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- PDB-5tvt: Structure of Maternal Embryonic Leucine Zipper Kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tvt
タイトルStructure of Maternal Embryonic Leucine Zipper Kinase
要素Maternal embryonic leucine zipper kinase
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / kinase inhibitor / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


neural precursor cell proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / hemopoiesis / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / G2/M transition of mitotic cell cycle / cell cortex / protein autophosphorylation / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity ...neural precursor cell proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / hemopoiesis / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / G2/M transition of mitotic cell cycle / cell cortex / protein autophosphorylation / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / cell population proliferation / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / positive regulation of apoptotic process / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / lipid binding / calcium ion binding / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Maternal embryonic leucine zipper kinase, catalytic domain / : / Maternal embryonic leucine zipper kinase, UBA domain / Kinase associated domain 1 (KA1) / Kinase associated domain 1 / Kinase associated domain 1 (KA1) profile. / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain ...Maternal embryonic leucine zipper kinase, catalytic domain / : / Maternal embryonic leucine zipper kinase, UBA domain / Kinase associated domain 1 (KA1) / Kinase associated domain 1 / Kinase associated domain 1 (KA1) profile. / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7LV / Maternal embryonic leucine zipper kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Seo, H.-Y. / Huang, H. / Gray, N.S. / Dhe-Paganon, S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Maternal Embryonic Leucine Zipper Kinase
著者: Seo, H.-Y. / Dhe-Paganon, S.
履歴
登録2016年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maternal embryonic leucine zipper kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2142
ポリマ－38,7001
非ポリマー5141
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.690, 68.650, 105.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Maternal embryonic leucine zipper kinase / hMELK / Protein kinase Eg3 / pEg3 kinase / Protein kinase PK38 / hPK38 / Tyrosine-protein kinase MELK


分子量: 38699.875 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-333 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MELK, KIAA0175 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q14680, non-specific serine/threonine protein kinase, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-7LV / 9-(3,5-dichloro-4-hydroxyphenyl)-1-{trans-4-[(dimethylamino)methyl]cyclohexyl}-3-methyl-3,4-dihydropyrimido[5,4-c][1,5]naphthyridin-2(1H)-one


分子量: 514.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C26H29Cl2N5O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 24% PEG3350, 0.1 M MgCl, 0.1M HEPES pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Oxford Cryo-Jet crystal cryocoolers
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→29.362 Å / Num. obs: 19214 / % possible obs: 99.59 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 41.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09435 / Net I/σ(I): 12.54

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.28→29.362 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.32
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2294 932 4.85 %
Rwork0.1897 --
obs0.1917 19214 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→29.362 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2570 0 0 97 2667
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042631
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7693573
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7341564
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047399
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006444
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.28-2.40020.32671260.2742562X-RAY DIFFRACTION100
2.4002-2.55050.29231210.25242587X-RAY DIFFRACTION100
2.5505-2.74730.29141290.2232569X-RAY DIFFRACTION100
2.7473-3.02350.23991210.20732598X-RAY DIFFRACTION100
3.0235-3.46040.2491340.19392621X-RAY DIFFRACTION100
3.4604-4.35740.19921460.16322625X-RAY DIFFRACTION100
4.3574-29.36460.20641550.17032720X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.88690.34060.22471.3668-0.57310.7896-0.01270.40150.7018-0.2839-0.0857-0.3578-0.2712-0.02540.01250.38420.01750.07380.48490.10410.480113.959778.1389-6.1218
22.01550.49650.32191.86181.1642.3427-0.2247-0.36870.75770.1851-0.123-0.2944-0.82320.02560.0310.51080.0004-0.05530.5484-0.01230.584415.937678.45878.21
32.6659-0.2836-1.56111.4829-0.5111.8605-0.18030.22650.0108-0.03340.0670.03550.2491-0.10660.05320.4173-0.0257-0.0460.316-0.03320.32790.029172.3298.4612
41.2678-0.35270.11210.3709-0.28491.81760.0946-0.3705-0.04030.2110.0801-0.34990.07410.45410.00640.5379-0.0051-0.06120.5195-0.04360.49323.853679.408724.0517
51.9240.69120.18521.65250.32882.5566-0.0653-0.35920.04630.3895-0.03660.31770.1199-0.11880.02410.3772-0.02210.04920.3671-0.00710.3821-10.141176.715224.7736
60.6411-0.5823-0.33310.7319-0.34721.3124-0.16690.1913-0.21090.0364-0.0418-0.01540.68910.12710.16130.7684-0.0109-0.01350.4547-0.07370.60232.746356.20923.5562
72.3921-0.5669-0.33152.84360.35082.48790.25530.144-0.3627-0.132-0.18-0.05180.45880.41650.10090.6470.0887-0.01660.50760.01340.540614.896859.3467-5.4467
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 35 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 36 through 62 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 63 through 148 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 149 through 186 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 187 through 264 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 265 through 293 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 294 through 333 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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