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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5n55 | ||||||
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タイトル | mono-Zinc VIM-5 metallo-beta-lactamase in complex with (1-chloro-4-hydroxyisoquinoline-3-carbonyl)-L-tryptophan (Compound 2) | ||||||
要素 | Class B metallo-beta-lactamase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / metallo-beta-lactamase / inhibitor / complex / antibiotic resistance | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å | ||||||
データ登録者 | Li, G.-B. / Brem, J. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chem. Commun. (Camb.) / 年: 2017 タイトル: Crystallographic analyses of isoquinoline complexes reveal a new mode of metallo-beta-lactamase inhibition. 著者: Li, G.B. / Brem, J. / Lesniak, R. / Abboud, M.I. / Lohans, C.T. / Clifton, I.J. / Yang, S.Y. / Jimenez-Castellanos, J.C. / Avison, M.B. / Spencer, J. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5n55.cif.gz | 271.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5n55.ent.gz | 220.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5n55.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5n55_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5n55_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5n55_validation.xml.gz | 29.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5n55_validation.cif.gz | 41.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/5n55 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/5n55 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28116.488 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaVIM-5 / プラスミド: opinf vector based / 詳細 (発現宿主): plasmid derived / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q8GKX2 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.77 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M Lithium Chloride, 0.1 M 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES), 20% (w/v) Polyethylene glycol 6000, pH=6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→50.68 Å / Num. all: 620570 / Num. obs: 47393 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 23.61 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 15.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.99→2.02 Å / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 1.197 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. measured obs: 31567 / Num. unique all: 2324 / Num. unique obs: 4703 / CC1/2: 0.565 / Rpim(I) all: 0.335 / Rrim(I) all: 1.244 / % possible all: 99.7 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5A87 解像度: 1.99→50.683 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.66
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 80.82 Å2 / Biso mean: 31.2187 Å2 / Biso min: 10.58 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.99→50.683 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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