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- PDB-5pa7: humanized rat COMT in complex with 6-bromo-3-chloroquinolin-8-ol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5pa7
タイトルhumanized rat COMT in complex with 6-bromo-3-chloroquinolin-8-ol
要素Catechol O-methyltransferaseカテコール-O-メチルトランスフェラーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / METHYLTRANSFERASE (メチルトランスフェラーゼ) / NEUROTRANSMITTER DEGRADATION
機能・相同性
機能・相同性情報


Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / positive regulation of homocysteine metabolic process / メチル化 / norepinephrine secretion / response to dopamine / 咀嚼 / catecholamine catabolic process / catechol-containing compound metabolic process / catechol O-methyltransferase activity ...Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / positive regulation of homocysteine metabolic process / メチル化 / norepinephrine secretion / response to dopamine / 咀嚼 / catecholamine catabolic process / catechol-containing compound metabolic process / catechol O-methyltransferase activity / renal sodium excretion / : / : / S-adenosylhomocysteine metabolic process / カテコール-O-メチルトランスフェラーゼ / 発生生物学 / renal filtration / renin secretion into blood stream / dopamine secretion / renal albumin absorption / negative regulation of dopamine metabolic process / response to salt / 馴化 / artery development / catecholamine metabolic process / S-adenosylmethionine metabolic process / short-term memory / cerebellar cortex morphogenesis / cellular response to phosphate starvation / dopamine catabolic process / norepinephrine metabolic process / glomerulus development / fear response / multicellular organismal reproductive process / synaptic transmission, dopaminergic / response to angiotensin / cellular response to cocaine / estrogen metabolic process / exploration behavior / response to food / cholesterol efflux / response to temperature stimulus / response to pain / response to corticosterone / dopamine metabolic process / glycogen metabolic process / prostaglandin metabolic process / startle response / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / : / behavioral fear response / multicellular organismal response to stress / response to amphetamine / : / 学習 / kidney development / response to cytokine / female pregnancy / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / visual learning / multicellular organism growth / response to organic cyclic compound / response to toxic substance / 記憶 / 認識 / 血圧 / response to wounding / response to estrogen / cell body / 遺伝子発現 / メチル化 / postsynapse / postsynaptic membrane / response to oxidative stress / vesicle / response to lipopolysaccharide / 樹状突起スパイン / learning or memory / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / 神経繊維 / glutamatergic synapse / 樹状突起 / magnesium ion binding / 生体膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Catechol O-methyltransferase, eukaryotic / O-methyltransferase / Class I-like SAM-dependent O-methyltransferase / SAM-dependent O-methyltransferase class I-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-bromanyl-3-chloranyl-quinolin-8-ol / S-アデノシル-L-ホモシステイン / カテコール-O-メチルトランスフェラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Ehler, A. / Lerner, C. / Rudolph, M.G.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a COMT complex
著者: Lerner, C. / Jakob-Roetne, R. / Groebke-Zbinden, K. / Buettelmann, B. / Rudolph, M.G.
履歴
登録2016年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_deposit_group / Item: _pdbx_deposit_group.group_type
改定 1.22021年11月17日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: database_2 / pdbx_deposit_group / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_deposit_group.group_description / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catechol O-methyltransferase
B: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4868
ポリマ－49,3892
非ポリマー1,0986
水1,63991
1
A: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3855
ポリマ－24,6941
非ポリマー6904
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1023
ポリマ－24,6941
非ポリマー4072
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.185, 60.105, 147.614
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Catechol O-methyltransferase / カテコール-O-メチルトランスフェラーゼ / Humanized rat COMT


分子量: 24694.332 Da / 分子数: 2 / 断片: SOLUBLE FORM, RESIDUES 44-264 / 変異: M134I, Y138C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Comt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P22734, カテコール-O-メチルトランスフェラーゼ

-
非ポリマー , 5種, 97分子

#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-7JX / 6-bromanyl-3-chloranyl-quinolin-8-ol


