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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5non | ||||||
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タイトル | Structure of truncated Norcoclaurine Synthase from Thalictrum flavum with product mimic | ||||||
![]() | S-norcoclaurine synthase | ||||||
![]() | LYASE / Pictet Spengler condensation / Dopamine | ||||||
機能・相同性 | ![]() (S)-norcoclaurine synthase / (S)-norcoclaurine synthase activity / alkaloid metabolic process / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sula, A. / Lichman, B.R. / Pesnot, T. / Ward, J.M. / Hailes, H.C. / Keep, N.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Evidence for the Dopamine-First Mechanism of Norcoclaurine Synthase. 著者: Lichman, B.R. / Sula, A. / Pesnot, T. / Hailes, H.C. / Ward, J.M. / Keep, N.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 221 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 180.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Refine code: _
NCSアンサンブル:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18238.064 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PD451 - SR / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.43 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 10% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 1000, 10% REMARK 280 W/V POLYETHYLENE GLYCOL 8000 20 MM TRIS, 50 MM NACL, PH 7.5, PH REMARK 280 8.5, 10 mM Ligand |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→85.85 Å / Num. obs: 50659 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 1.009 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 3072 / Rpim(I) all: 0.35 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.85→86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 7.774 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.86 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.85→86 Å
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拘束条件 |
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