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- PDB-4tll: Crystal structure of GluN1/GluN2B NMDA receptor, structure 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tll
タイトルCrystal structure of GluN1/GluN2B NMDA receptor, structure 1
要素(receptor subunit ...) x 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / Neurotransmitter receptor / NMDA receptor / GluN1/GluN2B / Membrane protein / Ion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


NMDA glutamate receptor activity / NMDA selective glutamate receptor complex / ligand-gated sodium channel activity / response to zinc ion / response to magnesium ion / glutamate-gated calcium ion channel activity / sodium ion transmembrane transport / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / excitatory postsynaptic potential / regulation of membrane potential ...NMDA glutamate receptor activity / NMDA selective glutamate receptor complex / ligand-gated sodium channel activity / response to zinc ion / response to magnesium ion / glutamate-gated calcium ion channel activity / sodium ion transmembrane transport / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / excitatory postsynaptic potential / regulation of membrane potential / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / postsynaptic density membrane / calcium ion transmembrane transport / regulation of synaptic plasticity / long-term synaptic potentiation / late endosome / signaling receptor activity / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / lysosome / neuron projection / synapse / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glutamate [NMDA] receptor, epsilon subunit, C-terminal / N-methyl D-aspartate receptor 2B3 C-terminus / : / : / Response regulator / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel ...Glutamate [NMDA] receptor, epsilon subunit, C-terminal / N-methyl D-aspartate receptor 2B3 C-terminus / : / : / Response regulator / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like II / Periplasmic binding protein-like I / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-AMINOCYCLOPROPANECARBOXYLIC ACID / trans-1-aminocyclobutane-1,3-dicarboxylic acid / Chem-QEM / Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 / Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B / Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.59 Å
データ登録者Gouaux, E. / Lee, C.-H. / Lu, W.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: NMDA receptor structures reveal subunit arrangement and pore architecture.
著者: Lee, C.H. / Lu, W. / Michel, J.C. / Goehring, A. / Du, J. / Song, X. / Gouaux, E.
履歴
登録2014年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月9日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22014年7月16日Group: Database references
改定 1.32014年9月24日Group: Database references
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / entity_src_gen / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: receptor subunit GluN1
B: receptor subunit GluN2B
C: receptor subunit GluN1
D: receptor subunit GluN2B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)373,44612
ポリマ－371,6224
非ポリマー1,8248
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16030 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area137970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)201.460, 117.260, 218.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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Receptor subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 receptor subunit GluN1 / N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR1-8a


分子量: 92722.305 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 22-836
変異: C22A, K51F, K52F, N300Q, N350Q, N368D, N440D, N469D, K493A, K494A, E495A, G610R, I617L, D656R, N769E, Del(K588-E595), Replacement of 845-853 with SRAEAKRMK
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: C0KD18, UniProt: A0A1L8F5J9*PLUS
#2: タンパク質 receptor subunit GluN2B / Ionotropic glutamate receptor subunit NR2B


分子量: 93088.461 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 20-839
変異: M20S, G21R, C22A, A64E, N69Q, K216C, N343D, T490V, C585A, E654R, E655R, V615L, Del(K382-V385), Del(R584-G593), Replacement of 854-864 with YKSRAEAKRMK
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: NR2B / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A7XY94

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糖 , 1種, 4分子

#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 4分子

#4: 化合物 ChemComp-1AC / 1-AMINOCYCLOPROPANECARBOXYLIC ACID / 1-アミノシクロプロパン-1-カルボン酸


タイプ: peptide linking / 分子量: 101.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7NO2
#5: 化合物 ChemComp-QEM / 4-[(1R,2S)-3-(4-benzylpiperidin-1-yl)-1-hydroxy-2-methylpropyl]phenol / Ro-25-6981


分子量: 339.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H29NO2
#6: 化合物 ChemComp-JEG / trans-1-aminocyclobutane-1,3-dicarboxylic acid / 1-アミノシクロブタン-1α,3α-ジカルボン酸


分子量: 159.140 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H9NO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月20日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.47→48.1 Å / Num. obs: 54471 / % possible obs: 85.7 % / 冗長度: 6.51 % / Net I/σ(I): 6.44

