PDB-5onz: Crystal structure of Mycolicibacterium hassiacum glucosylglycerat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5onz

タイトル

Crystal structure of Mycolicibacterium hassiacum glucosylglycerate hydrolase (MhGgH) D182A variant in complex with glucosylglycolate

要素

Hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Mycobacterium

機能・相同性

機能・相同性情報

glucosylglycerate hydrolase / glucosylglycerate hydrolase activity / Glc3Man9GlcNAc2 oligosaccharide glucosidase activity / oligosaccharide metabolic process / protein N-linked glycosylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium hassiacum

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Cereija, T.B. / Macedo-Ribeiro, S. / Pereira, P.J.B.

資金援助

ポルトガル, 2件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: The structural characterization of a glucosylglycerate hydrolase provides insights into the molecular mechanism of mycobacterial recovery from nitrogen starvation.
著者: Cereija, T.B. / Alarico, S. / Lourenco, E.C. / Manso, J.A. / Ventura, M.R. / Empadinhas, N. / Macedo-Ribeiro, S. / Pereira, P.J.B.

履歴

登録	2017年8月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月15日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / struct Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.2	2019年7月31日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5onz.cif.gz	394.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5onz.ent.gz	324.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5onz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5onz_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5onz_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	5onz_validation.xml.gz	40.6 KB	表示
CIF形式データ	5onz_validation.cif.gz	60.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/5onz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/5onz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ohcC 5ohzSC 5oi0C 5oi1C 5oieC 5oivC 5oiwC 5oj4C 5ojuC 5ojvC 5ontC 5oo2C 6q5tC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6g3n-1 5oi1-1 5ohz-d 5ont-1 5oj4-1 5oie-1 5ojv-1 5oiv-1 5oiw-1 5oi0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/482 / データの種類: diffraction image data / 詳細: data doi:10.15785/SBGRID/482

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Hydrolase

B: Hydrolase

ヘテロ分子

104 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hydrolase

B: Hydrolase

ヘテロ分子

A: Hydrolase

B: Hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, gel filtration
208 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.223, 158.901, 87.953
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Hydrolase 分子量: 50913.484 Da / 分子数: 2 / 変異: D182A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium hassiacum (strain DSM 44199 / CIP 105218 / JCM 12690 / 3849) (バクテリア) 遺伝子: C731_0006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K5BDL0
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 糖	ChemComp-9YW / (alpha-D-glucopyranosyloxy)acetic acid / Glucosylglycolate / (alpha-D-glucosyloxy)acetic acid / (D-glucosyloxy)acetic acid / (glucosyloxy)acetic acid / (α-D-グルコピラノシルオキシ)酢酸タイプ: D-saccharide / 分子量: 238.192 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₄O₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SER / SERINE / セリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 677 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tris-Bicine pH 8.5, amino acids, PEG 4000, glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.93→48.67 Å / Num. obs: 91224 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.126 / R_pim(I) all: 0.056 / R_rim(I) all: 0.139 / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 1.93→2 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 1.227 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / CC_1/2: 0.56 / R_pim(I) all: 0.533 / R_rim(I) all: 1.34 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5OHZ

5ohz

解像度: 1.93→48.668 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.08

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1846	4566	5.01 %
R_work	0.1491	-	-
obs	0.1509	91157	99.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.93→48.668 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7160	0	152	677	7989

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	7837
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.984	10690
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.048	4617
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	1097
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1404

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9305-1.9524	0.3077	134	0.2665	2773	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9524-1.9754	0.3042	161	0.2644	2824	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9754-1.9995	0.2744	150	0.249	2883	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9995-2.0248	0.2515	147	0.2265	2826	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0248-2.0514	0.2578	158	0.2243	2900	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0514-2.0795	0.2471	176	0.2152	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0795-2.1092	0.248	150	0.2056	2876	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1092-2.1407	0.2419	144	0.1943	2864	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1407-2.1742	0.2204	146	0.1859	2854	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1742-2.2098	0.2138	159	0.1673	2875	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2098-2.2479	0.1949	156	0.1597	2835	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2479-2.2888	0.2219	131	0.164	2895	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2888-2.3328	0.2278	134	0.1575	2906	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3328-2.3804	0.1784	143	0.1552	2868	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3804-2.4322	0.2063	160	0.1537	2844	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4322-2.4888	0.2148	163	0.1506	2871	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4888-2.551	0.1818	157	0.1524	2873	X-RAY DIFFRACTION	99
2.551-2.62	0.198	141	0.1517	2891	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.697	0.185	156	0.142	2873	X-RAY DIFFRACTION	100
2.697-2.7841	0.1666	154	0.1392	2893	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7841-2.8836	0.1768	136	0.1398	2891	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8836-2.999	0.1527	169	0.1365	2887	X-RAY DIFFRACTION	100
2.999-3.1355	0.1891	140	0.1328	2900	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1355-3.3008	0.1859	144	0.1357	2934	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3008-3.5075	0.1694	136	0.1331	2906	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5075-3.7782	0.1496	155	0.1198	2917	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7782-4.1583	0.1541	173	0.1146	2916	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1583-4.7595	0.1475	175	0.1134	2940	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7595-5.9948	0.1727	163	0.1485	2969	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9948-48.6832	0.1796	155	0.1663	3126	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2309	0.6785	0.2593	4.9292	-1.1662	4.1838	-0.0402	0.067	-0.0962	-0.3474	0.0831	0.1227	0.1096	-0.1649	-0.0271	0.152	0.0119	-0.0131	0.1126	-0.0219	0.1754	42.2933	8.8749	37.5205
2	3.6469	-1.4508	2.2324	2.1016	-1.3428	4.9894	0.1745	0.367	-0.0191	-0.5427	-0.0995	0.029	-0.035	0.0516	-0.0975	0.32	-0.0019	0.023	0.1514	-0.0106	0.1835	46.5472	21.3106	28.2588
3	0.9938	0.0985	0.0122	1.2841	-0.0587	1.1153	-0.0146	0.0515	0.1651	-0.1358	0.014	0.1782	-0.2185	-0.0902	-0.0072	0.2189	0.0254	-0.0134	0.1385	0.0095	0.2167	39.4551	27.6374	41.9477
4	1.9455	1.4274	1.5286	2.2359	1.379	3.9491	0.2681	-0.4413	-0.0664	0.5549	-0.2615	-0.088	0.1041	0.1148	-0.0106	0.3097	-0.118	0.0052	0.3466	0.0371	0.183	52.5756	11.8698	86.8854
5	1.4728	0.2581	0.0629	1.3368	-0.0541	1.4615	0.1575	-0.3612	0.1051	0.3334	-0.1811	-0.195	-0.2521	0.2287	0.0477	0.3325	-0.1237	-0.0334	0.3168	-0.0183	0.2053	60.8713	24.9718	81.5476
6	1.0849	-0.0265	0.1086	2.429	-0.7478	2.0288	0.0581	-0.018	-0.1284	-0.0362	-0.1089	-0.2868	0.0179	0.2588	0.0361	0.1335	-0.024	-0.0062	0.1978	-0.0032	0.206	62.9479	11.9067	67.0201

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 69 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 70 through 134 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 135 through 446 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 2 through 117 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 118 through 320 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 321 through 446 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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