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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5uys | ||||||
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タイトル | Human steroidogenic cytochrome P450 17A1 with 3alphaOH-5alpha-abiraterone analog | ||||||
![]() | Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Steroidogenic | ||||||
機能・相同性 | ![]() Defective CYP17A1 causes AH5 / steroid 17alpha-monooxygenase / 17alpha-hydroxyprogesterone deacetylase / steroid 17-alpha-monooxygenase activity / : / glucocorticoid biosynthetic process / Androgen biosynthesis / hormone biosynthetic process / Glucocorticoid biosynthesis / androgen biosynthetic process ...Defective CYP17A1 causes AH5 / steroid 17alpha-monooxygenase / 17alpha-hydroxyprogesterone deacetylase / steroid 17-alpha-monooxygenase activity / : / glucocorticoid biosynthetic process / Androgen biosynthesis / hormone biosynthetic process / Glucocorticoid biosynthesis / androgen biosynthetic process / sex differentiation / progesterone metabolic process / steroid biosynthetic process / steroid metabolic process / oxygen binding / iron ion binding / axon / neuronal cell body / endoplasmic reticulum membrane / heme binding / endoplasmic reticulum 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Scott, E.E. / Petrunak, E.M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Human cytochrome P450 17A1 structures with metabolites of prostate cancer drug abiraterone reveal substrate-binding plasticity and a second binding site. 著者: Petrunak, E.M. / Bart, A.G. / Peng, H.M. / Auchus, R.J. / Scott, E.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 719.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 606.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | Monomer as determined by gel filtration |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55740.141 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 24-508 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P05093, steroid 17alpha-monooxygenase, 17alpha-hydroxyprogesterone deacetylase #2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 化合物 | ChemComp-8QD / ( #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.76 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 175 mM Tris HCl, pH 8.5, 30% PEG-3350, 300 mM LiSO4, 3% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.39→39.29 Å / Num. obs: 92392 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.4 % / Rpim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.39→2.52 Å / 冗長度: 7.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 13193 / % possible all: 98.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3SWZ 解像度: 2.392→39.286 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.76
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 167.7 Å2 / Biso mean: 42.63 Å2 / Biso min: 14.16 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.392→39.286 Å
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拘束条件 | タイプ: f_bond_d / Dev ideal: 0.007 / 数: 15663 | ||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.3921→2.4193 Å / Rfactor Rfree error: 0
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