PDB-5qd6: Crystal structure of BACE complex with BMC004

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5qd6

タイトル

Crystal structure of BACE complex with BMC004

要素

Beta-secretase 1

キーワード

HYDROLASE / Hydroloase / D3R / BACE / Ligand Docking

機能・相同性

機能・相同性情報

memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid-beta formation / amyloid precursor protein catabolic process / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / prepulse inhibition ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.51 Å

Model details

Structures for D3R docking challenge

データ登録者

Rondeau, J.M. / Shao, C. / Yang, H. / Burley, S.K.

引用

ジャーナル: J.Comput.Aided Mol.Des. / 年: 2020
タイトル: D3R grand challenge 4: blind prediction of protein-ligand poses, affinity rankings, and relative binding free energies.
著者: Parks, C.D. / Gaieb, Z. / Chiu, M. / Yang, H. / Shao, C. / Walters, W.P. / Jansen, J.M. / McGaughey, G. / Lewis, R.A. / Bembenek, S.D. / Ameriks, M.K. / Mirzadegan, T. / Burley, S.K. / Amaro, R.E. / Gilson, M.K.

履歴

登録	2017年12月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月30日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2021年2月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5qd6.cif.gz	459.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5qd6.ent.gz	379.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5qd6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5qd6_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5qd6_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	5qd6_validation.xml.gz	40.6 KB	表示
CIF形式データ	5qd6_validation.cif.gz	56.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/5qd6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/5qd6	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002044 (26エントリ) 5qco 5qcp 5qcq 5qcr 5qcs 5qct 5qcu 5qcv 5qcw 5qcx
タイトル	Crystal Structures of Beta-Secretase 1 with Bound Ligands
タイプ	undefined
解説	Crystal Structures of Complexes of Beta-Secretase 1 and Ligands

-
関連構造データ

類似構造データ	5qcp-2 5qd7-1 3pi5-3 3dv1-1 4acx-d 4lxa-1 3k5f-2 5qda-1 2f3f-2 5qcs-2 5qcx-1 6dhc-3 5qdb-1 5qd2-3 4d83-3 3qbh-3 5qcz-1 3k5c-3 2xfk-d 2qzk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (5) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Beta-secretase 1

B: Beta-secretase 1

C: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

136 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.496, 102.545, 99.671
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.07, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A
2	1	1	CHAIN B
3	1	1	(CHAIN C AND (RESID -2 THROUGH 157 OR RESID 169 THROUGH 385))

#1: タンパク質	Beta-secretase 1 / Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP ...Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Memapsin-2 / Membrane-associated aspartic protease 2 分子量: 44777.336 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE, KIAA1149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物	ChemComp-E6S / (3S,14R,16S)-16-[1,1-dihydroxy-2-({[3-(propan-2-yl)phenyl]methyl}amino)ethyl]-3,4,14-trimethyl-1,4-diazacyclohexadecane-2,5-dione 分子量: 503.717 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₄₉N₃O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.1 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: ハンギングドロップ法詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS FROM 1.0M AMMONIUM SULFATE. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH XII 8.45MG/ML IN 10MM TRIS-HCL PH 7.4, 25MM NACL, WITH A 5-FOLD ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS FROM 1.0M AMMONIUM SULFATE. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH XII 8.45MG/ML IN 10MM TRIS-HCL PH 7.4, 25MM NACL, WITH A 5-FOLD EXCESS OF BMC004 ADDED FROM A 50MM STOCK SOLUTION IN 90% DMSO, 10% H2O (1.8% DMSO IN DROP). CRYO-PROTECTANT WAS 1.2M AMMONIUM SULFATE, 25%(V/V) GLYCEROL, 1.8% DMSO, 1MM BMC004.

結晶

マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.1 %

結晶化

温度: 292 K / 手法: ハンギングドロップ法
詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS FROM 1.0M AMMONIUM SULFATE. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH XII 8.45MG/ML IN 10MM TRIS-HCL PH 7.4, 25MM NACL, WITH A 5-FOLD ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.54178
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年1月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.505→27.603 Å / Num. obs: 52679 / % possible obs: 96.3 % / R_merge(I) obs: 0.069

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
CNX		精密化
CNX		位相決定
SCALEPACK		データスケーリング
DENZO		date reduction
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.51→27.6 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.07 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.203	2659	5.05 %
R_work	0.163	-	-
obs	0.165	52679	96.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.51→27.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8925	0	108	162	9195

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	9275
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.942	12613
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.094	5445
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1365
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1617