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.59→48.08 Å / SU ML: 0.58 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 32.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 2655 4.97 %
Rwork0.2664 --
obs0.2684 53377 93.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.59→48.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18635 0 124 0 18759
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00319112
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87826320
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.3625486
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0833204
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043548
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.59-3.65530.3811880.3351521X-RAY DIFFRACTION54
3.6553-3.72550.2792850.31041900X-RAY DIFFRACTION67
3.7255-3.80160.31671160.29892210X-RAY DIFFRACTION77
3.8016-3.88420.38361380.33562598X-RAY DIFFRACTION90
3.8842-3.97450.34831450.31992700X-RAY DIFFRACTION96
3.9745-4.07380.34871510.28772793X-RAY DIFFRACTION98
4.0738-4.18390.29441570.26812814X-RAY DIFFRACTION98
4.1839-4.3070.32981420.26482830X-RAY DIFFRACTION99
4.307-4.44590.30091260.23912803X-RAY DIFFRACTION99
4.4459-4.60470.25481640.23242807X-RAY DIFFRACTION99
4.6047-4.78890.26121300.23542830X-RAY DIFFRACTION99
4.7889-5.00660.29771560.23032811X-RAY DIFFRACTION99
5.0066-5.27030.2591500.24482839X-RAY DIFFRACTION99
5.2703-5.60.31861460.25552846X-RAY DIFFRACTION99
5.6-6.03160.28821460.2672845X-RAY DIFFRACTION99
6.0316-6.63720.31971420.27622857X-RAY DIFFRACTION99
6.6372-7.59440.30691580.27842865X-RAY DIFFRACTION99
7.5944-9.55580.27541600.2352900X-RAY DIFFRACTION100
9.5558-48.08420.31141550.27142953X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.6091-0.8438-1.38373.410.3221.84240.0554-0.26491.3834-0.33260.23090.1494-0.322-0.1082-0.21440.47750.119-0.01090.35530.01590.7616109.974688.4154413.3668
26.08030.0491-0.00114.2186-2.35913.6642-0.1656-1.1198-0.26540.54810.13110.43970.47460.21780.07051.17130.68980.38672.1544-0.02731.340181.535676.768454.0727
30.92541.0747-0.81212.6217-1.95341.2686-2.4825-0.17121.29070.1186-0.94811.02773.3041-0.72382.06372.6046-0.39772.04953.839-0.46674.366267.354150.1516506.0754
42.92390.5156-0.25675.40040.6647.1369-0.9757-0.7829-1.0744-0.2477-0.25190.43351.1951-0.71030.73260.67620.04880.4029-0.1995-0.27161.4334114.10656.4981422.7222
56.0872-0.4529-1.14223.88061.12443.2559-0.06780.1592-3.32680.9598-0.9717-0.2462.6281.27680.54013.33041.51670.10753.01620.67452.5396109.910543.779473.1219
60.64290.4512-0.69720.1758-0.60035.0486-1.198-0.17440.9709-2.50391.79870.57041.48941.5809-0.22944.371-0.5993-0.51885.4186-0.18411.839978.233161.2874518.7895
76.24390.6508-1.42566.7937-3.64424.7212-0.1035-1.2923-1.3373-0.0761-0.12850.05991.20761.47170.23821.61190.86-0.22642.2357-0.18151.3448162.45464.0978454.1609
83.4918-1.48271.87447.9337-1.80294.1585-1.1835-1.718-0.17631.1104-0.4903-2.42081.64162.13051.46282.18050.93540.30732.97390.56752.0021125.374162.6439490.6193
91.87650.75-0.16841.7464-0.77460.03110.0033-0.87083.681-0.88413.14450.0593-0.7167-1.1564-1.5681.7523-0.13282.83024.866-0.51232.582773.723378.0591504.6186
108.14011.00161.95744.25030.81455.6016-0.0329-1.44951.07960.86630.5263-0.7758-0.0931.3842-0.4491.46490.3182-0.47441.8762-0.48481.1124150.136794.1145458.5828
113.58820.78-0.10764.55861.45777.2908-0.3482-0.26391.06851.35920.5531-1.2023-0.2522-0.1289-0.14351.21080.6556-0.22642.1385-0.37681.765299.896494.7651470.3801
120.9243-0.2479-1.12422.72110.32421.836-0.25082.14570.2736-0.0391-1.1175-0.2533-0.015-0.98211.45091.6161-0.6588-0.20424.58980.82342.844861.090269.3952498.0589
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 23 through 396 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and ((resid 397 through 540) or (resid 652 through 789))
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and ((resid 541 through 651) or (resid 811 through 831))
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 26 through 385 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and ((resid 398 through 535) or (resid 647 through 789))
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and ((resid 539 through 646) or (resid 805 through 826))
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 23 through 396 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and ((resid 397 through 540) or (resid 652 through 790))
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 541 through 651)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 27 through 390)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and ((resid 397 through 535) or (resid 647 through 789))
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and ((resid 541 through 646) or (resid 790 through 827))

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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