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- PDB-5wm3: Crystal Structure of CahJ in Complex with Salicyl Adenylate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wm3
タイトルCrystal Structure of CahJ in Complex with Salicyl Adenylate
要素Salicylate-AMP ligase
キーワードLIGASE / Adenylation Domain / Peptide Synthetase.
機能・相同性
機能・相同性情報


acid-thiol ligase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / ANL, N-terminal domain / ANL, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 ...: / ANL, N-terminal domain / ANL, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-B5V / Salicylate-AMP ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces gandocaensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.679 Å
データ登録者Sikkema, A.P. / Smith, J.L.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK042303 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118101 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM008270 米国
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2018
タイトル: A Defined and Flexible Pocket Explains Aryl Substrate Promiscuity of the Cahuitamycin Starter Unit-Activating Enzyme CahJ.
著者: Tripathi, A. / Park, S.R. / Sikkema, A.P. / Cho, H.J. / Wu, J. / Lee, B. / Xi, C. / Smith, J.L. / Sherman, D.H.
履歴
登録2017年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Salicylate-AMP ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6368
ポリマ－60,7841
非ポリマー8537
水15,583865
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.413, 122.413, 88.092
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1492-

HOH

21A-1529-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Salicylate-AMP ligase


分子量: 60783.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces gandocaensis (バクテリア)
遺伝子: cahJ / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A140DJY3

-
非ポリマー , 5種, 872分子

#2: 化合物 ChemComp-B5V / 9-(5-O-{(S)-hydroxy[(2-hydroxybenzene-1-carbonyl)oxy]phosphoryl}-alpha-L-lyxofuranosyl)-9H-purin-6-amine


分子量: 467.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H18N5O9P
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 865 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM Sodium Cacodylate pH 6.5, 1.7 M Sodium Acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月8日
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-k,l / Fraction: 0.04
反射解像度: 1.679→45.418 Å / Num. obs: 85969 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.386 % / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rrim(I) all: 0.142 / Χ2: 1.036 / Net I/σ(I): 5.86
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.679-1.783.3180.5841.54136910.6630.69798.4
1.78-1.93.4050.3842.41130390.8180.45699.6
1.9-2.063.420.2523.72121160.9110.29999.2
2.06-2.253.3470.1765.32111860.9460.2199.1
2.25-2.523.4860.1466.82101430.9580.17499.3
2.52-2.93.3560.1188.4589250.970.14198.6
2.9-3.553.5020.10211.0875610.9780.12198.7
3.55-5.013.3050.09312.6759130.9770.11198
5.01-45.4183.2530.09212.8133950.980.1198

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5WM2

5wm2


解像度: 1.679→45.418 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 52.48 / 位相誤差: 21.53
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2046 1419 1.72 %
Rwork0.1735 --
obs0.1742 85969 98.882 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 93.03 Å2 / Biso mean: 27.5279 Å2 / Biso min: 12.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.679→45.418 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4059 0 57 865 4981
Biso mean--28.31 41.18 -
残基数----537
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064208
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8885743
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052648
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005766
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.0293429
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6795-1.71010.3111300.33928108823892
1.7101-1.7430.30641310.31218154828592
1.743-1.77850.26721390.29518256839593
1.7785-1.81720.3011340.27368168830293
1.8172-1.85950.26181500.25318390854095
1.8595-1.9060.2511400.24178434857495
1.906-1.95750.23691430.22358421856495
1.9575-2.01510.25481360.21798329846594
2.0151-2.08010.2041280.21088170829892
2.0801-2.15450.21091470.20148400854794
2.1545-2.24070.21411370.19518367850495
2.2407-2.34270.21431420.19158514865696
2.3427-2.46620.19271390.18758504864396
2.4662-2.62060.21991370.18488214835193
2.6206-2.82290.19051430.16918369851294
2.8229-3.10690.21311500.16138479862996
3.1069-3.55610.17381370.13998385852295
3.5561-4.47890.17471310.11368166829792
4.4789-35.75920.17961510.1328358850994
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.043-1.4809-0.64631.5638-0.07933.47880.0210.1177-0.3532-0.19460.01790.13830.1689-0.1838-0.02020.2478-0.0429-0.030.229-0.05040.1803-13.763641.3972-13.2627
23.72381.11990.36531.77150.33831.6076-0.0405-0.0142-0.31210.09970.016-0.08360.13070.03390.0170.20840.02270.00050.15530.00220.18890.983933.57188.1251
31.3414-0.4346-0.73931.0732-0.03571.8851-0.0392-0.0199-0.07930.02430.00840.01320.1068-0.1280.02590.1758-0.03850.0030.19770.00360.1589-17.358639.383714.9659
41.09110.03480.00560.92740.05641.4344-0.01460.0094-0.0501-0.0299-0.00080.05180.1083-0.09120.02350.171-0.01150.00820.1704-0.01460.1321-8.353344.20150.982
50.50210.03930.10811.11070.18230.8-0.0145-0.01580.0090.05770.0342-0.0743-0.01410.0235-0.01880.1536-0.00160.00540.1902-0.0050.12732.070358.29918.9186
62.49931.20960.2391.5610.22410.4548-0.00080.08240.0991-0.1242-0.00950.1748-0.0215-0.11020.01350.19150.0001-0.0190.22790.0070.1081-14.343259.9667-9.4231
71.3640.1631-1.27950.3168-0.0831.3310.030.06030.11310.02290.0290.0898-0.024-0.1333-0.04690.12710.0031-0.00490.1898-0.01060.1417-21.513266.30287.3825
82.17010.236-0.80012.8884-0.24841.9812-0.05510.11780.3481-0.11120.13060.2793-0.1925-0.18-0.08320.1542-0.0121-0.02850.22890.00010.2025-30.254468.600115.5609
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 19 through 46 )A19 - 46
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 47 through 91 )A47 - 91
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 92 through 189 )A92 - 189
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 190 through 255 )A190 - 255
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 256 through 360 )A256 - 360
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 361 through 433 )A361 - 433
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 434 through 499 )A434 - 499
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 500 through 554 )A500 - 554

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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