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ
1	1	A	5431	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	5431	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	3	C	5431	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5053-2.5508	0.2924	115	0.2188	2385	X-RAY DIFFRACTION	87
2.5508-2.5999	0.3074	140	0.2192	2497	X-RAY DIFFRACTION	92
2.5999-2.6529	0.2877	154	0.203	2459	X-RAY DIFFRACTION	92
2.6529-2.7105	0.2504	130	0.2175	2566	X-RAY DIFFRACTION	93
2.7105-2.7735	0.2628	142	0.2033	2558	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7735-2.8428	0.2731	132	0.1982	2620	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8428-2.9196	0.2289	145	0.186	2644	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9196-3.0054	0.2615	142	0.1901	2606	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0054-3.1023	0.2152	150	0.1891	2644	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1023-3.213	0.2308	135	0.1939	2655	X-RAY DIFFRACTION	97
3.213-3.3415	0.2543	136	0.186	2672	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3415-3.4932	0.2102	127	0.1755	2697	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4932-3.677	0.1795	123	0.1556	2712	X-RAY DIFFRACTION	98
3.677-3.9068	0.1921	145	0.1433	2681	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9068-4.2075	0.1778	148	0.1367	2695	X-RAY DIFFRACTION	98
4.2075-4.6291	0.1325	151	0.1212	2681	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6291-5.2948	0.1777	140	0.1312	2734	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2948-6.6555	0.1992	150	0.1665	2738	X-RAY DIFFRACTION	99
6.6555-27.6051	0.1914	154	0.168	2776	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.871	-0.0574	-0.1441	1.3952	-0.1503	0.8365	-0.0713	0.0976	0.1428	-0.009	0.0605	-0.0453	-0.1741	0.0681	0	0.4094	-0.0171	-0.0162	0.3398	0.0097	0.2536	39.9341	5.0783	17.0167
2	0.9261	0.096	0.1248	0.9933	-0.8786	0.9864	-0.0644	0.1593	0.0867	0.207	0.1965	0.3521	-0.34	-0.1404	0.0413	0.3683	0.0932	0.0615	0.2708	0.0356	0.3664	19.8122	-3.48	27.0581
3	0.318	-0.592	0.3118	0.9669	-0.4389	0.4387	-0.0325	-0.0193	-0.1622	0.0481	0.0626	0.0092	0.0411	-0.1875	0.0003	0.4074	0.0302	0.058	0.3783	-0.0289	0.2731	34.1933	-13.0148	24.449
4	1.7541	0.3102	0.0814	1.1682	0.0601	1.611	0.0807	-0.1643	-0.2385	-0.0781	-0.1022	0.1025	-0.034	-0.3379	-0.0002	0.2808	0.0115	-0.0596	0.3806	0.03	0.3415	16.3485	13.7233	-12.1151
5	1.3341	-0.2999	0.108	0.4403	-0.2668	1.1947	0.0042	0.1523	-0.6581	-0.2652	0.0364	-0.2356	0.2827	0.0658	0.0183	0.423	0.0362	-0.0129	0.2217	-0.0387	0.5915	32.5405	-1.2348	-21.7763
6	1.0868	0.7591	0.1638	0.4828	0.0759	0.5707	0.0704	0.0717	-0.417	-0.0611	-0.0377	0.025	-0.1259	0.1975	0.0004	0.3277	0.0363	-0.007	0.3048	0.0603	0.3725	35.2349	15.7536	-19.0324
7	0.2691	-0.1291	-0.0234	0.1648	-0.1473	0.2156	0.0894	0.3383	0.0037	0.126	0.0502	0.3079	0.0883	-0.8736	-0.0003	0.467	-0.0213	-0.0418	0.5982	0.0445	0.5332	-1.4604	-48.277	34.8137
8	0.2884	0.05	-0.0129	0.2826	-0.0122	0.6529	0.1184	-0.2585	0.0853	0.2119	-0.118	0.2951	0.2556	-0.2199	0.0003	0.4081	-0.1054	0.006	0.5119	0.0863	0.4804	1.4852	-55.1524	48.9922
9	0.5842	0.2767	-0.1274	0.7049	-0.0158	0.8428	-0.0253	-0.0651	-0.2253	0.0479	0.0511	0.0216	0.2961	-0.2402	0.0001	0.3621	-0.0092	-0.0454	0.3573	0.0706	0.434	6.3143	-52.7654	41.5448
10	0.8469	0.4354	-0.6431	0.8906	-0.1238	0.6026	0.1947	-0.0783	-0.0881	0.0418	0.0105	-0.086	-0.0589	-0.017	0	0.3116	0.0174	0.0044	0.3388	0.0079	0.3433	18.9594	-33.9391	38.0653
11	0.2788	0.1698	0.246	0.9426	-0.7308	1.1874	0.1522	0.0077	0.0801	0.1864	0.19	0.2167	-0.2855	-0.3133	0.0141	0.3875	0.0875	0.1355	0.4354	0.0602	0.4704	8.526	-23.1748	40.8733
12	0.4015	0.3002	-0.3342	0.5629	0.0102	0.8105	0.0234	0.0386	-0.1606	-0.011	0.033	-0.0116	-0.175	0.0159	0.0002	0.3654	0.0641	-0.0009	0.3765	0.0373	0.3679	17.6249	-34.8942	32.3646

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID -2 THROUGH 233 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 234 THROUGH 340 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 341 THROUGH 385 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'B' AND (RESID -2 THROUGH 233 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID 234 THROUGH 340 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 341 THROUGH 385 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'C' AND (RESID -2 THROUGH 24 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'C' AND (RESID 25 THROUGH 74 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'C' AND (RESID 75 THROUGH 169 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'C' AND (RESID 170 THROUGH 252 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'C' AND (RESID 253 THROUGH 327 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'C' AND (RESID 328 THROUGH 385 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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