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- PDB-5v0v: Crystal structure of Equine Serum Albumin complex with etodolac -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v0v
タイトルCrystal structure of Equine Serum Albumin complex with etodolac
要素Serum albumin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / Equine Serum Albumin / Etodolac / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / pyridoxal phosphate binding / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space ...cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / pyridoxal phosphate binding / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8QP / Chem-8QS / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Czub, M.P. / Shabalin, I.G. / Handing, K.B. / Venkataramany, B.S. / Steen, E.H. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM117080 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM118619 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM132595 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Albumin-Based Transport of Nonsteroidal Anti-Inflammatory Drugs in Mammalian Blood Plasma.
著者: Czub, M.P. / Handing, K.B. / Venkataramany, B.S. / Cooper, D.R. / Shabalin, I.G. / Minor, W.
履歴
登録2017年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32022年4月13日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,07916
ポリマ－65,7681
非ポリマー2,31015
水2,954164
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.209, 94.209, 141.819
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Serum albumin


分子量: 65768.086 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-607 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P35747

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非ポリマー , 5種, 179分子

#2: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-8QP / [(1S)-1,8-diethyl-1,3,4,9-tetrahydropyrano[3,4-b]indol-1-yl]acetic acid / (S)-Etodolac / S-エトドラック


分子量: 287.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21NO3
#5: 化合物 ChemComp-8QS / [(1R)-1,8-diethyl-1,3,4,9-tetrahydropyrano[3,4-b]indol-1-yl]acetic acid / (R)-Etodolac / (R)-エトドラック


分子量: 287.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21NO3 / コメント: 抗炎症剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.47 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 1 ul of 34 mg/ml protein in 10 mM Tris pH 7.5 and 150 mM NaCl buffer was mixed with 1 ul of the well condition (0.2 M Li2SO4, 0.1 M Tris:HCl, 2.0 M (NH4)2SO4 final pH 7.4) and equilibrated ...詳細: 1 ul of 34 mg/ml protein in 10 mM Tris pH 7.5 and 150 mM NaCl buffer was mixed with 1 ul of the well condition (0.2 M Li2SO4, 0.1 M Tris:HCl, 2.0 M (NH4)2SO4 final pH 7.4) and equilibrated against well solution in 15 Well Crystallization Plate (Qiagen). Crystals were soaked with 10 mM Etodolac.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月17日
詳細: 1000 um thick sensor. Mirrors: adjustable focus K-B pair Si plus Pt, Rh coatings
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si [111]
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 26311 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 56.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.102 / Rsym value: 0.088 / Χ2: 0.68 / Net I/av σ(I): 14 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allRsym valueΧ2% possible all
2.45-2.493.50.5741.213040.7530.3430.6730.5740.47498.6
2.49-2.543.80.4930.8440.2920.5760.45699.7
2.54-2.5940.5210.830.30.6030.464100
2.59-2.6440.4240.8780.2430.490.469100
2.64-2.740.3790.9070.2170.4380.465100
2.7-2.763.80.3020.9360.1760.3510.473100
2.76-2.834.10.2810.9370.1590.3240.47999.8
2.83-2.93.90.2370.9480.1380.2750.472100
2.9-2.994.10.1880.9690.1060.2170.497100
2.99-3.094.10.1590.9780.0890.1830.541100
3.09-3.240.1320.9820.0750.1530.556100
3.2-3.323.90.1150.9850.0660.1330.617100
3.32-3.4840.0910.9880.0520.1050.68599.9
3.48-3.663.90.0830.990.0480.0960.75599.9
3.66-3.894.10.0790.9910.0440.0910.837100
3.89-4.194.10.070.9910.0390.0810.918100
4.19-4.613.90.0660.9930.0370.0760.996100
4.61-5.284.10.0660.9920.0370.0761.02100
5.28-6.6540.0670.9910.0370.0770.96299.8
6.65-503.90.0570.9930.0320.0651.37599.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ削減
MOLREP位相決定
HKL-3000位相決定
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BQF

5bqf


解像度: 2.45→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 21.103 / SU ML: 0.235 / SU R Cruickshank DPI: 0.4224 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.422 / ESU R Free: 0.262
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2378 1409 5.4 %RANDOM
Rwork0.1801 ---
obs0.1833 24779 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 158.42 Å2 / Biso mean: 64.662 Å2 / Biso min: 33.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.17 Å20.59 Å20 Å2
2--1.17 Å2-0 Å2
3----3.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4506 0 151 164 4821
Biso mean--85.28 54.83 -
残基数----581
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0194774
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.024322
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1441.9886487
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.887310071
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9035580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.5424.831207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.46415794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7571520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.2712
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215460
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02908
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.513 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 97 -
Rwork0.326 1815 -
all-1912 -
obs--98.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.171-1.18973.12773.7936-1.08124.05-0.1874-0.0590.3742-0.18130.07860.0828-0.2609-0.1990.10880.2283-0.03220.05170.2446-0.04170.2548-14.1261.71722.63
22.1661-0.3535-0.3473.3029-0.48722.0974-0.0633-0.61060.18510.34730.1742-0.0926-0.26090.1179-0.11090.3548-0.05470.06070.4923-0.09110.2586-5.17366.90229.658
33.5776-0.7586-0.68861.47320.81241.7882-0.16-0.5138-0.45950.30340.00630.2410.3207-0.17940.15370.2115-0.03150.0190.27360.00040.21923.52950.07724.528
44.2578-0.2359-1.14281.30570.23971.82880.02450.147-0.0718-0.052-0.00860.17080.1577-0.1058-0.0160.2296-0.0189-0.0670.2082-0.04380.09338.39149.5526.46
54.60080.5072-1.58972.0759-0.05045.55820.0270.20490.1262-0.1292-0.0644-0.25-0.18560.28350.03750.15550.0251-0.02020.1835-0.04950.14728.94754.5624.977
61.6494-0.62730.72252.5643-0.75883.5027-0.1119-0.0875-0.01250.00880.04790.02990.01940.0880.06390.16660.01650.03690.2435-0.01360.130624.86155.13330.525
72.77990.1398-1.64010.9859-1.05814.1053-0.0884-0.25640.12850.26420.09850.0433-0.306-0.0675-0.01010.29450.1101-0.0050.2413-0.00240.171127.41353.19653.235
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 60
2X-RAY DIFFRACTION2A61 - 128
3X-RAY DIFFRACTION3A129 - 231
4X-RAY DIFFRACTION4A232 - 320
5X-RAY DIFFRACTION5A321 - 387
6X-RAY DIFFRACTION6A388 - 498
7X-RAY DIFFRACTION7A499 - 583

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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