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万見
- PDB-5ups: Acyl-CoA synthetase PtmA2 from Streptomyces platensis in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ups
タイトルAcyl-CoA synthetase PtmA2 from Streptomyces platensis in complex with SBNP663 ligand
要素Acyl-CoA synthetase PtmA2
キーワードTRANSFERASE / ACYL-COA SYNTHETASE / PTMA2 / STRUCTURAL GENOMICS / APC109894 / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme ...: / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8K1 / FORMIC ACID / PtmA2
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces platensis subsp. rosaceus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Hatzos-Skintges, C. / Endres, M. / Babnigg, G. / Rudolf, J.D. / Chang, C.-Y. / Ma, M. / Shen, B. / Phillips Jr., G.N. / Joachimiak, A. ...Osipiuk, J. / Hatzos-Skintges, C. / Endres, M. / Babnigg, G. / Rudolf, J.D. / Chang, C.-Y. / Ma, M. / Shen, B. / Phillips Jr., G.N. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro)
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Natural separation of the acyl-CoA ligase reaction results in a non-adenylating enzyme.
著者: Wang, N. / Rudolf, J.D. / Dong, L.B. / Osipiuk, J. / Hatzos-Skintges, C. / Endres, M. / Chang, C.Y. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Phillips, G.N. / Shen, B.
履歴
登録2017年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月22日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl-CoA synthetase PtmA2
B: Acyl-CoA synthetase PtmA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,76916
ポリマ－114,9362
非ポリマー1,83414
水13,007722
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5560 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area36530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)162.669, 162.669, 114.135
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Acyl-CoA synthetase PtmA2


分子量: 57467.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces platensis subsp. rosaceus (バクテリア)
プラスミド: pMCSG68
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0A0V031
#2: 化合物 ChemComp-8K1 / 5'-O-[(R)-hydroxy{[(7beta,8alpha,9beta,10alpha,11beta,13alpha)-7-hydroxy-19-oxo-11,16-epoxykauran-19-yl]oxy}phosphoryl]adenosine


分子量: 663.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H42N5O10P
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 722 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.86 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 0.2 M sodium formate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 108962 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.122 / Χ2: 1.516 / Net I/σ(I): 6.4 / Num. measured all: 939293
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.05-2.098.50.8932.050.7490.3240.9510.605100
2.09-2.128.50.7540.8030.2750.8030.635100
2.12-2.168.10.6560.8360.2450.7010.663100
2.16-2.217.70.5620.870.2140.6020.714100
2.21-2.268.90.4920.910.1740.5220.74100
2.26-2.3190.4240.9380.1490.4490.819100
2.31-2.3790.3720.9450.1310.3950.893100
2.37-2.438.90.3120.9570.1110.3310.99100
2.43-2.58.70.2840.9630.1020.3021.049100
2.5-2.588.50.2460.9710.0890.2621.178100
2.58-2.687.70.2090.9740.080.2241.35699.9
2.68-2.7890.1870.9820.0660.1981.415100
2.78-2.919.10.1630.9870.0570.1721.613100
2.91-3.0690.140.990.0490.1481.835100
3.06-3.258.90.1230.9910.0440.1312.032100
3.25-3.5180.1070.9910.040.1142.192100
3.51-3.869.10.0940.9940.0330.12.331100
3.86-4.428.90.0840.9950.030.092.292100
4.42-5.568.30.0820.9950.030.0872.713100
5.56-508.70.0770.9970.0280.0823.957100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
REFMAC5.8.0069精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5e7q

5e7q


解像度: 2.05→48.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 5.851 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.115
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1881 5381 4.9 %RANDOM
Rwork0.1558 ---
obs0.1574 103541 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 91.26 Å2 / Biso mean: 40.071 Å2 / Biso min: 26.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å2-0.08 Å20 Å2
2---0.16 Å2-0 Å2
3---0.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→48.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7942 0 124 722 8788
Biso mean--37.24 48.25 -
残基数----1040
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0198343
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027767
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5131.96411395
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.796317782
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.85351060
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.34422.063383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.516151170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1071594
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21237
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0219599
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022025
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 397 -
Rwork0.225 7514 -
all-7911 -
obs--99.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2147-0.0776-0.04840.1380.01440.0112-0.0264-0.07490.06120.02930.0391-0.04140.00360.0126-0.01270.03660.0346-0.01870.0976-0.02570.023128.266595.521227.0974
20.493-0.01990.05270.1202-0.00750.0059-0.0025-0.0698-0.02110.05470.00510.0058-0.0025-0.0065-0.00260.03060.0111-0.00010.06580.01110.005960.814266.307824.2423
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 522
2X-RAY DIFFRACTION1A701 - 706
3X-RAY DIFFRACTION1B601
4X-RAY DIFFRACTION2B3 - 522
5X-RAY DIFFRACTION2B602 - 608

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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