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- PDB-5non: Structure of truncated Norcoclaurine Synthase from Thalictrum fla... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5non
タイトルStructure of truncated Norcoclaurine Synthase from Thalictrum flavum with product mimic
要素S-norcoclaurine synthase
キーワードLYASE / Pictet Spengler condensation / Dopamine
機能・相同性
機能・相同性情報


(S)-norcoclaurine synthase / (S)-norcoclaurine synthase activity / alkaloid metabolic process / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-93H / S-norcoclaurine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Thalictrum flavum subsp. glaucum (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Sula, A. / Lichman, B.R. / Pesnot, T. / Ward, J.M. / Hailes, H.C. / Keep, N.H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Structural Evidence for the Dopamine-First Mechanism of Norcoclaurine Synthase.
著者: Lichman, B.R. / Sula, A. / Pesnot, T. / Hailes, H.C. / Ward, J.M. / Keep, N.H.
履歴
登録2017年4月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: S-norcoclaurine synthase
B: S-norcoclaurine synthase
C: S-norcoclaurine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5766
ポリマ－54,7143
非ポリマー8623
水8,053447
1
A: S-norcoclaurine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5252
ポリマ－18,2381
非ポリマー2871
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: S-norcoclaurine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5252
ポリマ－18,2381
非ポリマー2871
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: S-norcoclaurine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5252
ポリマ－18,2381
非ポリマー2871
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.310, 110.218, 136.902
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERGLUGLUAA40 - 1939 - 162
21SERSERGLUGLUBB40 - 1939 - 162
12SERSERGLUGLUAA40 - 1939 - 162
22SERSERGLUGLUCC40 - 1939 - 162
13VALVALHISHISBB39 - 1948 - 163
23VALVALHISHISCC39 - 1948 - 163

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 S-norcoclaurine synthase


分子量: 18238.064 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thalictrum flavum subsp. glaucum (植物)
プラスミド: PD451 - SR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q67A25, (S)-norcoclaurine synthase
#2: 化合物 ChemComp-93H / 4-[2-[2-(4-methoxyphenyl)ethylamino]ethyl]benzene-1,2-diol


分子量: 287.354 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 447 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.43 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 1000, 10% REMARK 280 W/V POLYETHYLENE GLYCOL 8000 20 MM TRIS, 50 MM NACL, PH 7.5, PH REMARK 280 8.5, 10 mM Ligand

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→85.85 Å / Num. obs: 50659 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 1.009 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 3072 / Rpim(I) all: 0.35 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
DIALS1.1.3データ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化解像度: 1.85→86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 7.774 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22351 2535 5 %RANDOM
Rwork0.18693 ---
obs0.1888 48057 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.48 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.61 Å20 Å2
3---2.09 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.85→86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3660 0 63 447 4170
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0320.0193917
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023718
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.7931.9585325
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.30438646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4045476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.98225.241145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.10215651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg4.124153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1970.2603
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.0214661
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02731
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.491.1071887
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4791.1061886
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2951.6462356
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2961.6472357
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9851.3912030
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9851.3932031
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.0691.9942965
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.04514.2974327
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.04514.3014328
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A95060.08
12B95060.08
21A94440.08
22C94440.08
31B95720.09
32C95720.09
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 205 -
Rwork0.267 3496 -
obs--99.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2227-0.12591.44171.61450.20332.22520.08880.089-0.1013-0.1193-0.04590.0347-0.001-0.0178-0.04290.3126-0.0141-0.02720.25140.01030.0298-16.615-11.13719.087
21.38590.02821.28572.2905-1.0733.6834-0.0004-0.15850.05230.37070.0104-0.0125-0.2471-0.0671-0.010.3857-0.02340.00950.30370.00010.0048-1.4736.0748.112
30.8382-0.1739-0.42141.89430.76643.23960.07070.03620.1064-0.0992-0.0773-0.1607-0.16220.040.00660.3143-0.0288-0.0010.27330.00250.04380.523.2915.137
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A40 - 501
2X-RAY DIFFRACTION2B38 - 501
3X-RAY DIFFRACTION3C39 - 501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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