PDB-5t3n: Sp-2Cl-cAMPS bound to PKAR CBD2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5t3n

タイトル

Sp-2Cl-cAMPS bound to PKAR CBD2

要素

cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit

キーワード

TRANSFERASE / Protein kinase A / PKAR / Plasmodium / cAMP / CBD / CNB / cyclic nucleotide / cyclic adenosine monophosphate

機能・相同性

機能・相同性情報

cAMP-dependent protein kinase regulator activity / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / cAMP-dependent protein kinase activity / cAMP-dependent protein kinase complex / AMP-activated protein kinase activity / protein kinase A catalytic subunit binding / cAMP binding / regulation of protein phosphorylation / protein-containing complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Littler, D.R. / Gilson, P.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2016
タイトル: Disrupting the Allosteric Interaction between the Plasmodium falciparum cAMP-dependent Kinase and Its Regulatory Subunit.
著者: Littler, D.R. / Bullen, H.E. / Harvey, K.L. / Beddoe, T. / Crabb, B.S. / Rossjohn, J. / Gilson, P.R.

履歴

登録	2016年8月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年10月19日	Group: Data collection
改定 1.2	2016年11月2日	Group: Database references
改定 1.3	2016年12月14日	Group: Database references
改定 1.4	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.6	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5t3n.cif.gz	140.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5t3n.ent.gz	112.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5t3n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5t3n_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5t3n_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5t3n_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	5t3n_validation.cif.gz	19.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/5t3n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/5t3n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5k8sSC 5kbfC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6eib-4 3hgw-2 1zs5-d 4zvh-2 5gvd-2 5f2p-1 2v14-d 1lsg-d 2lf8-d 2olm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (10) #48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (8) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (7) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit

B: cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit

ヘテロ分子

38.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.190, 64.190, 195.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-501- IOD

詳細

Full-length PfPKA is a heterodimer. The current construct does not contain the dimerization interface, so it is monomeric.

#1: タンパク質	cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit 分子量: 18511.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal hexahistidine tag 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫) 株: isolate 3D7 / 遺伝子: PKAr, PF3D7_1223100, PFL1110c / プラスミド: pET-28-NKI-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q7KQK0, cAMP-dependent protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物	ChemComp-75G / (2S,4aR,6R,7R,7aS)-6-(6-amino-2-chloro-9H-purin-9-yl)-7-hydroxy-2-sulfanyltetrahydro-2H,4H-2lambda~5~-furo[3,2-d][1,3,2]dioxaphosphinin-2-one / Sp-2-Cl-cAMPS / 2-Chloroadenosine-3', 5'-cyclic monophosphorothioate, Sp-isomer 分子量: 379.717 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₁ClN₅O₅PS
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.13 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% w/v Polethylene glycol 3350, 0.2M NH4I

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月25日 / 詳細: bragg monochromator
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→37.3 Å / Num. obs: 16863 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.2 % / R_merge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 11.6 % / R_merge(I) obs: 0.316 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5K8S

5k8s

解像度: 2.4→33.42 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 39.08

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.307	853	5.13 %
R_work	0.251	-	-
obs	0.254	16624	98.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→33.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2392	0	51	10	2453

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	2481
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.179	3341
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.77	954
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.113	371
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	420

