate and Inhibitor Binding Sites in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wn8
タイトルStructural Insights into Substrate and Inhibitor Binding Sites in Human Indoleamine 2,3-Dioxygenase 1
要素Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Indoleamine 2 / 3-Dioxygenase 1 Tryptophan Heme Inhibitor Epacadostat INCB024360
機能・相同性
機能・相同性情報


indoleamine 2,3-dioxygenase / smooth muscle contractile fiber / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of chronic inflammatory response / kynurenic acid biosynthetic process / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of T cell tolerance induction / tryptophan catabolic process to kynurenine / stereocilium bundle / positive regulation of type 2 immune response ... indoleamine 2,3-dioxygenase / smooth muscle contractile fiber / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of chronic inflammatory response / kynurenic acid biosynthetic process / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of T cell tolerance induction / tryptophan catabolic process to kynurenine / stereocilium bundle / positive regulation of type 2 immune response / 'de novo' NAD biosynthetic process from tryptophan / tryptophan catabolic process / Tryptophan catabolism / negative regulation of T cell apoptotic process / positive regulation of T cell apoptotic process / swimming behavior / negative regulation of interleukin-10 production / multicellular organismal response to stress / negative regulation of T cell proliferation / T cell proliferation / positive regulation of interleukin-12 production / female pregnancy / response to lipopolysaccharide / electron transfer activity / inflammatory response / heme binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #480 / Indoleamine 2,3-dioxygenase / Indoleamine 2,3-dioxygenase / Indoleamine 2,3-dioxygenase signature 1. / Indoleamine 2,3-dioxygenase signature 2. / Tryptophan/Indoleamine 2,3-dioxygenase-like / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BBJ / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Lewis-Ballester, A. / Pham, K.N. / Batabyal, D. / Karkashon, S. / Bonanno, J.B. / Poulos, T.L. / Yeh, S.R.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)GM115773 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1404929 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)GM57353 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structural insights into substrate and inhibitor binding sites in human indoleamine 2,3-dioxygenase 1.
著者: Lewis-Ballester, A. / Pham, K.N. / Batabyal, D. / Karkashon, S. / Bonanno, J.B. / Poulos, T.L. / Yeh, S.R.
履歴
登録2017年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
B: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,6936
ポリマ－95,5842
非ポリマー2,1094
水2,666148
1
A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8473
ポリマ－47,7921
非ポリマー1,0552
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8473
ポリマ－47,7921
非ポリマー1,0552
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.735, 97.785, 128.739
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Indoleamine 2,3-dioxygenase 1 / IDO-1 / Indoleamine-pyrrole 2 / 3-dioxygenase


分子量: 47791.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDO1, IDO, INDO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14902, indoleamine 2,3-dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-BBJ / N-(3-bromo-4-fluorophenyl)-N'-hydroxy-4-{[2-(sulfamoylamino)ethyl]amino}-1,2,5-oxadiazole-3-carboximidamide / N-(3-ブロモ-4-フルオロフェニル)-N′-ヒドロキシ-4-[[2-(スルファモイルアミノ)エチル]アミノ]-1,(以下略)


分子量: 438.233 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H13BrFN7O4S / コメント: 阻害剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.1 %
結晶化温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 9.5
詳細: 100 mM Sodium thiosulfate, 100 mM CAPS buffer pH 9.5, and 20% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.91988 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91988 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→29.69 Å / Num. obs: 38582 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.8 % / CC1/2: 0.59 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / 冗長度: 14.9 % / Rmerge(I) obs: 2.3 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 5556 / CC1/2: 0.59 / Rpim(I) all: 0.61 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2D0T

2d0t


解像度: 2.5→29.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 11.624 / SU ML: 0.238 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.39 / ESU R Free: 0.263 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25182 1928 5 %RANDOM
Rwork0.21347 ---
obs0.21535 36596 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 80.291 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.36 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.05 Å20 Å2
3---3.42 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→29.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5880 0 136 148 6164
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0196169
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025742
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1991.9968376
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.872313314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2335737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.92924.148270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.598151059
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.6261532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2905
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216803
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021273
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0778.0942960
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0768.0932959
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.48412.1353693
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.48312.1363694
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9928.3633209
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9928.3653210
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.39712.4454684
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.34493.9816948
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.33293.9436928
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 162 -
Rwork0.344 2640 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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