PDB-5qd3: Crystal structure of BACE complex with BMC010

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5qd3

タイトル

Crystal structure of BACE complex with BMC010

要素

Beta-secretase 1

キーワード

HYDROLASE / Hydroloase / D3R / BACE / Ligand Docking

機能・相同性

機能・相同性情報

memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.46 Å

Model details

Structures for D3R docking challenge

データ登録者

Rondeau, J.M. / Shao, C. / Yang, H. / Burley, S.K.

引用

ジャーナル: J.Comput.Aided Mol.Des. / 年: 2020
タイトル: D3R grand challenge 4: blind prediction of protein-ligand poses, affinity rankings, and relative binding free energies.
著者: Parks, C.D. / Gaieb, Z. / Chiu, M. / Yang, H. / Shao, C. / Walters, W.P. / Jansen, J.M. / McGaughey, G. / Lewis, R.A. / Bembenek, S.D. / Ameriks, M.K. / Mirzadegan, T. / Burley, S.K. / Amaro, R.E. / Gilson, M.K.

履歴

登録	2017年12月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月30日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2021年2月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5qd3.cif.gz	456.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5qd3.ent.gz	389.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5qd3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5qd3_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5qd3_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	5qd3_validation.xml.gz	42.4 KB	表示
CIF形式データ	5qd3_validation.cif.gz	60.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/5qd3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/5qd3	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002044 (26エントリ) 5qco 5qcp 5qcq 5qcr 5qcs 5qct 5qcu 5qcv 5qcw 5qcx
タイトル	Crystal Structures of Beta-Secretase 1 with Bound Ligands
タイプ	undefined
解説	Crystal Structures of Complexes of Beta-Secretase 1 and Ligands

-
関連構造データ

類似構造データ	3ckp-2 5qd2-3 3rtm-d 1ym2-3 1ym2-2 5qcv-2 3ixk-1 5qco-3 2ph8-d 5qcu-3 4ke0-2 3kxy-4 5qcw-2 4d8c-1 4d85-d 1w51-d 5qco-1 1ym4-1 5qd2-1 2i0e-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (5) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Beta-secretase 1

B: Beta-secretase 1

C: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

136 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.972, 104.667, 100.887
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.31, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A
2	1	1	CHAIN B
3	1	1	(CHAIN C AND (RESID -2 THROUGH 157 OR RESID 169 THROUGH 385))

#1: タンパク質	Beta-secretase 1 / Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP ...Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Memapsin-2 / Membrane-associated aspartic protease 2 分子量: 44777.336 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE, KIAA1149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物	ChemComp-E6M / (10R,12S)-12-[(1R)-1-hydroxy-2-({[3-(propan-2-yl)phenyl]methyl}amino)ethyl]-17-(methoxymethyl)-10-methyl-2,13-diazabicyclo[13.3.1]nonadeca-1(19),15,17-trien-14-one 分子量: 523.750 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₄₉N₃O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.08 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: ハンギングドロップ法詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS FROM 1.0M AMMONIUM SULFATE IN WATER. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH XVI 7.0MG/ML IN 10MM TRIS-HCL PH 7.4, 25MM NACL, WITH ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS FROM 1.0M AMMONIUM SULFATE IN WATER. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH XVI 7.0MG/ML IN 10MM TRIS-HCL PH 7.4, 25MM NACL, WITH A 6-FOLD EXCESS OF BMC010 ADDED FROM A 50MM STOCK SOLUTION IN 90% DMSO-D6 (1.7% DMSO IN DROP). A SOLUTION CONTAINING 1.2M AMMONIUM SULFATE, 25% GLYCEROL, 1MM BMC010 AND 1.8% DMSO WAS USED AS CRYO-PROTECTANT.

結晶

マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.08 %

結晶化

温度: 292 K / 手法: ハンギングドロップ法
詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS FROM 1.0M AMMONIUM SULFATE IN WATER. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH XVI 7.0MG/ML IN 10MM TRIS-HCL PH 7.4, 25MM NACL, WITH ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.54178
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年9月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.46→71.346 Å / Num. obs: 60702 / % possible obs: 99.9 % / R_merge(I) obs: 0.063

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
CNX		精密化
CNX		位相決定
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-2000		date reduction
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.46→71.35 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.39 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2	6084	10.02 %
R_work	0.164	-	-
obs	0.168	60702	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.46→71.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8907	0	114	353	9374

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	9264
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.905	12591
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.713	5419
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1363
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1613

