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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5tzr | ||||||
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タイトル | GPR40 in complex with partial agonist MK-8666 | ||||||
要素 | Free fatty acid receptor 1,Endolysin,Free fatty acid receptor 1 | ||||||
キーワード | FATTY ACID BINDING PROTEIN/HYDROLASE / FFAR1 / partial agonist / FATTY ACID BINDING PROTEIN-HYDROLASE complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bioactive lipid receptor activity / Free fatty acid receptors / Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / ion channel modulating, G protein-coupled receptor signaling pathway / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP) / response to fatty acid / positive regulation of calcium ion transport / insulin secretion / negative regulation of interleukin-1 beta production / ligand-gated ion channel signaling pathway ...bioactive lipid receptor activity / Free fatty acid receptors / Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / ion channel modulating, G protein-coupled receptor signaling pathway / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP) / response to fatty acid / positive regulation of calcium ion transport / insulin secretion / negative regulation of interleukin-1 beta production / ligand-gated ion channel signaling pathway / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / G protein-coupled receptor activity / positive regulation of insulin secretion / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / cell wall macromolecule catabolic process / glucose homeostasis / lysozyme / lysozyme activity / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (q) signalling events / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / G protein-coupled receptor signaling pathway / lipid binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Enterobacteria phage T4 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Lu, J. / Byrne, N. / Patel, S. / Sharma, S. / Soisson, S.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2017 タイトル: Structural basis for the cooperative allosteric activation of the free fatty acid receptor GPR40. 著者: Lu, J. / Byrne, N. / Wang, J. / Bricogne, G. / Brown, F.K. / Chobanian, H.R. / Colletti, S.L. / Di Salvo, J. / Thomas-Fowlkes, B. / Guo, Y. / Hall, D.L. / Hadix, J. / Hastings, N.B. / Hermes, ...著者: Lu, J. / Byrne, N. / Wang, J. / Bricogne, G. / Brown, F.K. / Chobanian, H.R. / Colletti, S.L. / Di Salvo, J. / Thomas-Fowlkes, B. / Guo, Y. / Hall, D.L. / Hadix, J. / Hastings, N.B. / Hermes, J.D. / Ho, T. / Howard, A.D. / Josien, H. / Kornienko, M. / Lumb, K.J. / Miller, M.W. / Patel, S.B. / Pio, B. / Plummer, C.W. / Sherborne, B.S. / Sheth, P. / Souza, S. / Tummala, S. / Vonrhein, C. / Webb, M. / Allen, S.J. / Johnston, J.M. / Weinglass, A.B. / Sharma, S. / Soisson, S.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5tzr.cif.gz | 108.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5tzr.ent.gz | 78.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5tzr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/5tzr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/5tzr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 53102.188 Da / 分子数: 1 変異: L42A, F88A, G103A, Y202F, R1012G, C1054T, C1097A, I1137R 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 遺伝子: FFAR1, GPR40 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): Sf21 / 参照: UniProt: O14842, UniProt: P00720, lysozyme |
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-非ポリマー , 6種, 75分子
#2: 化合物 | ChemComp-NA / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-MK6 / ( | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-MLI / | ||||
#5: 化合物 | ChemComp-OLC / ( #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.63 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7.7 詳細: 25-28%PEG 400, 0.2M sodium malonate, 0.1M Tris pH7.7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 30519 / Biso Wilson estimate: 42.33 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.507 / CC1/2: 0.788 / % possible all: 48.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 4phu 解像度: 2.2→28.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.207 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.197 / SU Rfree Blow DPI: 0.167 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.173
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原子変位パラメータ | Biso mean: 54.46 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.29 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.2→28.17 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
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