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- PDB-5vhv: Pseudomonas fluorescens alkylpurine DNA glycosylase AlkC bound to... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vhv
タイトルPseudomonas fluorescens alkylpurine DNA glycosylase AlkC bound to DNA containing an oxocarbenium-intermediate analog
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*CP*TP*TP*GP*GP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*AP*(NRI)P*GP*TP*CP*T)-3')
  • alkylpurine DNA glycosylase AlkC
キーワードHYDROLASE/DNA / DNA alkylation repair enzyme / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性DNA alkylation repair enzyme / DNA alkylation repair enzyme / Armadillo-type fold / Chem-9B4 / DNA / DNA (> 10) / DNA alkylation repair protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.799 Å
データ登録者Shi, R. / Eichman, B.F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1517695 米国
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2018
タイトル: Selective base excision repair of DNA damage by the non-base-flipping DNA glycosylase AlkC.
著者: Shi, R. / Mullins, E.A. / Shen, X.X. / Lay, K.T. / Yuen, P.K. / David, S.S. / Rokas, A. / Eichman, B.F.
履歴
登録2017年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: alkylpurine DNA glycosylase AlkC
B: alkylpurine DNA glycosylase AlkC
C: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*AP*(NRI)P*GP*TP*CP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*CP*TP*TP*GP*GP*AP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*AP*(NRI)P*GP*TP*CP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*CP*TP*TP*GP*GP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,89315
ポリマ－94,2246
非ポリマー1,6699
水22,9691275
1
A: alkylpurine DNA glycosylase AlkC
C: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*AP*(NRI)P*GP*TP*CP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*CP*TP*TP*GP*GP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8497
ポリマ－47,1123
非ポリマー7374
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5480 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area18500 Å2
手法PISA
2
B: alkylpurine DNA glycosylase AlkC
E: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*AP*(NRI)P*GP*TP*CP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*CP*TP*TP*GP*GP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0448
ポリマ－47,1123
非ポリマー9325
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5330 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area18380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)198.373, 198.373, 60.189
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 alkylpurine DNA glycosylase AlkC


分子量: 40539.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: PFLU_2162 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3K795

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 CEDF

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*AP*(NRI)P*GP*TP*CP*T)-3')


分子量: 3190.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*CP*TP*TP*GP*GP*AP*C)-3')


分子量: 3382.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 1284分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-9B4 / (2R,5R,13R,16R)-9-(hydroxymethyl)-9-{[(2R)-2-hydroxypropoxy]methyl}-5,13-dimethyl-4,7,11,14-tetraoxaheptadecane-2,16-diol / Pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)


分子量: 426.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42O9
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.54 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 / 詳細: 18% pentaerythritol propoxylate, 100 mM MES, pH 6.1

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 0.99189 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月30日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99189 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→100 Å / Num. obs: 124523 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 19.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.097 / Χ2: 1.364 / Net I/σ(I): 14 / Num. measured all: 1208363
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.8-1.869.10.49121130.9060.1720.521.32297.1
1.86-1.949.40.377121930.9440.1290.3991.41297.4
1.94-2.039.40.274122330.9690.0940.2911.51898.2
2.03-2.139.40.198123730.9810.0680.2091.63798.9
2.13-2.279.50.146124290.9890.050.1551.69399.6
2.27-2.449.60.117125480.9920.040.1241.51699.8
2.44-2.699.80.094125280.9950.0320.11.4100
2.69-3.0810.10.081125680.9960.0270.0851.174100
3.08-3.8810.30.08126610.9960.0260.0841.191100
3.88-10010.30.063128770.9970.0210.0660.87499.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5VI0

