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万見
- PDB-5uhz: Crystal Structure of an Oxidoreductase from Agrobacterium radioba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uhz
タイトルCrystal Structure of an Oxidoreductase from Agrobacterium radiobacter in Complex with NAD+, D-Apionate and Magnesium
要素Oxidoreductase protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / D-Apionate
機能・相同性
機能・相同性情報


D-apiose dehydrogenase / oxidoreductase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, C-terminal / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-89Y / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / D-apiose dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium radiobacter (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Cook, W.J. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Huang, H. / Bonanno, J.B. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of an Oxidoreductase from Agrobacterium radiobacter in Complex with NAD+, D-Apionate and Magnesium
著者: Cook, W.J. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Huang, H. / Bonanno, J.B. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
履歴
登録2017年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月7日Group: Structure summary
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年5月13日Group: Atomic model / カテゴリ: atom_site / Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id
改定 2.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / struct_conn ...chem_comp / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.type / _struct_conn.pdbx_dist_value ..._chem_comp.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxidoreductase protein
B: Oxidoreductase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,6478
ポリマ－74,9752
非ポリマー1,6726
水1,946108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5510 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area24540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.763, 114.183, 66.158
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.99, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Oxidoreductase protein


分子量: 37487.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium radiobacter (strain K84 / ATCC BAA-868) (根粒菌)
株: K84 / ATCC BAA-868 / 遺伝子: Arad_9238 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B9JK80
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 糖 ChemComp-89Y / (3R,4R)-3,4-dihydroxy-4-(hydroxymethyl)oxolan-2-one


タイプ: D-saccharide / 分子量: 148.114 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H8O5
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 3.5 M Sodium formate, 5 mM NAD+, 5 mM magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月17日 / 詳細: Diamond
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→29.57 Å / Num. obs: 51035 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.659 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 7372 / CC1/2: 0.795 / Rpim(I) all: 0.596 / Rrim(I) all: 0.891 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
MOSFLMデータ削減
Aimless0.5.21データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UHW

5uhw


解像度: 2.2→29.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 15.086 / SU ML: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2259 2486 5 %RANDOM
Rwork0.19996 ---
obs0.20126 47565 96.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 63.078 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.49 Å2-0 Å21.77 Å2
2--1.64 Å2-0 Å2
3---0.53 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→29.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5158 0 110 108 5376
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0195382
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024882
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.231.9637328
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.883311278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5445682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.59324.035228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.77615822
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.1391532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2832
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026036
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021126
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5643.5132734
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5643.5122733
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5045.2643414
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5045.2663415
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8433.7972648
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.843.7972648
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.9345.6213915
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.98842.1395803
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.9842.0745793
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.432 123 -
Rwork0.389 2658 -
obs--75.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.08560.2769-0.35211.25990.42761.50690.2812-0.27980.01860.2927-0.2864-0.13840.13480.15920.00520.2015-0.1495-0.08140.27070.07620.08418.1988-31.374115.3137
21.0179-1.3027-0.53821.93530.48351.02630.36380.4597-0.0803-0.3073-0.4445-0.019-0.0183-0.07690.08080.29720.3084-0.13830.4914-0.02240.164924.3305-56.1416-19.792
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 345
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 345

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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