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万見
- PDB-5un1: Crystal structure of GluN1/GluN2B delta-ATD NMDA receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5un1
タイトルCrystal structure of GluN1/GluN2B delta-ATD NMDA receptor
要素
  • Ionotropic glutamate receptor subunit NR2B
  • N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR1-3a
キーワードMEMBRANE PROTEINS/INHIBITOR / Complex / Arrangement / channel blocker / MEMBRANE PROTEINS-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


NMDA glutamate receptor activity / NMDA selective glutamate receptor complex / response to zinc ion / plasma membrane => GO:0005886 / response to magnesium ion / excitatory postsynaptic potential / regulation of membrane potential / long-term synaptic potentiation / late endosome / chemical synaptic transmission ...NMDA glutamate receptor activity / NMDA selective glutamate receptor complex / response to zinc ion / plasma membrane => GO:0005886 / response to magnesium ion / excitatory postsynaptic potential / regulation of membrane potential / long-term synaptic potentiation / late endosome / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / lysosome / neuron projection / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Calmodulin-binding domain C0, NMDA receptor, NR1 subunit / Calmodulin-binding domain C0 of NMDA receptor NR1 subunit / Glutamate [NMDA] receptor, epsilon subunit, C-terminal / N-methyl D-aspartate receptor 2B3 C-terminus / : / : / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site ...Calmodulin-binding domain C0, NMDA receptor, NR1 subunit / Calmodulin-binding domain C0 of NMDA receptor NR1 subunit / Glutamate [NMDA] receptor, epsilon subunit, C-terminal / N-methyl D-aspartate receptor 2B3 C-terminus / : / : / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / : / Ligand-gated ion channel / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like II / Periplasmic binding protein-like I / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BMK / GLUTAMIC ACID / GLYCINE / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 / Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B / Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Song, X. / Gouaux, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01-NS038631 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Mechanism of NMDA receptor channel block by MK-801 and memantine.
著者: Song, X. / Jensen, M.O. / Jogini, V. / Stein, R.A. / Lee, C.H. / Mchaourab, H.S. / Shaw, D.E. / Gouaux, E.
履歴
登録2017年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年5月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42022年4月13日Group: Author supporting evidence / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR1-3a
A: N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR1-3a
B: Ionotropic glutamate receptor subunit NR2B
H: Ionotropic glutamate receptor subunit NR2B
E: N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR1-3a
F: Ionotropic glutamate receptor subunit NR2B
C: N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR1-3a
D: Ionotropic glutamate receptor subunit NR2B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)408,39626
ポリマ－405,1078
非ポリマー3,28918
水00
1
G: N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR1-3a
H: Ionotropic glutamate receptor subunit NR2B
E: N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR1-3a
F: Ionotropic glutamate receptor subunit NR2B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,56414
ポリマ－202,5534
非ポリマー2,01010
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11090 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area83740 Å2
手法PISA
2
A: N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR1-3a
B: Ionotropic glutamate receptor subunit NR2B
C: N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR1-3a
D: Ionotropic glutamate receptor subunit NR2B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,83212
ポリマ－202,5534
非ポリマー1,2798
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12510 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area79850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)181.570, 108.470, 182.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.44, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 8分子 GAECBHFD

#1: タンパク質
N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR1-3a


分子量: 51107.777 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 394-836 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: C0KD15, UniProt: A0A1L8F5J9*PLUS
#2: タンパク質
Ionotropic glutamate receptor subunit NR2B


分子量: 50168.961 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 400-839 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: NR2B, XELAEV_18025529mg
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A7XY94

-
糖 , 1種, 6分子

#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 12分子

#3: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#7: 化合物 ChemComp-BMK / (5S,10R)-5-methyl-10,11-dihydro-5H-5,10-epiminodibenzo[a,d][7]annulene / MK-801


分子量: 221.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H15N / コメント: 神経伝達物質*YM
#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 化合物 ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト


分子量: 486.726 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.21 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 2-ethanesulfonic acid, sodium fluoride, PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC HF-4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.58→50 Å / Num. obs: 76987 / % possible obs: 86 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 8.33
反射 シェル解像度: 3.58→3.68 Å / 冗長度: 4.08 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Num. unique obs: 2414 / CC1/2: 0.12 / % possible all: 38.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2597: ???)精密化
XDSNov 1, 2016データ削減
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TLL

4tll


解像度: 3.6→49.994 Å / SU ML: 0.63 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.47 / 位相誤差: 33.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3162 3562 5.09 %
Rwork0.2877 --
obs0.2892 69975 91.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→49.994 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19915 0 228 0 20143
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00620504
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81828271
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3645673
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0483401
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043844
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6001-3.64940.393500.36881030X-RAY DIFFRACTION36
3.6494-3.70150.355740.351418X-RAY DIFFRACTION49
3.7015-3.75680.3621100.34541874X-RAY DIFFRACTION65
3.7568-3.81540.34881360.32922204X-RAY DIFFRACTION77
3.8154-3.8780.37121200.31222555X-RAY DIFFRACTION87
3.878-3.94480.38371530.30272748X-RAY DIFFRACTION96
3.9448-4.01650.32731660.29572838X-RAY DIFFRACTION98
4.0165-4.09370.33741510.28722822X-RAY DIFFRACTION97
4.0937-4.17730.31481530.28852764X-RAY DIFFRACTION95
4.1773-4.2680.31351600.27082713X-RAY DIFFRACTION95
4.268-4.36730.33781510.26292925X-RAY DIFFRACTION99
4.3673-4.47640.27921480.25192870X-RAY DIFFRACTION100
4.4764-4.59740.30241370.24952922X-RAY DIFFRACTION99
4.5974-4.73250.29681270.24822924X-RAY DIFFRACTION99
4.7325-4.88520.29981600.23922888X-RAY DIFFRACTION99
4.8852-5.05960.29041510.2522896X-RAY DIFFRACTION99
5.0596-5.2620.31331420.25942888X-RAY DIFFRACTION99
5.262-5.50120.33181600.25922878X-RAY DIFFRACTION99
5.5012-5.79080.29581740.28532874X-RAY DIFFRACTION99
5.7908-6.1530.34471530.29992821X-RAY DIFFRACTION97
6.153-6.62710.34521510.29542848X-RAY DIFFRACTION96
6.6271-7.29220.31241440.28862949X-RAY DIFFRACTION99
7.2922-8.34320.30581660.29142914X-RAY DIFFRACTION100
8.3432-10.49550.26661520.26662941X-RAY DIFFRACTION99
10.4955-49.99860.32111730.32892909X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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