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ
1	1	A	5428	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	5428	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	3	C	5428	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4601-2.488	0.2855	215	0.2096	1777	X-RAY DIFFRACTION	100
2.488-2.5173	0.2717	204	0.1975	1838	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5173-2.548	0.2361	187	0.1894	1805	X-RAY DIFFRACTION	100
2.548-2.5802	0.2291	212	0.1833	1818	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5802-2.6142	0.2303	204	0.1711	1809	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6142-2.65	0.2487	215	0.1828	1789	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.6879	0.2332	201	0.1814	1821	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6879-2.728	0.2166	206	0.1854	1798	X-RAY DIFFRACTION	100
2.728-2.7706	0.2428	209	0.1869	1822	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7706-2.816	0.2271	203	0.1829	1797	X-RAY DIFFRACTION	100
2.816-2.8646	0.2264	212	0.1768	1810	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8646-2.9167	0.2326	172	0.1793	1860	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9167-2.9728	0.2345	214	0.1793	1828	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9728-3.0335	0.2233	193	0.1785	1800	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0335-3.0994	0.2319	196	0.18	1824	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0994-3.1715	0.2403	197	0.1881	1834	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1715-3.2508	0.2408	190	0.1838	1823	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2508-3.3387	0.2085	185	0.1801	1826	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3387-3.437	0.2098	214	0.1789	1806	X-RAY DIFFRACTION	100
3.437-3.5479	0.2071	202	0.1656	1815	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5479-3.6747	0.2055	201	0.1716	1820	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6747-3.8218	0.1892	195	0.1568	1846	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8218-3.9958	0.1766	194	0.1401	1816	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9958-4.2064	0.1689	209	0.1443	1828	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2064-4.4699	0.159	213	0.131	1818	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4699-4.815	0.1418	205	0.1199	1836	X-RAY DIFFRACTION	100
4.815-5.2994	0.1683	216	0.143	1821	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2994-6.0659	0.2125	219	0.1595	1828	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0659-7.6409	0.1962	203	0.1729	1849	X-RAY DIFFRACTION	100
7.6409-71.3761	0.1732	198	0.1793	1856	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7771	-0.1576	0.3048	1.2783	-0.275	0.7355	-0.044	0.1674	0.0961	0.0286	-0.0241	-0.0439	-0.1705	0.113	-0.0002	0.26	-0.0236	-0.0221	0.2221	0.021	0.1206	40.5223	4.9857	17.0207
2	0.7071	-0.0079	0.1289	0.4183	-0.4535	0.6585	-0.0367	0.0468	-0.0337	0.1976	0.1958	0.4057	-0.1782	-0.0867	0.2564	0.289	0.0908	0.1172	0.1948	0.0415	0.3395	19.0621	-4.1944	28.4314
3	0.4822	-0.0251	-0.1492	0.7107	-0.3518	0.2863	-0.0025	0.1154	-0.0707	0.087	0.0552	0.1934	-0.1732	0.0524	0.0036	0.2753	0.0512	0.0406	0.2063	0.0107	0.1893	31.2005	-9.1696	24.369
4	1.6166	0.4063	0.1842	0.686	0.1483	1.2003	0.0748	-0.1525	-0.221	0.0534	-0.0561	0.0238	0.0077	-0.2533	-0	0.2003	-0.0158	-0.0109	0.2513	0.0417	0.2063	17.2706	14.3123	-12.7591
5	0.6166	-0.264	0.233	0.299	0.0129	0.8597	0.123	0.2226	-0.6917	-0.0892	-0.0689	-0.3821	0.2664	0.026	0.0607	0.3222	-0.0096	-0.0482	0.1232	-0.0861	0.602	33.8534	-0.6641	-22.7647
6	0.7057	0.5102	-0.0785	0.3737	0.0385	0.3149	-0.0449	0.1568	-0.2656	0.1355	0.0347	-0.1574	-0.0867	0.0888	-0.0018	0.209	0.0163	-0.01	0.2429	0.0285	0.3106	36.489	16.2846	-19.5209
7	0.7067	0.3088	-0.5482	0.8995	-0.2888	1.0684	0.0489	-0.0433	-0.083	0.0159	-0.0298	-0.0347	0.111	-0.0909	-0.0001	0.1882	0.0076	-0.0276	0.2212	0.0319	0.2597	8.8943	-46.8993	42.03
8	0.2312	0.122	0.3348	0.7702	-0.1844	0.6451	0.0881	-0.0083	0.1424	0.1973	0.2068	0.0586	-0.0362	-0.2504	0.1782	0.2499	0.0839	0.14	0.325	0.0887	0.3383	8.6903	-23.1093	41.6234
9	0.3695	0.4332	-0.1234	0.4296	-0.0851	0.4574	0.0867	-0.0042	-0.1001	0.0249	-0.0461	-0.0766	-0.0023	0.0558	-0	0.2115	0.0558	-0.0004	0.2518	0.0302	0.2782	17.5142	-35.0663	32.9562

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID -2 THROUGH 233 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 234 THROUGH 317 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 318 THROUGH 385 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'B' AND (RESID -2 THROUGH 233 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID 234 THROUGH 340 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 341 THROUGH 385 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'C' AND (RESID -2 THROUGH 252 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'C' AND (RESID 253 THROUGH 327 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'C' AND (RESID 328 THROUGH 385 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見 (Yorodumi)