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- PDB-5o7i: ERK5 in complex with a pyrrole inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o7i
タイトルERK5 in complex with a pyrrole inhibitor
要素Mitogen-activated protein kinase 7
キーワードTRANSFERASE / KINASE / INHIBITOR / PYRROLE
機能・相同性
機能・相同性情報


Signalling to ERK5 / negative regulation of response to cytokine stimulus / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / calcineurin-NFAT signaling cascade / cellular response to laminar fluid shear stress / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / ERKs are inactivated / enzyme inhibitor activity / mitogen-activated protein kinase binding / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade ...Signalling to ERK5 / negative regulation of response to cytokine stimulus / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / calcineurin-NFAT signaling cascade / cellular response to laminar fluid shear stress / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / ERKs are inactivated / enzyme inhibitor activity / mitogen-activated protein kinase binding / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / ERK/MAPK targets / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / RET signaling / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / MAP kinase activity / mitogen-activated protein kinase / regulation of angiogenesis / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of protein metabolic process / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / PML body / cellular response to growth factor stimulus / negative regulation of inflammatory response / cellular response to hydrogen peroxide / MAPK cascade / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / cell differentiation / intracellular signal transduction / cell cycle / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9N8 / Mitogen-activated protein kinase 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Tucker, J.A. / Heptinstall, A. / Myers, S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)RES/0190/7680 英国
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Identification of a novel orally bioavailable ERK5 inhibitor with selectivity over p38 alpha and BRD4.
著者: Myers, S.M. / Miller, D.C. / Molyneux, L. / Arasta, M. / Bawn, R.H. / Blackburn, T.J. / Cook, S.J. / Edwards, N. / Endicott, J.A. / Golding, B.T. / Griffin, R.J. / Hammonds, T. / Hardcastle, ...著者: Myers, S.M. / Miller, D.C. / Molyneux, L. / Arasta, M. / Bawn, R.H. / Blackburn, T.J. / Cook, S.J. / Edwards, N. / Endicott, J.A. / Golding, B.T. / Griffin, R.J. / Hammonds, T. / Hardcastle, I.R. / Harnor, S.J. / Heptinstall, A.B. / Lochhead, P.A. / Martin, M.P. / Martin, N.C. / Newell, D.R. / Owen, P.J. / Pang, L.C. / Reuillon, T. / Rigoreau, L.J.M. / Thomas, H.D. / Tucker, J.A. / Wang, L.Z. / Wong, A.C. / Noble, M.E.M. / Wedge, S.R. / Cano, C.
履歴
登録2017年6月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年6月26日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5243
ポリマ－41,0571
非ポリマー4662
水1,964109
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area160 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area16030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.910, 93.910, 113.748
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 7 / MAPK 7 / Big MAP kinase 1 / BMK-1 / Extracellular signal-regulated kinase 5 / ERK-5


分子量: 41057.234 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 46-402 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: synthetic DNA (Life Technologies) / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK7, BMK1, ERK5, PRKM7 / プラスミド: pFastBac HT A / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q13164, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-9N8 / 4-(2-bromanyl-6-fluoranyl-phenyl)carbonyl-~{N}-pyridin-3-yl-1~{H}-pyrrole-2-carboxamide


分子量: 388.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H11BrFN3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 5 % (v/v) PEG 6000, 0.1 M MES (pH 6.0), 5 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1.37852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2005年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.37852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→48.65 Å / Num. obs: 21010 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 14.2 % / Biso Wilson estimate: 61.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.38→2.5 Å / 冗長度: 15 % / Rmerge(I) obs: 1.29 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2719 / % possible all: 99.56

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.17データスケーリング
MOLREP11.4.04位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BYZ

5byz


解像度: 2.38→48.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9449 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9071 / SU R Cruickshank DPI: 0.239 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.248 / SU Rfree Blow DPI: 0.196 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.194
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2203 1021 4.86 %RANDOM
Rwork0.1805 ---
obs0.1824 21010 99.94 %-
原子変位パラメータBiso mean: 59.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.8356 Å20 Å20 Å2
2---3.8356 Å20 Å2
3---7.6713 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.275 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.38→48.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2764 0 28 109 2901
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012884HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.043934HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d994SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes60HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes462HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2884HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.93
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.89
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion366SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies6HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3365SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.38→2.5 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2683 124 4.56 %
Rwork0.2074 2595 -
all0.2102 2719 -
obs--99.56 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 33.7134 Å / Origin y: -7.8706 Å / Origin z: 5.448 Å
111213212223313233
T-0.0871 Å2-0.0661 Å2-0.0023 Å2--0.0444 Å20.0061 Å2---0.06 Å2
L1.1688 °2-0.5669 °20.3533 °2-1.6625 °2-0.7005 °2--2.2676 °2
S-0.0202 Å °0.0023 Å °0.039 Å °0.0108 Å °0.0895 Å °0.0521 Å °0.1844 Å °-0.1137 Å °-0.0693 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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