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- PDB-5tvi: Crystal structure of non-specific lipid transfer protein reveals ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5tvi | ||||||
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Title | Crystal structure of non-specific lipid transfer protein reveals non-canonical lipid binding: possible relevance in modulating allergenicity | ||||||
![]() | non specific lipid transfer protein | ||||||
![]() | PLANT PROTEIN / Solanum melongena / non-specific lipid transfer protein | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jain, A. / Salunke, D.M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of nonspecific lipid transfer protein from Solanum melongena Authors: Jain, A. / Salunke, D.M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 77.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 63.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 9404.618 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-GOL / | #3: Chemical | ChemComp-MYR / | #4: Chemical | ChemComp-O8N / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.99 Å3/Da / Density % sol: 58.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.05M Zinc acetate dihydrate, 20% w/v polyethylene glycol 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Apr 27, 2013 | |||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.87→32.826 Å / Num. obs: 18069 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 9.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 20.9 | |||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.87→1.91 Å / Redundancy: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.433 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. measured obs: 1171 / CC1/2: 0.939 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.87→32.826 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 100.6373 Å / Origin y: 32.7485 Å / Origin z: -3.251 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |