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- PDB-5s9o: CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN BRD2 BD1 BROMODOMAIN IN COMPLEX WI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5s9o
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN BRD2 BD1 BROMODOMAIN IN COMPLEX WITH 9-(cyclopropylmethyl)-7-[(2R,6S)-2,6-dimethylmorpholine-4-carbonyl]-3-(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)-9H-carbazole-1-carboxamide
要素Bromodomain-containing protein 2
キーワードCELL CYCLE / HELICAL BUNDLE / ACETYL-LYSINE RECOGNITION / ACETYLATED HISTONE H4 / NUCLEUS / TRANSCRIPTION-TRANSCRIPTION INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


chromatin organization
類似検索 - 分子機能
NET domain superfamily / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain profile. / bromo domain ...NET domain superfamily / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Bromodomain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-YW1 / Bromodomain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Sheriff, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Discovery and Preclinical Pharmacology of an Oral Bromodomain and Extra-Terminal (BET) Inhibitor Using Scaffold-Hopping and Structure-Guided Drug Design.
著者: Gavai, A.V. / Norris, D. / Delucca, G. / Tortolani, D. / Tokarski, J.S. / Dodd, D. / O'Malley, D. / Zhao, Y. / Quesnelle, C. / Gill, P. / Vaccaro, W. / Huynh, T. / Ahuja, V. / Han, W.C. / ...著者: Gavai, A.V. / Norris, D. / Delucca, G. / Tortolani, D. / Tokarski, J.S. / Dodd, D. / O'Malley, D. / Zhao, Y. / Quesnelle, C. / Gill, P. / Vaccaro, W. / Huynh, T. / Ahuja, V. / Han, W.C. / Mussari, C. / Harikrishnan, L. / Kamau, M. / Poss, M. / Sheriff, S. / Yan, C. / Marsilio, F. / Menard, K. / Wen, M.L. / Rampulla, R. / Wu, D.R. / Li, J. / Zhang, H. / Li, P. / Sun, D. / Yip, H. / Traeger, S.C. / Zhang, Y. / Mathur, A. / Zhang, H. / Huang, C. / Yang, Z. / Ranasinghe, A. / Everlof, G. / Raghavan, N. / Tye, C.K. / Wee, S. / Hunt, J.T. / Vite, G. / Westhouse, R. / Lee, F.Y.
履歴
登録2021年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 2
B: Bromodomain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,52513
ポリマ－33,9652
非ポリマー1,56011
水1,71195
1
A: Bromodomain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8568
ポリマ－16,9831
非ポリマー8737
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area350 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area7950 Å2
手法PISA
2
B: Bromodomain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6695
ポリマ－16,9831
非ポリマー6874
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area680 Å2
ΔGint9 kcal/mol
Surface area7550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.270, 134.270, 134.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 2


分子量: 16982.607 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 73-194 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2 / プラスミド: PET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A140T9E9
#2: 化合物 ChemComp-YW1 / 9-(cyclopropylmethyl)-7-[(2R,6S)-2,6-dimethylmorpholine-4-carbonyl]-3-(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)-9H-carbazole-1-carboxamide


分子量: 500.589 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H32N4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 200 mM Ammonium Citrate Dibasic, 16%(w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
211
反射解像度: 2.49→35.89 Å / Num. obs: 14315 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 19.7 % / Biso Wilson estimate: 50.84 Å2 / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 2.49→2.62 Å / 冗長度: 20.7 % / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Rsym value: 0.553 / Rejects: 0 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.11.4精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3AQA

3aqa


解像度: 2.49→35.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU R Cruickshank DPI: 0.278 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.276 / SU Rfree Blow DPI: 0.192 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.193
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2003 730 5.11 %RANDOM
Rwork0.1775 ---
obs0.1786 14277 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 143.66 Å2 / Biso mean: 41.01 Å2 / Biso min: 19.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.252 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.49→35.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1949 0 110 95 2154
Biso mean--43.16 42.69 -
残基数----235
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d754SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes54HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes364HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2175HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion257SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2434SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2175HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2993HARMONIC21
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.85
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.08
LS精密化 シェル解像度: 2.49→2.69 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2278 176 6.03 %
Rwork0.1815 2742 -
all0.1843 2918 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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