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万見
- PDB-5tx3: Structure of Maternal Embryonic Leucine Zipper Kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tx3
タイトルStructure of Maternal Embryonic Leucine Zipper Kinase
要素Maternal embryonic leucine zipper kinase
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / kinase inhibitor / breast cancer / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


neural precursor cell proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / hemopoiesis / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / G2/M transition of mitotic cell cycle / cell cortex / cell population proliferation / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase ...neural precursor cell proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / hemopoiesis / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / G2/M transition of mitotic cell cycle / cell cortex / cell population proliferation / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / positive regulation of apoptotic process / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / lipid binding / apoptotic process / calcium ion binding / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Maternal embryonic leucine zipper kinase, catalytic domain / : / Maternal embryonic leucine zipper kinase, UBA domain / Kinase associated domain 1 (KA1) / Kinase associated domain 1 / Kinase associated domain 1 (KA1) profile. / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain ...Maternal embryonic leucine zipper kinase, catalytic domain / : / Maternal embryonic leucine zipper kinase, UBA domain / Kinase associated domain 1 (KA1) / Kinase associated domain 1 / Kinase associated domain 1 (KA1) profile. / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7MY / Maternal embryonic leucine zipper kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Li, Q. / Seo, H.-S. / Huang, H.-T. / Gray, N.S. / Dhe-Paganon, S. / Eck, M.J.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: MELK is not necessary for the proliferation of basal-like breast cancer cells.
著者: Huang, H.T. / Seo, H.S. / Zhang, T. / Wang, Y. / Jiang, B. / Li, Q. / Buckley, D.L. / Nabet, B. / Roberts, J.M. / Paulk, J. / Dastjerdi, S. / Winter, G.E. / McLauchlan, H. / Moran, J. / ...著者: Huang, H.T. / Seo, H.S. / Zhang, T. / Wang, Y. / Jiang, B. / Li, Q. / Buckley, D.L. / Nabet, B. / Roberts, J.M. / Paulk, J. / Dastjerdi, S. / Winter, G.E. / McLauchlan, H. / Moran, J. / Bradner, J.E. / Eck, M.J. / Dhe-Paganon, S. / Zhao, J.J. / Gray, N.S.
履歴
登録2016年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maternal embryonic leucine zipper kinase
B: Maternal embryonic leucine zipper kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,2534
ポリマ－79,3142
非ポリマー9392
水86548
1
A: Maternal embryonic leucine zipper kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1272
ポリマ－39,6571
非ポリマー4701
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Maternal embryonic leucine zipper kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1272
ポリマ－39,6571
非ポリマー4701
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.620, 78.670, 78.960
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.860, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid
21chain B and segid

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Auth seq-ID: _ / Label seq-ID: 4

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain A and segidAA
2chain B and segidBB

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要素

#1: タンパク質 Maternal embryonic leucine zipper kinase / hMELK / Protein kinase Eg3 / pEg3 kinase / Protein kinase PK38 / hPK38 / Tyrosine-protein kinase MELK


分子量: 39656.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MELK, KIAA0175 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q14680, non-specific serine/threonine protein kinase, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-7MY / 7-[(1S)-4-hydroxy-2,3-dihydro-1H-inden-1-yl]-5,5-dimethyl-2-({3-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]phenyl}amino)-5,7-dihydro-6H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-6-one


分子量: 469.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H31N5O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→47.901 Å / Num. obs: 16392 / % possible obs: 99.05 % / Observed criterion σ(F): 1.37 / 冗長度: 4 % / Net I/σ(I): 12

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
PHASER位相決定
HKLデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→47.901 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 30.38
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2528 1639 10 %
Rwork0.1818 --
obs0.1891 16392 99.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 276.73 Å2 / Biso mean: 88.09 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→47.901 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4961 0 70 48 5079
Biso mean--60.36 78.93 -
残基数----606
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095147
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3046957
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051761
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006858
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6011924
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2849X-RAY DIFFRACTION8.887TORSIONAL
12B2849X-RAY DIFFRACTION8.887TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9001-2.98540.30771270.2281227135499
2.9854-3.08170.29641490.22261216136599
3.0817-3.19190.33731260.21781212133899
3.1919-3.31960.29311440.19831207135199
3.3196-3.47070.29971300.18971244137499
3.4707-3.65360.29531350.191612231358100
3.6536-3.88240.2551380.171212361374100
3.8824-4.1820.25481370.1621240137799
4.182-4.60260.20441420.14851232137499
4.6026-5.26780.2581310.16321235136699
5.2678-6.63410.25921380.20381239137799
6.6341-47.90770.2111420.1871242138497
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.1774 Å / Origin y: -8.6491 Å / Origin z: 41.9215 Å
111213212223313233
T0.4579 Å20.0305 Å2-0.1082 Å2-0.3383 Å20.0155 Å2--0.5322 Å2
L1.5758 °2-0.0679 °21.3251 °2-1.0851 °20.0014 °2--5.5225 °2
S-0.1932 Å °-0.0822 Å °0.0474 Å °0.2672 Å °0.0438 Å °-0.1952 Å °0.0065 Å °0.3816 Å °0.1331 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA-2 - 333
2X-RAY DIFFRACTION1allA1000
3X-RAY DIFFRACTION1allB-2 - 334
4X-RAY DIFFRACTION1allB1001
5X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 66
6X-RAY DIFFRACTION1allC68 - 97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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