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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5uwn | ||||||
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タイトル | Matrix metalloproteinase-13 complexed with selective inhibitor compound 10d | ||||||
![]() | Collagenase 3 | ||||||
![]() | hydrolase/hydrolase inhibitor / Metalloproteinase / collagenase / MMP-13 / hydrolase / hydrolase-hydrolase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() growth plate cartilage development / RUNX2 regulates genes involved in cell migration / endochondral ossification / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / bone morphogenesis / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / bone mineralization / Activation of Matrix Metalloproteinases / response to amyloid-beta / Collagen degradation ...growth plate cartilage development / RUNX2 regulates genes involved in cell migration / endochondral ossification / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / bone morphogenesis / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / bone mineralization / Activation of Matrix Metalloproteinases / response to amyloid-beta / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / collagen binding / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix / extracellular matrix organization / metalloendopeptidase activity / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Taylor, A.B. / Cao, X. / Hart, P.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure-Based Design and Synthesis of Potent and Selective Matrix Metalloproteinase 13 Inhibitors. 著者: Choi, J.Y. / Fuerst, R. / Knapinska, A.M. / Taylor, A.B. / Smith, L. / Cao, X. / Hart, P.J. / Fields, G.B. / Roush, W.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 182.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 145.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19366.578 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CATALYTIC DOMAIN (UNP RESIDUES 104-274) / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P45452, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-8O7 / #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.78 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES, 1.6 M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→125.66 Å / Num. obs: 30172 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 60.8 Å2 / Rpim(I) all: 0.12 / Rsym value: 0.244 / Net I/σ(I): 7.6 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4397 / Rpim(I) all: 0.506 / Rsym value: 1.03 / % possible all: 99.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4L19 解像度: 3.2→95.8 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.05
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→95.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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