PDB-5tvi: Crystal structure of non-specific lipid transfer protein reveals ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tvi

タイトル

Crystal structure of non-specific lipid transfer protein reveals non-canonical lipid binding: possible relevance in modulating allergenicity

要素

non specific lipid transfer protein

キーワード

PLANT PROTEIN / Solanum melongena / non-specific lipid transfer protein

機能・相同性

機能・相同性情報

lipid transport / lipid binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Solanum melongena (ナス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.87 Å

データ登録者

Jain, A. / Salunke, D.M.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of nonspecific lipid transfer protein from Solanum melongena
著者: Jain, A. / Salunke, D.M.

履歴

登録	2016年11月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tvi.cif.gz	82.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tvi.ent.gz	62 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tvi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5tvi_validation.pdf.gz	705.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5tvi_full_validation.pdf.gz	709 KB	表示
XML形式データ	5tvi_validation.xml.gz	10.6 KB	表示
CIF形式データ	5tvi_validation.cif.gz	13.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/5tvi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/5tvi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3gsh-2 2n5a-d 3gsh-1 5klc-d 2qku-1 2j8b-d 3le1-1 1iqz-d 6qji-3 1cz2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (4) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (4)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#20 - 2001年8月
ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)

登録構造単位

V: non specific lipid transfer protein

W: non specific lipid transfer protein

ヘテロ分子

19.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

V: non specific lipid transfer protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
9.73 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

W: non specific lipid transfer protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
9.82 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.480, 87.480, 49.670
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	non specific lipid transfer protein 分子量: 9404.618 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum melongena (ナス) / 参照: UniProt: A0A247D6Y2*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₈O₂
#4: 化合物	ChemComp-O8N / octacosan-1-ol / オクタコサノ-ル分子量: 410.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₅₈O
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.83 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.05M Zinc acetate dihydrate, 20% w/v polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372, 1.77120

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.95372	1
2	1.7712	1

反射

解像度: 1.87→32.826 Å / Num. obs: 18069 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 20.9

反射シェル

解像度: 1.87→1.91 Å / 冗長度: 9.3 % / R_merge(I) obs: 0.433 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. measured obs: 1171 / CC_1/2: 0.939 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
Coot	0.6	モデル構築
PHENIX	1.8.1	位相決定
iMOSFLM		data processing

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.87→32.826 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 20.11

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2254	1804	10.17 %
R_work	0.1836	-	-
obs	0.1877	18041	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.87→32.826 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1282	0	51	61	1394

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	1354
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.38	1815
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.072	520
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.088	211
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	242

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8702-1.8948	0.3087	163	0.2557	1222	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8948-1.9207	0.3222	155	0.2365	1190	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9207-1.9482	0.2577	166	0.2256	1167	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9482-1.9773	0.2416	144	0.2128	1208	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9773-2.0081	0.2791	132	0.2132	1236	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0081-2.0411	0.2573	119	0.193	1215	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0411-2.0763	0.2483	130	0.1842	1235	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0763-2.114	0.2268	127	0.1939	1179	X-RAY DIFFRACTION	100
2.114-2.1547	0.1996	157	0.1754	1237	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1547-2.1986	0.265	150	0.186	1164	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1986-2.2464	0.2045	127	0.167	1270	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2464-2.2987	0.2422	152	0.1762	1181	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2987-2.3561	0.2206	123	0.1737	1228	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3561-2.4198	0.208	126	0.1635	1233	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4198-2.491	0.1942	145	0.1742	1215	X-RAY DIFFRACTION	100
2.491-2.5714	0.2077	146	0.167	1201	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5714-2.6632	0.2074	124	0.1627	1214	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6632-2.7698	0.2553	111	0.1741	1227	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7698-2.8958	0.2052	145	0.183	1226	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8958-3.0484	0.186	144	0.1577	1187	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0484-3.2392	0.1888	123	0.1707	1249	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2392-3.4891	0.1845	127	0.1832	1216	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4891-3.8397	0.2454	155	0.1715	1196	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8397-4.3942	0.2294	103	0.1816	1245	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3942-5.5319	0.2361	136	0.1989	1220	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5319-32.8313	0.2404	140	0.2073	1159	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 100.6373 Å / Origin y: 32.7485 Å / Origin z: -3.251 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1334 Å²	0.0434 Å²	0.0127 Å²	-	0.1996 Å²	-0.0026 Å²	-	-	0.1506 Å²
L	1.1276 °²	-0.3732 °²	-0.2292 °²	-	0.1938 °²	0.1427 °²	-	-	0.0995 °²
S	0.1183 Å °	-0.0089 Å °	0.1276 Å °	0.0458 Å °	0.0142 Å °	-0.0027 Å °	0.0279 Å °	-0.0528 Å °	0.0746 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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