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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vc5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human WEE1 kinase domain in complex with PD-166285 | ||||||
要素 | Wee1-like protein kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / KINASE DOMAIN / CELL CYCLE / WEE1 / TRANSFERASE / INHIBITOR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of G2/MI transition of meiotic cell cycle / G2/M DNA replication checkpoint / negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Polo-like kinase mediated events / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / establishment of cell polarity / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry ...negative regulation of G2/MI transition of meiotic cell cycle / G2/M DNA replication checkpoint / negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Polo-like kinase mediated events / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / establishment of cell polarity / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / neuron projection morphogenesis / positive regulation of DNA replication / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / microtubule cytoskeleton organization / G2/M transition of mitotic cell cycle / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / protein tyrosine kinase activity / phosphorylation / cell division / nucleolus / magnesium ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å | ||||||
データ登録者 | Zhu, J.-Y. / Schonbrunn, E. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017 タイトル: Structural Basis of Wee Kinases Functionality and Inactivation by Diverse Small Molecule Inhibitors. 著者: Zhu, J.Y. / Cuellar, R.A. / Berndt, N. / Lee, H.E. / Olesen, S.H. / Martin, M.P. / Jensen, J.T. / Georg, G.I. / Schonbrunn, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5vc5.cif.gz | 173.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5vc5.ent.gz | 137 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5vc5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5vc5_validation.pdf.gz | 694.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5vc5_full_validation.pdf.gz | 695.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5vc5_validation.xml.gz | 12.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5vc5_validation.cif.gz | 17.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/5vc5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/5vc5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5v5ySC 5vc3C 5vc4C 5vc6C 5vcvC 5vcwC 5vcxC 5vcyC 5vczC 5vd0C 5vd1C 5vd2C 5vd3C 5vdkC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 32440.900 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 291-575 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WEE1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIPL 参照: UniProt: P30291, non-specific protein-tyrosine kinase |
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-非ポリマー , 5種, 89分子
#2: 化合物 | ChemComp-96M / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-EDO / | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-PEG / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.73 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 9.0 MG/ML WEE1, 25 mM Na/K phosphate, 1 mM DTT, 0.05 M ammonium sulfate, 0.05 M Bis-tris (pH 5.5), 7.5 % PEG 3350, 1 mM PD-166285 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月15日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE-CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.93→35.907 Å / Num. obs: 20256 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.736 % / Biso Wilson estimate: 28.08 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.028 / Rrim(I) all: 0.034 / Χ2: 0.961 / Net I/σ(I): 25.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5V5Y 解像度: 1.93→35.907 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.71
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 148.71 Å2 / Biso mean: 47.1873 Å2 / Biso min: 16.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.93→35.907 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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