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- PDB-5wg8: Structure of PP5C with LB-100; 7-oxabicyclo[2.2.1]heptane-2,3-dic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wg8
タイトルStructure of PP5C with LB-100; 7-oxabicyclo[2.2.1]heptane-2,3-dicarbonyl moiety modeled in the density
要素Serine/threonine-protein phosphatase 5
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / Hydrolase Inhibitor / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-serine dephosphorylation / positive regulation of nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / response to arachidonate / peptidyl-threonine dephosphorylation / proximal dendrite / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / protein folding chaperone complex / response to morphine / protein-serine/threonine phosphatase / phosphatase activity ...peptidyl-serine dephosphorylation / positive regulation of nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / response to arachidonate / peptidyl-threonine dephosphorylation / proximal dendrite / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / protein folding chaperone complex / response to morphine / protein-serine/threonine phosphatase / phosphatase activity / cellular response to cadmium ion / protein serine/threonine phosphatase activity / phosphoprotein phosphatase activity / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / G-protein alpha-subunit binding / protein dephosphorylation / negative regulation of MAPK cascade / Hsp70 protein binding / ESR-mediated signaling / Hsp90 protein binding / ADP binding / Negative regulation of MAPK pathway / response to lead ion / tau protein binding / cellular response to hydrogen peroxide / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / double-strand break repair / mitotic cell cycle / MAPK cascade / perikaryon / microtubule binding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / intracellular membrane-bounded organelle / lipid binding / DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / protein-containing complex / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
PP5, C-terminal metallophosphatase domain / PPP domain / PPP5 TPR repeat region / : / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Tetratricopeptide repeat ...PP5, C-terminal metallophosphatase domain / PPP domain / PPP5 TPR repeat region / : / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Tetratricopeptide repeat / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / 4-Layer Sandwich / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LB1 / : / Serine/threonine-protein phosphatase 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者D'Arcy, B.M. / Swingle, M.R. / Honkanen, R.E. / Prakash, A.
引用ジャーナル: Mol. Cancer Ther. / 年: 2019
タイトル: The Antitumor Drug LB-100 Is a Catalytic Inhibitor of Protein Phosphatase 2A (PPP2CA) and 5 (PPP5C) Coordinating with the Active-Site Catalytic Metals in PPP5C.
著者: D'Arcy, B.M. / Swingle, M.R. / Papke, C.M. / Abney, K.A. / Bouska, E.S. / Prakash, A. / Honkanen, R.E.
履歴
登録2017年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein phosphatase 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5026
ポリマ－37,8871
非ポリマー6155
水4,720262
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.656, 91.150, 95.494
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase 5 / PP5 / Protein phosphatase T / PPT


分子量: 37887.020 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 169-499 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP5C, PPP5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P53041, protein-serine/threonine phosphatase

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非ポリマー , 5種, 267分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-LB1 / (1S,2R,3S,4R)-3-(4-methylpiperazine-1-carbonyl)-7-oxabicyclo[2.2.1]heptane-2-carboxylic acid


分子量: 268.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H20N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.4 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10 mM Tris-HCl pH 8.0, 35% 2-methyl-2,4-pentanediol, and 10% polyethylene glycol methyl ether 5000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER IMUS MICROFOCUS / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: CMOS / 日付: 2017年5月10日 / 詳細: INCOATEC
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→30.34 Å / Num. obs: 43438 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rpim(I) all: 0.05 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 23.6
反射 シェル解像度: 1.65→1.709 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.738 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 4165 / CC1/2: 0.671 / Rpim(I) all: 0.42 / Χ2: 1 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
SAINTProteum 3データ削減
SADABSProteum 3データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1S95

1s95


解像度: 1.65→30.339 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1961 8079 9.88 %10%
Rwork0.1587 ---
obs0.1624 81754 99.17 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→30.339 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2524 0 29 262 2815
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092704
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.953689
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.5071619
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056400
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007482
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.65-1.66880.37282600.32092059231986
1.6688-1.68840.3622490.31472330257993
1.6884-1.7090.31092820.27992369265198
1.709-1.73060.28562580.236924932751100
1.7306-1.75340.25692830.20732448273199
1.7534-1.77740.21282740.208924852759100
1.7774-1.80280.27373000.200524152715100
1.8028-1.82970.24632640.17824992763100
1.8297-1.85830.21022990.170924822781100
1.8583-1.88870.20222990.15524572756100
1.8887-1.92130.20972480.141424972745100
1.9213-1.95620.18242640.143124652729100
1.9562-1.99390.20112190.14525472766100
1.9939-2.03450.19282510.143625462797100
2.0345-2.07880.1722620.127124222684100
2.0788-2.12710.1823150.133224712786100
2.1271-2.18030.16622610.133224662727100
2.1803-2.23920.17892540.132624782732100
2.2392-2.30510.16352700.12724892759100
2.3051-2.37950.16542640.13824862750100
2.3795-2.46450.19252950.144724562751100
2.4645-2.56310.17982860.142724562742100
2.5631-2.67970.1812420.14624982740100
2.6797-2.82090.18842630.150224892752100
2.8209-2.99750.18622700.150924862756100
2.9975-3.22870.162540.145925002754100
3.2287-3.55310.15532920.141724372729100
3.5531-4.06620.17132900.136224912781100
4.0662-5.1190.14632670.129824712738100
5.119-30.34380.20272440.178324872731100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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