PDB-5tzo: Computationally Designed Fentanyl Binder - Fen49*-Complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tzo

タイトル

Computationally Designed Fentanyl Binder - Fen49*-Complex

要素

Endo-1,4-beta-xylanase A

キーワード

HYDROLASE / Computational Design / Fentanyl

機能・相同性

機能・相同性情報

endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.67 Å

データ登録者

Bick, M.J. / Greisen, P.J. / Morey, K.J. / Antunes, M.S. / La, D. / Sankaran, B. / Reymond, L. / Johnsson, K. / Medford, J.I. / Baker, D.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	5F32CA171572-03	米国
Defense Threat Reduction Agency (DTRA)	HDTRA1-13-1-0054	米国
Life Sciences Discovery Fund	9598385	米国

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Computational design of environmental sensors for the potent opioid fentanyl.
著者: Bick, M.J. / Greisen, P.J. / Morey, K.J. / Antunes, M.S. / La, D. / Sankaran, B. / Reymond, L. / Johnsson, K. / Medford, J.I. / Baker, D.

履歴

登録	2016年11月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年10月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tzo.cif.gz	339 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tzo.ent.gz	281.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tzo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5tzo_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5tzo_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	5tzo_validation.xml.gz	29.5 KB	表示
CIF形式データ	5tzo_validation.cif.gz	45.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/5tzo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/5tzo	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5tvvC 5tvyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3vzj-3 3vzj-2 3vzk-2 2qz3-1 1xnc-d 6nkq-3 5tvv-3 4ck4-2 1c5f-8 1bsq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (13)

登録構造単位

A: Endo-1,4-beta-xylanase A

B: Endo-1,4-beta-xylanase A

C: Endo-1,4-beta-xylanase A

ヘテロ分子

63.5 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Endo-1,4-beta-xylanase A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Endo-1,4-beta-xylanase A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Endo-1,4-beta-xylanase A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	56.070, 73.250, 136.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Endo-1,4-beta-xylanase A / Xylanase A / 1 / 4-beta-D-xylan xylanohydrolase A 分子量: 20433.248 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 30-213 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: xynA, BSU18840 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18429, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物	ChemComp-7V7 / N-phenyl-N-[1-(2-phenylethyl)piperidin-4-yl]propanamide / フェンタニル分子量: 336.471 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₈N₂O
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 714 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.13 % 解説: Rod-like crystals with longest dimension of approximately 200 microns.
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.8M sodium phosphate, 0.8M potassium phosphate, 0.1M HEPES pH 7.5 Temp details: Temperature Stabilized Crystal Incubator

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: Liquid Nitrogen Cryo Stream
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.999878 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月24日
放射	モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999878 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.67→51.87 Å / Num. obs: 65282 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 13.02 Å² / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 1.67→1.73 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / CC_1/2: 0.69 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
PHASER	2.5.6.	位相決定
Coot	0.8	モデル構築
PHENIX	dev_2463	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出

精密化

解像度: 1.67→51.87 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.7
詳細: Iterative rounds of model building in Coot and refinement in Phenix. Refinement parameters included real and reciprocal space, individual ADPs, Occupanices, Optimization of X-ray to ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2025	3322	5.1 %
R_work	0.1662	-	-
obs	0.1681	65179	98.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.67→51.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4258	0	143	714	5115

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4737
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.842	6532
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.05	2564
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.116	664
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	834

