+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5v87 | ||||||
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Title | Crystal structure of LARP1-unique domain DM15 bound to m7GpppC | ||||||
Components | La-related protein 1 | ||||||
Keywords | RNA BINDING PROTEIN / Cap-binding / RNA-binding / DM15 / 5'TOP | ||||||
Function / homology | Function and homology information cellular response to rapamycin / translation activator activity / eukaryotic initiation factor 4E binding / RNA cap binding / TORC1 signaling / response to amino acid starvation / RNA 7-methylguanosine cap binding / mRNA stabilization / post-transcriptional regulation of gene expression / positive regulation of macroautophagy ...cellular response to rapamycin / translation activator activity / eukaryotic initiation factor 4E binding / RNA cap binding / TORC1 signaling / response to amino acid starvation / RNA 7-methylguanosine cap binding / mRNA stabilization / post-transcriptional regulation of gene expression / positive regulation of macroautophagy / ribosomal small subunit binding / TOR signaling / positive regulation of translational initiation / positive regulation of viral genome replication / negative regulation of translational initiation / translation initiation factor binding / positive regulation of translation / mRNA 3'-UTR binding / translational initiation / mRNA 5'-UTR binding / cytoplasmic stress granule / cell population proliferation / negative regulation of translation / cadherin binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / RNA binding / membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.692 Å | ||||||
Authors | Berman, A.J. / Lahr, R.M. | ||||||
Citation | Journal: Elife / Year: 2017 Title: La-related protein 1 (LARP1) binds the mRNA cap, blocking eIF4F assembly on TOP mRNAs. Authors: Lahr, R.M. / Fonseca, B.D. / Ciotti, G.E. / Al-Ashtal, H.A. / Jia, J.J. / Niklaus, M.R. / Blagden, S.P. / Alain, T. / Berman, A.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5v87.cif.gz | 152.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5v87.ent.gz | 119.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5v87.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5v87_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5v87_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | 5v87_validation.xml.gz | 17.1 KB | Display | |
Data in CIF | 5v87_validation.cif.gz | 23.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/5v87 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/5v87 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5v4rC 5v7cC 5c0vS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 19616.281 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: LARP1, KIAA0731, LARP / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q6PKG0 #2: Chemical | ChemComp-MGT / | #3: Chemical | ChemComp-91P / [[( | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.17 Å3/Da / Density % sol: 43.39 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.05 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 30% w/v Polyethylene glycol 4,000 (#25 Index-116) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 90 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU FR-E DW / Wavelength: 1.54 Å |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS HTC / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jan 4, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.69→30 Å / Num. obs: 34328 / % possible obs: 92.2 % / Redundancy: 3.4 % / Net I/σ(I): 19.85 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5C0V Resolution: 1.692→24.986 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 19.09
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.692→24.986 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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