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4001-2.5504	0.3806	132	0.3297	2546	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5504-2.7472	0.3802	139	0.3307	2562	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7472-3.0236	0.3921	136	0.3262	2563	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0236-3.4607	0.3308	137	0.2852	2618	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4607-4.3586	0.2906	139	0.2299	2672	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3586-33.4221	0.2727	170	0.213	2810	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0573	-2.9308	-1.7526	4.454	2.0474	2.1553	-0.2585	0.6677	1.5514	-0.4147	0.5763	-0.4155	-1.9932	1.3704	-0.3362	0.9157	-0.2158	0.3132	0.7419	-0.0328	1.1628	86.563	93.8534	-3.305
2	7.8187	-1.2931	-4.528	0.628	0.3387	3.3558	1.0167	-0.9681	2.3585	0.5812	0.0786	-0.3179	-2.22	1.0324	-0.9333	0.7135	-0.0895	0.14	0.4637	-0.1437	0.7608	76.3352	94.8453	2.4585
3	9.0619	2.8078	4.3829	3.9719	-2.7424	7.81	0.5713	-0.6322	0.783	1.8169	-0.2875	-1.5817	-0.3547	0.7198	-0.1895	0.8138	-0.131	-0.1229	0.8805	-0.4301	0.9655	80.3912	90.4132	13.722
4	6.5227	-1.8447	-5.9772	4.6971	3.1079	9.3872	0.2055	0.6178	0.307	-0.0203	-0.165	-0.2955	-0.3409	-0.4954	-0.1361	0.3348	0.0514	0.0433	0.267	0.0573	0.3745	74.5454	87.0468	3.747
5	8.6993	-1.4835	-1.7061	4.0361	1.0638	8.9836	-0.0396	0.3712	-0.3767	0.0872	-0.3309	0.4126	0.5382	-1.1623	0.2635	0.3358	-0.0728	0.0666	0.3986	-0.0597	0.3894	62.0711	85.3518	16.7634
6	3.2058	-2.9476	-3.2726	3.5395	3.004	3.5799	-0.572	0.4695	-0.589	0.1714	0.1852	0.3242	0.5813	-0.5258	0.4294	0.497	0.0122	0.157	0.5768	-0.0482	0.574	72.4097	81.4297	8.0871
7	8.1996	1.9641	-4.4684	3.1605	-4.3179	8.8963	0.489	-2.3794	-2.1045	1.2783	0.1659	-2.403	1.6705	1.9234	-0.2468	0.8173	0.3771	-0.2352	0.9881	-0.0387	1.0733	78.438	81.2702	21.6056
8	7.2689	0.3573	0.9334	3.3874	4.9768	7.4456	0.1053	-0.9236	-0.9442	1.5486	-0.1313	-1.0996	2.373	-0.0558	0.1334	0.9298	0.1882	0.0996	0.5136	0.1836	0.7641	67.2431	81.1644	30.6662
9	8.267	4.635	1.2564	6.4491	0.0455	1.8422	-0.0531	1.3995	-1.1998	-1.1014	0.845	-1.9913	-0.3755	0.473	0.5074	0.8089	-1.5578	0.4603	1.2163	-0.1073	1.0524	71.4189	105.1902	49.5582
10	4.834	-4.6883	3.191	4.5452	-3.1057	2.1237	0.6498	-1.7251	2.3417	1.6172	-1.466	-0.5249	-1.0063	0.2891	0.3024	2.117	-1.4499	0.6864	2.3459	-0.4466	1.4376	73.5873	112.0963	40.3238
11	4.762	0.6937	-0.2732	5.2753	1.5843	6.6947	0.4372	0.0532	0.2952	0.4768	-0.4799	0.2419	-1.8052	-0.4854	0.0866	0.9326	0.0121	0.0955	0.5453	-0.0281	0.4907	56.0149	102.3637	35.9259
12	3.8396	0.2996	0.622	7.5808	2.7305	1.0486	-0.2733	0.0452	1.031	0.3179	-0.0577	0.3337	-3.1936	0.1974	0.1126	2.4901	-0.3538	-0.0918	0.491	-0.0556	0.7443	59.1582	111.4414	42.4402
13	3.8413	1.9428	-0.8026	3.5971	-0.8111	0.2312	0.178	0.273	1.1808	0.8402	0.4468	-0.3486	-1.4596	0.5417	-0.5852	2.899	-0.2888	0.5489	1.5725	-0.1322	1.0786	64.2579	115.8892	29.4894
14	3.2499	-2.5563	1.8152	2.408	-0.9835	4.4348	0.5243	1.5709	0.695	0.3252	-0.3665	-0.2923	-2.275	-1.3485	-0.1207	1.4025	0.4025	0.0521	1.147	0.1827	0.7043	55.2779	108.1938	19.6089

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 287 THROUGH 296 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 297 THROUGH 309 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 310 THROUGH 317 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 318 THROUGH 333 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 334 THROUGH 395 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 396 THROUGH 413 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 414 THROUGH 420 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'A' AND (RESID 421 THROUGH 439 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 294 THROUGH 309 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 310 THROUGH 321 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 322 THROUGH 395 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESID 396 THROUGH 412 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'B' AND (RESID 413 THROUGH 421 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'B' AND (RESID 422 THROUGH 439 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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