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- PDB-5v57: 3.0A SYN structure of the multi-domain human smoothened receptor ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v57
タイトル3.0A SYN structure of the multi-domain human smoothened receptor in complex with TC114
要素Smoothened homolog,Flavodoxin,Smoothened homolog
キーワードMEMBRANE PROTEIN / human smoothened receptor complex / GPCR Hedgehog signaling / GPCR / Class F / 7TM domain / hinge domain / extracellular cystein-rich domain / Flavodoxin / LCP / synchrotron radiation / TC114
機能・相同性
機能・相同性情報


ventral midline determination / mesenchymal to epithelial transition involved in metanephric renal vesicle formation / regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / response to inositol / regulation of heart morphogenesis / contact inhibition / negative regulation of hair follicle development / 9+0 non-motile cilium / regulation of somatic stem cell population maintenance / pancreas morphogenesis ...ventral midline determination / mesenchymal to epithelial transition involved in metanephric renal vesicle formation / regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / response to inositol / regulation of heart morphogenesis / contact inhibition / negative regulation of hair follicle development / 9+0 non-motile cilium / regulation of somatic stem cell population maintenance / pancreas morphogenesis / negative regulation of DNA binding / epithelial-mesenchymal cell signaling / myoblast migration / atrial septum morphogenesis / spinal cord dorsal/ventral patterning / determination of left/right asymmetry in lateral mesoderm / midgut development / left/right axis specification / patched binding / somite development / type B pancreatic cell development / forebrain morphogenesis / Activation of SMO / positive regulation of organ growth / smooth muscle tissue development / cellular response to cholesterol / mammary gland epithelial cell differentiation / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / cerebellar cortex morphogenesis / pattern specification process / dentate gyrus development / oxysterol binding / dopaminergic neuron differentiation / thalamus development / commissural neuron axon guidance / positive regulation of multicellular organism growth / positive regulation of smoothened signaling pathway / Class B/2 (Secretin family receptors) / central nervous system neuron differentiation / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cell fate specification / anterior/posterior pattern specification / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / hair follicle morphogenesis / neural crest cell migration / ciliary membrane / dorsal/ventral neural tube patterning / smoothened signaling pathway / positive regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of epithelial cell differentiation / heart looping / protein kinase A catalytic subunit binding / odontogenesis of dentin-containing tooth / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / negative regulation of protein phosphorylation / neuroblast proliferation / vasculogenesis / Hedgehog 'off' state / skeletal muscle fiber development / astrocyte activation / homeostasis of number of cells within a tissue / ciliary tip / epithelial cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation / central nervous system development / centriole / protein sequestering activity / Hedgehog 'on' state / cerebral cortex development / positive regulation of protein import into nucleus / G protein-coupled receptor activity / multicellular organism growth / protein import into nucleus / osteoblast differentiation / endocytic vesicle membrane / FMN binding / late endosome / gene expression / in utero embryonic development / electron transfer activity / protein stabilization / cilium / positive regulation of cell migration / negative regulation of gene expression / apoptotic process / positive regulation of gene expression / dendrite / negative regulation of apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Smoothened, transmembrane domain / Smoothened, cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Flavodoxin, short chain / : / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein ...Smoothened, transmembrane domain / Smoothened, cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Flavodoxin, short chain / : / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Flavodoxin-like / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Flavoprotein-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-836 / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Flavodoxin / Protein smoothened
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Zhang, X. / Zhao, F. / Wu, Y. / Yang, J. / Han, G.W. / Zhao, S. / Ishchenko, A. / Ye, L. / Lin, X. / Ding, K. ...Zhang, X. / Zhao, F. / Wu, Y. / Yang, J. / Han, G.W. / Zhao, S. / Ishchenko, A. / Ye, L. / Lin, X. / Ding, K. / Dharmarajan, V. / Griffin, P.R. / Gati, C. / Nelson, G. / Hunter, M.S. / Hanson, M.A. / Cherezov, V. / Stevens, R.C. / Tan, W. / Tao, H. / Xu, F.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of a multi-domain human smoothened receptor in complex with a super stabilizing ligand.
著者: Zhang, X. / Zhao, F. / Wu, Y. / Yang, J. / Han, G.W. / Zhao, S. / Ishchenko, A. / Ye, L. / Lin, X. / Ding, K. / Dharmarajan, V. / Griffin, P.R. / Gati, C. / Nelson, G. / Hunter, M.S. / ...著者: Zhang, X. / Zhao, F. / Wu, Y. / Yang, J. / Han, G.W. / Zhao, S. / Ishchenko, A. / Ye, L. / Lin, X. / Ding, K. / Dharmarajan, V. / Griffin, P.R. / Gati, C. / Nelson, G. / Hunter, M.S. / Hanson, M.A. / Cherezov, V. / Stevens, R.C. / Tan, W. / Tao, H. / Xu, F.
履歴
登録2017年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Smoothened homolog,Flavodoxin,Smoothened homolog
B: Smoothened homolog,Flavodoxin,Smoothened homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,6467
ポリマ－144,2982
非ポリマー2,3485
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2970 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area60320 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)40.080, 356.360, 59.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN

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要素

#1: タンパク質 Smoothened homolog,Flavodoxin,Smoothened homolog / SMO / Protein Gx


分子量: 72149.023 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 58-433,444-558 / 変異: P2A, Y98W / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The fusion protein of Smoothened homolog (RESIDUES 58-433), Flavodoxin (RESIDUES 1002-1148), Smoothened homolog (RESIDUES 444-558) and 10 HIS tags
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
遺伝子: SMO, SMOH, DVU_2680 / 株: Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99835, UniProt: P00323
#2: 化合物 ChemComp-836 / N-methyl-N-[1-[4-(2-methylpyrazol-3-yl)phthalazin-1-yl]piperidin-4-yl]-4-nitro-2-(trifluoromethyl)benzamide


分子量: 539.509 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H24F3N7O3
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5
詳細: 100 mM Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 36% (v/v) PEG 400, 50-200 mM Ammonium nitrate

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→48.38 Å / Num. obs: 29571 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 72.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.393 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 81.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5V56

5v56


解像度: 3→48.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / Rfactor Rfree error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.411
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 1502 5.08 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.205 29552 91.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 82.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.083 Å20 Å2-0.1952 Å2
2--4.3715 Å20 Å2
3----8.4546 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.44 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3→48.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9949 0 152 0 10101
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00910394HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9314193HARMONIC2.5
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4568SINUSOIDAL15
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes210HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1591HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10394HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.76
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion1.98
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1327SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12250SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3→3.1 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 113 4.41 %
Rwork0.216 2448 -
all0.216 2561 -
obs--79.47 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.54721.08640.14511.92010.36920.20660.05050.02950.14550.0774-0.0570.0341-0.146-0.04050.0065-0.1396-0.0096-0.0389-0.10850.00640.1022-43.19-8.30227.355
20.78231.117-0.03831.8027-0.08430.07160.11620.0062-0.20040.2224-0.1224-0.10060.14870.01440.0062-0.0511-0.0385-0.0199-0.1262-0.03070.0072-96.753-100.41150.894
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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