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- PDB-5vfd: Diazabicyclooctenone ETX2514 bound to Class D beta lactamase OXA-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vfd
タイトルDiazabicyclooctenone ETX2514 bound to Class D beta lactamase OXA-24 from A. baumannii
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / ETX2514 / beta-lactamase / PBP Gram negative / Astrazeneca / Entasis / A. baumannii / covalent inhibitor / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase
類似検索 - 分子機能
: / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9CM / Chem-9CP / beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Olivier, N.B. / Lahiri, S.
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2017
タイトル: ETX2514 is a broad-spectrum beta-lactamase inhibitor for the treatment of drug-resistant Gram-negative bacteria including Acinetobacter baumannii.
著者: Durand-Reville, T.F. / Guler, S. / Comita-Prevoir, J. / Chen, B. / Bifulco, N. / Huynh, H. / Lahiri, S. / Shapiro, A.B. / McLeod, S.M. / Carter, N.M. / Moussa, S.H. / Velez-Vega, C. / ...著者: Durand-Reville, T.F. / Guler, S. / Comita-Prevoir, J. / Chen, B. / Bifulco, N. / Huynh, H. / Lahiri, S. / Shapiro, A.B. / McLeod, S.M. / Carter, N.M. / Moussa, S.H. / Velez-Vega, C. / Olivier, N.B. / McLaughlin, R. / Gao, N. / Thresher, J. / Palmer, T. / Andrews, B. / Giacobbe, R.A. / Newman, J.V. / Ehmann, D.E. / de Jonge, B. / O'Donnell, J. / Mueller, J.P. / Tommasi, R.A. / Miller, A.A.
履歴
登録2017年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6238
ポリマ－27,5871
非ポリマー1,0377
水4,089227
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area710 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area11620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.680, 102.680, 84.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-509-

HOH

21A-524-

HOH

31A-556-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase / Betalactamase OXA24 / Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase OXA-40 / Carbapenem-hydrolyzing ...Betalactamase OXA24 / Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase OXA-40 / Carbapenem-hydrolyzing oxacillinase / Carbapenem-hydrolyzing oxacillinase OXA-40 / Carbapenemase OXA-24 / Class D beta-lactamase / Class D beta-lactamase OXA-40 / OXA24 B-lactamase / Oxa40


分子量: 27586.660 Da / 分子数: 1 / 変異: K84KCX / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: blaOXA-33, bla-OXA-40, blaOXA-24, blaOXA-40, oxa-24, oxa40, A8G88_08245
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8RLA6
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-9CP / (2S,5R)-1-formyl-4-methyl-5-[(sulfooxy)amino]-1,2,5,6-tetrahydropyridine-2-carboxamide


分子量: 279.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H13N3O6S
#4: 化合物 ChemComp-9CM / (2S,5R)-4-methyl-7-oxo-6-(sulfooxy)-1,6-diazabicyclo[3.2.1]oct-3-ene-2-carboxamide


分子量: 277.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H11N3O6S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.63 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: Crystallization was achieved using 6 mg/mL of enzyme in 3 mg/mL of compound in 01. MES buffer (pH 6.0) containing 2.4 M (NH4)2SO4 as the precipitant solution

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ DW / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→102.68 Å / Num. obs: 33764 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 24.758 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.032 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 23.1
反射 シェル解像度: 1.93→2.03 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.488 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique obs: 3993 / Rpim(I) all: 0.189 / Rsym value: 0.488 / % possible all: 80.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2JC7

2jc7


解像度: 1.93→51.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.113 / SU Rfree Blow DPI: 0.109 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.104
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 1698 5.06 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.18 33555 96.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.7495 Å20 Å20 Å2
2--4.7495 Å20 Å2
3----9.499 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.93→51.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1927 0 73 227 2227
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0092072HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.012813HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d755SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes59HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes296HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2072HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.89
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.85
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion265SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2620SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.93→1.99 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 101 4.48 %
Rwork0.194 2155 -
all0.195 2256 -
obs--76.88 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -24.8502 Å / Origin y: -7.0862 Å / Origin z: 10.9211 Å
111213212223313233
T-0.0476 Å20.0237 Å2-0.0246 Å2--0.0583 Å2-0.023 Å2---0.0358 Å2
L0.5562 °20.5479 °20.1206 °2-2.4642 °20.7567 °2--0.3824 °2
S0.0254 Å °-0.0509 Å °-0.0107 Å °0.0552 Å °0.0344 Å °-0.0865 Å °0.0054 Å °0.0047 Å °-0.0598 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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