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- PDB-5u3i: CRYSTAL STRUCTURE OF CARBONMONOXY HEMOGLOBIN S (LIGANDED SICKLE C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u3i
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF CARBONMONOXY HEMOGLOBIN S (LIGANDED SICKLE CELL HEMOGLOBIN) COMPLEXED WITH GBT compound 31
要素(Hemoglobin subunit ...) x 2
キーワードOXYGEN TRANSPORT / R2 QUATERNARY STATE
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / peroxidase activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ficolin-1-rich granule lumen / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7SJ / CARBON MONOXIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Partridge, J.R. / Choy, R.M. / Li, Z. / Metcalf, B.
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2017
タイトル: Discovery of GBT440, an Orally Bioavailable R-State Stabilizer of Sickle Cell Hemoglobin.
著者: Metcalf, B. / Chuang, C. / Dufu, K. / Patel, M.P. / Silva-Garcia, A. / Johnson, C. / Lu, Q. / Partridge, J.R. / Patskovska, L. / Patskovsky, Y. / Almo, S.C. / Jacobson, M.P. / Hua, L. / Xu, Q. ...著者: Metcalf, B. / Chuang, C. / Dufu, K. / Patel, M.P. / Silva-Garcia, A. / Johnson, C. / Lu, Q. / Partridge, J.R. / Patskovska, L. / Patskovsky, Y. / Almo, S.C. / Jacobson, M.P. / Hua, L. / Xu, Q. / Gwaltney, S.L. / Yee, C. / Harris, J. / Morgan, B.P. / James, J. / Xu, D. / Hutchaleelaha, A. / Paulvannan, K. / Oksenberg, D. / Li, Z.
履歴
登録2016年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月12日Group: Database references
改定 1.22019年11月27日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Hemoglobin subunit alpha
D: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,95213
ポリマ－62,0214
非ポリマー2,9309
水99155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11960 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area23350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.385, 59.040, 172.637
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Hemoglobin subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain


分子量: 15150.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質 Hemoglobin subunit beta / Beta-globin / Hemoglobin beta chain


分子量: 15860.216 Da / 分子数: 2 / Mutation: E6V / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871

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非ポリマー , 4種, 64分子

#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物
ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#5: 化合物 ChemComp-7SJ / 2-methoxy-5-({2-[1-(propan-2-yl)-1H-pyrazol-5-yl]pyridin-3-yl}methoxy)pyridine-4-carbaldehyde


分子量: 352.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H20N4O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.83 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM Hepes pH 7.4 20 mM NaCl 30 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 43683 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 48.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.018 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 1.7 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rpim(I) all: 0.503 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 5.0E+83 / 解像度: 1.95→29.805 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2528 2003 4.59 %
Rwork0.2062 --
obs0.2084 43667 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→29.805 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4373 0 205 55 4633
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094739
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9716506
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5342690
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045705
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006811
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-1.99880.38021450.34692918X-RAY DIFFRACTION100
1.9988-2.05280.43491410.33982969X-RAY DIFFRACTION100
2.0528-2.11320.3711370.31522935X-RAY DIFFRACTION100
2.1132-2.18140.32831380.2842902X-RAY DIFFRACTION100
2.1814-2.25930.32091350.27492922X-RAY DIFFRACTION100
2.2593-2.34970.33181490.26782966X-RAY DIFFRACTION100
2.3497-2.45660.28311440.24852945X-RAY DIFFRACTION100
2.4566-2.58610.29151390.24382961X-RAY DIFFRACTION100
2.5861-2.7480.321480.25532949X-RAY DIFFRACTION100
2.748-2.960.28141380.24672978X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.25750.27571480.24312975X-RAY DIFFRACTION100
3.2575-3.72810.26261430.20693014X-RAY DIFFRACTION100
3.7281-4.69410.21111450.16583035X-RAY DIFFRACTION100
4.6941-29.80830.2031530.16073195X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.8883 Å / Origin y: -2.5457 Å / Origin z: -21.664 Å
111213212223313233
T0.2906 Å2-0.0402 Å20.0953 Å2-0.2821 Å20.0456 Å2--0.4237 Å2
L2.1171 °20.6146 °20.8858 °2-3.7542 °23.8759 °2--9.9408 °2
S0.0555 Å °-0.1106 Å °0.2133 Å °0.5324 Å °-0.2851 Å °0.3433 Å °0.897 Å °-0.2368 Å °0.0889 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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