分子量: 258.499 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H5BrClNO
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.11 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: AMMONIUM SULPHATE, CHES, PH 9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
211
反射解像度: 2.12→46.61 Å / Num. obs: 29641 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.61 % / Biso Wilson estimate: 39.82 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rrim(I) all: 0.151 / Rsym value: 0.124 / Χ2: 1.032 / Net I/σ(I): 8.36 / Num. measured all: 194595
反射 シェル解像度: 2.12→2.22 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.834 / Mean I/σ(I) obs: 1.23 / Num. measured obs: 2234 / Num. possible: 408 / Num. unique obs: 401 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.032 / Rsym value: 0.834 / Rejects: 0 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_764精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.12→45.204 Å / FOM work R set: 0.7879 / SU ML: 0.63 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.15 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: partial radiolysis of bromine. no sigma-hole effect of chlorine and amide carbonyl. lysine binds to said carbonyl.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 1502 5.08 %random
Rwork0.1927 28063 --
obs0.1954 29565 99.72 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.927 Å2 / ksol: 0.366 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 141.96 Å2 / Biso mean: 49.72 Å2 / Biso min: 24.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-21.6293 Å2-0 Å2-0 Å2
2---11.283 Å20 Å2
3----10.3463 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.12→45.204 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3317 0 68 91 3476
Biso mean--45.32 44.54 -
残基数----423
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073446
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0674674
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069531
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004593
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8131302
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1201-2.18850.33871490.331424852634100
2.1885-2.26670.35911590.30352465262499
2.2667-2.35750.33571250.29042503262899
2.3575-2.46480.34291280.271125222650100
2.4648-2.59470.30551340.257525542688100
2.5947-2.75720.28091610.220324932654100
2.7572-2.97010.28841150.217625652680100
2.9701-3.26890.2871010.212125692670100
3.2689-3.74170.23561210.175525852706100
3.7417-4.71340.20251540.140525912745100
4.7134-45.21470.1911550.154827312886100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9965-0.191-0.25763.93192.21363.6031-0.0839-0.2401-0.34890.27760.5247-0.08610.54230.851-0.38920.28430.04420.02280.4613-0.03510.342314.08-11.262521.8405
25.7305-1.6246-1.62924.97490.91485.16090.09250.32750.9566-0.20170.1983-0.8248-0.98840.4174-0.2420.4248-0.0531-0.00190.37860.02340.435212.7136-0.736218.7742
32.8844-1.297-0.3464.1259-0.22492.1689-0.0131-0.0772-0.1067-0.49960.04180.2047-0.42430.5394-0.03260.5086-0.03150.01730.46320.0610.39036.5826-0.29047.4578
41.00870.06560.80721.319-0.42940.97550.16730.32240.501-0.0966-0.296-0.0868-0.37060.19990.09660.35420.0701-0.01550.4116-0.01360.353-3.1472-5.383210.9645
50.95880.71920.17250.804-0.44451.3318-0.0005-0.13640.1192-0.05160.0351-0.0186-0.2005-0.0461-0.02130.3440.03250.00120.3368-0.02570.3388-1.5112-6.153917.5702
61.0817-0.36240.17562.7447-0.40880.8902-0.0177-0.1957-0.00620.2482-0.01810.3475-0.1434-0.32610.02650.2990.0471-0.04910.4844-0.0070.4283-15.357-11.262610.0358
72.66470.05090.19132.24660.58851.71730.02970.1565-0.1831-0.54790.1008-0.07950.4138-0.1275-0.13670.45110.0364-0.06320.32720.01360.2715-5.2557-12.07280.9101
81.55270.4046-0.13070.83130.45051.28-0.14970.17630.0461-0.55840.15670.2599-0.0166-0.15480.00270.51140.0152-0.0880.34810.0640.3419-4.7924-6.3117-4.2401
92.5481-0.8402-0.44551.8864-0.08491.0019-0.24750.23320.4815-0.61610.20090.0425-0.1469-0.2168-0.02830.6038-0.0036-0.02020.36510.06550.34783.7477-2.2715-3.3855
100.07380.0673-0.01140.09980.01580.0165-0.0926-0.17720.05940.1038-0.0577-0.101-0.09550.327700.53860.07630.13280.37790.05630.30611.9257-13.79178.9488
110.5548-0.1150.07220.2907-0.13210.0611-0.17550.0444-0.0907-0.0288-0.2264-0.19840.09210.0729-0.00910.41090.02150.12691.0326-0.18730.56258.7554-11.83153.4989
122.05711.2727-0.27031.078-0.49734.03350.03070.45091.18630.03960.5880.7927-0.869-0.5398-0.21380.3690.3326-0.01850.70660.13660.7242-23.0059-20.57529.299
133.60760.62510.63431.5666-1.13351.17670.1713-0.22950.1909-0.0929-0.2810.516-0.1189-0.3432-0.0070.46050.05550.05610.46920.03050.3761-8.1258-25.165420.8891
141.4546-1.0414-0.03621.454-1.08172.8722-0.07390.05320.0059-0.37530.13510.45990.4137-0.5802-0.07750.333-0.0818-0.07530.36280.00120.4166-14.1408-37.72829.1447
150.87780.9981-0.16581.4144-0.53511.7971-0.05840.0299-0.1221-0.0715-0.0919-0.15960.12040.11790.14950.2930.06190.01440.2779-0.00450.30052.6139-33.0828.5592
160.02640.0089-0.02320.0372-0.02420.0340.05640.2040.2594-0.0285-0.00730.19750.0232-0.1469-0.00010.46950.03420.09540.44370.06120.4815-10.2707-31.31136.5609
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 3:16)A3 - 16
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 17:35)A17 - 35
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 36:57)A36 - 57
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 58:70)A58 - 70
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 71:118)A71 - 118
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 119:136)A119 - 136
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 137:156)A137 - 156
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resseq 157:188)A157 - 188
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resseq 189:215)A189 - 215
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resseq 300:300)A300
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resseq 301:302)A301 - 302
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resseq 3:35)B3 - 35
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resseq 36:57)B36 - 57
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resseq 58:143)B58 - 143
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resseq 144:216)B144 - 216
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resseq 300:300)B300

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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