5vi0


解像度: 1.799→49.292 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1638 6250 5.02 %
Rwork0.141 118228 -
obs0.1421 124478 99.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 133.83 Å2 / Biso mean: 27.3313 Å2 / Biso min: 7.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.799→49.292 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5718 870 243 1275 8106
Biso mean--59.68 36.28 -
残基数----766
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087070
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0599775
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561083
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071075
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1774058
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7993-1.81970.20242000.17743819401996
1.8197-1.84110.21312000.17193803400397
1.8411-1.86360.21162020.17433852405497
1.8636-1.88720.2142080.1723859406797
1.8872-1.9120.21192020.17383817401998
1.912-1.93820.2062070.1663912411997
1.9382-1.96590.19982050.16133834403998
1.9659-1.99520.20422050.15093891409698
1.9952-2.02640.17972090.14313904411398
2.0264-2.05960.16892060.14583890409699
2.0596-2.09520.17672050.14813939414499
2.0952-2.13320.17442120.13593911412399
2.1332-2.17430.16422050.13493908411399
2.1743-2.21870.15592090.126739694178100
2.2187-2.26690.14252040.128139424146100
2.2669-2.31960.15222090.127439884197100
2.3196-2.37760.17112080.133539324140100
2.3776-2.44190.16772120.130439954207100
2.4419-2.51380.16352050.13239714176100
2.5138-2.59490.15592080.12939564164100
2.5949-2.68770.16612110.135139764187100
2.6877-2.79530.16732110.134740024213100
2.7953-2.92250.15482100.139939644174100
2.9225-3.07650.17612110.14739704181100
3.0765-3.26920.17062120.139740144226100
3.2692-3.52160.14942160.134540214237100
3.5216-3.87580.13742100.128139834193100
3.8758-4.43640.12632160.121240134229100
4.4364-5.58810.142140.131540564270100
5.5881-49.3110.20342180.18654137435599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0650.0574-1.21652.1059-1.26373.0333-0.03940.5591-0.3084-0.27680.01490.05690.2594-0.1088-0.0050.17340.0143-0.03170.3326-0.12920.194718.05969.3131-10.1172
21.6675-0.3559-0.35281.04290.34811.00050.08060.1210.1314-0.047-0.025-0.1085-0.07060.0261-0.05550.08080.0024-0.00140.1565-0.00110.139416.005487.04682.2791
31.8866-0.1163-0.62671.91790.31022.30860.09010.02410.17960.1544-0.04770.2701-0.2998-0.2007-0.02550.12570.0170.02960.1737-0.04040.1966-1.86192.404315.7551
41.62460.934-0.70471.4885-0.12820.87670.1824-0.05610.22880.2383-0.07190.2385-0.0965-0.2852-0.1260.17310.00480.06290.2679-0.01580.1496-15.184583.140225.9047
51.6168-0.3157-0.59342.93110.25521.50990.0718-0.07470.02250.0865-0.1001-0.01080.0516-0.16570.0310.1282-0.01890.00670.23270.02070.0775-15.210670.472523.2219
62.8127-0.6544-0.54263.78272.96744.7786-0.2148-0.4491-0.31010.71970.23560.05820.65010.07970.03170.22670.05510.0130.21390.08830.179836.52660.63389.1996
72.2904-0.6196-0.91392.05740.70191.948-0.0626-0.2780.13720.18720.1507-0.0090.08590.063-0.06810.09950.0290.01320.1686-0.02860.141534.896471.86385.8539
81.83620.1136-0.85950.684-0.01520.9960.0478-0.10120.2773-0.0188-0.021-0.0497-0.03350.0619-0.01720.1030.01950.00970.10510.00750.185656.378773.5446-9.438
90.96160.23370.09012.26710.47410.5914-0.00270.15470.0842-0.1870.0351-0.15740.10030.068-0.04510.19430.04550.05430.16010.0120.105468.507752.4351-25.4772
103.07550.8958-0.03041.79170.04110.642-0.01530.1744-0.2211-0.12840.0271-0.1740.19770.0583-0.0230.2330.03980.02570.1285-0.0130.100364.323938.4138-23.0388
117.93070.82321.21730.79910.12761.03920.08020.3649-0.0739-0.0075-0.0407-0.00860.12230.00830.05830.18580.03110.02030.1551-0.00740.091857.851148.1463-26.2828
123.42920.80340.10011.02030.01850.71750.00410.0811-0.1195-0.0672-0.0218-0.01660.1329-0.01630.00230.19670.0280.01070.1244-0.0120.072958.929143.3695-23.6084
131.85221.37350.93381.36810.06894.9250.0648-0.1927-0.21450.024-0.0939-0.1570.20780.1851-0.02920.06170.03860.03180.17850.01220.14241.359671.785512.3981
146.22020.12-0.62372.80080.60851.3563-0.0282-0.0437-0.18190.0292-0.0693-0.0471-0.1032-0.03390.09290.15360.0030.0050.13660.02050.10860.60573.53711.2945
150.32080.780.28553.59990.824.8782-0.1227-0.01340.0798-0.1085-0.09280.1045-0.2023-0.33080.16590.05920.04290.0640.1475-0.01680.108747.79554.8342-13.4897
164.8218-2.7198-0.01743.0220.16540.40620.04970.19890.0361-0.0651-0.15690.1322-0.0207-0.03180.12140.205-0.00650.01610.1457-0.00820.138149.397355.4689-12.1177
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 49 )A5 - 49
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 50 through 190 )A50 - 190
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 191 through 233 )A191 - 233
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 234 through 265 )A234 - 265
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 266 through 365 )A266 - 365
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 5 through 28 )B5 - 28
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 29 through 103 )B29 - 103
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 104 through 233 )B104 - 233
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 234 through 265 )B234 - 265
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 266 through 288 )B266 - 288
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 289 through 305 )B289 - 305
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 306 through 365 )B306 - 365
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 1 through 11 )C1 - 11
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 1 through 11 )D1 - 11
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 1 through 11 )E1 - 11
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resid 1 through 11 )F1 - 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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