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.67-1.6939	0.3135	136	0.26	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6939-1.7192	0.3063	147	0.2494	2559	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7192-1.746	0.2761	141	0.2343	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
1.746-1.7747	0.246	126	0.2173	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7747-1.8053	0.2759	146	0.2053	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8053-1.8381	0.2547	150	0.1956	2539	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8381-1.8735	0.2177	141	0.2023	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8735-1.9117	0.2991	127	0.2545	2448	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9117-1.9533	0.4004	124	0.3061	2459	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9533-1.9987	0.2022	131	0.1726	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9987-2.0487	0.211	137	0.1642	2581	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0487-2.1041	0.314	111	0.2224	2493	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1041-2.166	0.1766	159	0.1508	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.166-2.2359	0.2036	137	0.1598	2538	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2359-2.3158	0.2384	119	0.2044	2469	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3158-2.4085	0.1716	138	0.1424	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4085-2.5182	0.1816	157	0.1418	2592	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5182-2.6509	0.1714	152	0.1342	2585	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6509-2.817	0.1884	126	0.1389	2610	X-RAY DIFFRACTION	98
2.817-3.0345	0.1577	144	0.128	2601	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0345-3.3398	0.1474	154	0.1242	2612	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3398-3.8229	0.1508	123	0.1277	2596	X-RAY DIFFRACTION	97
3.8229-4.816	0.1492	132	0.1233	2657	X-RAY DIFFRACTION	98
4.816-51.8975	0.2144	164	0.1836	2819	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2129	-0.5068	0.5442	1.3998	0.0268	2.555	0.0237	0.0698	-0.0245	-0.0257	-0.0795	0.1135	0.3831	-0.0174	0.0512	0.1428	0.0042	0.0099	0.1035	0.0154	0.0915	-18.6908	-5.7094	-3.2111
2	0.2646	-0.3111	0.442	0.9646	-0.756	0.8296	-0.0211	0.0152	0.0471	0.0797	-0.0447	-0.0638	-0.1071	0.0059	0.0541	0.12	0.0226	0.0032	0.1323	0.0016	0.0981	-17.5749	8.455	-7.1369
3	3.6371	-0.8555	-1.3381	0.7713	0.277	2.3695	-0.1871	-0.1569	-0.1078	0.0729	0.0137	-0.0369	-0.0435	-0.0745	0.1425	0.142	0.0305	-0.0077	0.1044	0.0357	0.1046	-22.3778	15.9142	-11.7882
4	4.0016	-0.4502	0.8044	4.2753	0.1214	2.9377	-0.0943	-0.0793	-0.2483	-0.0241	0.3358	0.5474	0.1926	-0.6216	-0.1817	0.1824	-0.0444	0.0335	0.4114	0.025	0.1901	-34.4308	7.5388	0.4017
5	0.5445	-0.064	0.1523	1.3626	-0.3503	1.2855	-0.0332	-0.0129	0.0886	0.068	-0.0248	-0.0864	-0.1354	0.0294	0.0784	0.1046	0.0266	-0.0031	0.1249	0.0059	0.09	-16.0605	9.9698	-6.8564
6	1.0693	0.3439	-0.1823	1.8847	-0.2231	1.7314	-0.1287	0.1493	-0.0157	-0.1616	0.1148	0.1114	-0.0884	-0.1268	0.0325	0.1099	-0.0289	-0.0082	0.1153	0.013	0.0921	-34.8764	-22.2543	19.393
7	0.8793	0.4508	-0.3601	0.6839	-0.1798	0.5456	-0.0734	0.1765	-0.0553	-0.1106	0.0709	0.0038	0.0539	-0.0602	0.005	0.1021	-0.0144	0.001	0.1	-0.005	0.0761	-23.7489	-17.7228	18.7817
8	0.4224	-0.1169	-0.0825	1.4044	-0.2937	0.2933	-0.0611	0.0661	0.0385	-0.1683	0.0707	-0.1091	0.104	-0.1565	-0.0072	0.1479	0.0016	0.012	0.116	0.0077	0.074	-16.3877	-11.0551	8.0893
9	0.8474	-1.3351	-0.5839	2.6386	1.1133	1.329	0.1133	0.1071	-0.0634	-0.2311	-0.0946	0.0043	-0.0757	-0.1554	-0.0393	0.095	-0.0107	0.0165	0.1084	-0.0019	0.0916	-17.4992	-8.5656	12.1773
10	2.4812	0.3275	-0.1981	3.737	-2.1197	4.7999	-0.0581	0.1164	0.2334	0.198	0.0887	0.4964	-0.123	-0.5522	0.0221	0.1039	0.0087	0.0307	0.1809	-0.0077	0.2149	-31.6878	-2.2066	23.9449
11	0.3359	0.158	-0.0024	0.8453	0.0355	0.4856	-0.1237	0.119	-0.104	-0.0705	0.0346	0.0536	0.168	-0.0761	0.0599	0.1335	-0.0361	0.0357	0.1247	-0.0257	0.0957	-19.1772	-16.6486	11.7988
12	1.3094	0.6275	-0.5053	3.4797	-0.7398	0.9108	-0.046	0.0201	-0.1496	-0.1318	-0.0804	-0.2819	0.0451	-0.0269	0.1148	0.0842	0.0077	0.0094	0.087	-0.0005	0.0895	-10.9507	-14.9912	19.0639
13	0.8158	0.7463	-0.0345	1.0563	0.0633	0.4446	-0.0851	0.1528	-0.0376	-0.1607	0.0994	-0.0284	-0.0172	-0.0644	0.015	0.1192	-0.0224	-0.0036	0.1214	0.0009	0.0899	-26.0098	-18.0441	18.1895
14	1.2398	-0.3461	-0.0322	0.8282	0.2836	1.6147	-0.0789	0.0242	0.0676	-0.0179	-0.0396	-0.0026	-0.1191	-0.0314	0.1099	0.1161	-0.0212	-0.0115	0.0811	0.0043	0.1078	1.7611	20.8747	26.9459
15	0.813	0.2722	-0.0877	0.534	0.2579	0.4959	-0.0078	-0.0076	-0.0024	-0.0151	0.0309	-0.0499	-0.0529	0.0028	-0.0102	0.1017	-0.0029	-0.0125	0.0791	0.0043	0.0882	-7.1282	13.3369	28.0139
16	0.7004	-0.0678	-0.1678	0.9744	0.173	0.5354	0.05	-0.0641	0.0506	-0.0311	-0.0277	0.0863	-0.0961	-0.0131	-0.0198	0.0888	0.0127	0.0006	0.089	-0.0005	0.0922	-17.5573	10.9009	36.5757
17	0.8723	-0.3149	0.1461	0.5863	0.0068	0.032	0.0899	-0.0147	0.3447	0.3258	0.1228	0.4198	-0.484	-0.1635	0.0735	0.4312	0.0501	0.0281	0.1482	0.0689	0.3011	-18.0687	27.1586	22.2873
18	1.1228	0.3602	-0.0732	0.6579	0.2766	0.4916	-0.0565	-0.068	-0.0219	-0.0071	0.0337	-0.0198	-0.028	0.0028	0.0339	0.0817	0.0069	-0.0098	0.0712	0.0094	0.0713	-10.2168	10.3091	29.6837

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 34 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 35 through 102 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 103 through 112 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 113 through 124 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 125 through 185 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 34 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 35 through 85 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 86 through 102 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 103 through 112 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 113 through 124 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 125 through 141 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 142 through 156 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 157 through 185 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 1 through 34 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 35 through 85 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 86 through 112 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 113 through 124 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 125 through 185 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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