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万見
- PDB-5r68: XChem group deposition -- Crystal Structure of human YEATS4 in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5r68
タイトルXChem group deposition -- Crystal Structure of human YEATS4 in complex with FM000199e
要素YEATS domain-containing protein 4
キーワードTRANSCRIPTION / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / PanDDA / XChemExplorer / HISTONE READER / YEATS DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


modification-dependent protein binding / regulation of double-strand break repair / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NuA4 histone acetyltransferase complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / lysine-acetylated histone binding / structural constituent of cytoskeleton / nuclear matrix / nucleosome / mitotic cell cycle ...modification-dependent protein binding / regulation of double-strand break repair / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NuA4 histone acetyltransferase complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / lysine-acetylated histone binding / structural constituent of cytoskeleton / nuclear matrix / nucleosome / mitotic cell cycle / HATs acetylate histones / histone binding / nuclear membrane / regulation of apoptotic process / regulation of cell cycle / chromatin remodeling / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
YEATS / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
(1-methylbenzotriazol-5-yl)methanol / YEATS domain-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Raux, B. / Krojer, T. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A. / Huber, K.V.M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: XChem group deposition
著者: Raux, B. / Krojer, T. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A. / Huber, K.V.M.
履歴
登録2020年2月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: YEATS domain-containing protein 4
A: YEATS domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2509
ポリマ－42,6132
非ポリマー6377
水2,180121
1
B: YEATS domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5944
ポリマ－21,3061
非ポリマー2873
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: YEATS domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6565
ポリマ－21,3061
非ポリマー3494
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.880, 46.810, 58.340
Angle α, β, γ (deg.)67.390, 68.460, 69.570
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 YEATS domain-containing protein 4 / Glioma-amplified sequence 41 / Gas41 / NuMA-binding protein 1 / NuBI1


分子量: 21306.482 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YEATS4, GAS41 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95619
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-RYD / (1-methylbenzotriazol-5-yl)methanol


分子量: 163.177 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H9N3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.67 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M tris pH 7.5, 0.15M lithium sulfate, 40% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→41.93 Å / Num. obs: 46555 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 1.8 % / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.08 / Rrim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 82967 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.64-1.681.80.67611534100.6140.670.9481.195.2
7.33-41.9320.03210295210.9930.0320.04527.597.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0257精密化
Aimless0.7.3データスケーリング
PDB_EXTRACT3.23データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5VNA

5vna


解像度: 1.64→41.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 3.096 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2512 2329 5 %RANDOM
Rwork0.2197 ---
obs0.2212 44226 96.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 75.2 Å2 / Biso mean: 24.21 Å2 / Biso min: 12.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.89 Å20.92 Å20.8 Å2
2--0.64 Å20.34 Å2
3----0.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.64→41.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2165 0 44 121 2330
Biso mean--34.05 33.33 -
残基数----261
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0132289
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172131
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.681.6793095
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3471.5844936
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5275261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.6422.522115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.25515391
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8261510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2289
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022581
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02493
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3562.3781052
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3552.3781053
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3353.551309
LS精密化 シェル解像度: 1.64→1.683 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 177 -
Rwork0.35 3229 -
all-3406 -
obs--95.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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