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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5n33 | ||||||
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タイトル | cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule 3-amino-5-(trifluoromethyl)-1H-pyridin-2-one | ||||||
要素 | (cAMP-dependent protein kinase ...) x 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / fragment / complex / serine threonine kinase / cAMP / kinase / PKA | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of protein processing / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / cellular response to cold / regulation of osteoblast differentiation / sperm capacitation / cAMP-dependent protein kinase activity ...regulation of protein processing / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / cellular response to cold / regulation of osteoblast differentiation / sperm capacitation / cAMP-dependent protein kinase activity / ciliary base / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / cAMP-dependent protein kinase complex / AMP-activated protein kinase activity / negative regulation of protein import into nucleus / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / cellular response to glucagon stimulus / protein kinase A regulatory subunit binding / axoneme / plasma membrane raft / protein kinase A catalytic subunit binding / mesoderm formation / sperm flagellum / negative regulation of smoothened signaling pathway / regulation of proteasomal protein catabolic process / positive regulation of gluconeogenesis / negative regulation of TORC1 signaling / protein kinase A signaling / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / protein export from nucleus / positive regulation of protein export from nucleus / acrosomal vesicle / neural tube closure / cellular response to glucose stimulus / neuromuscular junction / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / mRNA processing / cellular response to heat / manganese ion binding / dendritic spine / regulation of cell cycle / nuclear speck / phosphorylation / protein domain specific binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / glutamatergic synapse / ubiquitin protein ligase binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.434 Å | ||||||
データ登録者 | Siefker, C. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2020 タイトル: Fragment Binding to Kinase Hinge: If Charge Distribution and Local pK a Shifts Mislead Popular Bioisosterism Concepts. 著者: Oebbeke, M. / Siefker, C. / Wagner, B. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5n33.cif.gz | 237.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5n33.ent.gz | 194.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5n33.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5n33_validation.pdf.gz | 352.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5n33_full_validation.pdf.gz | 355.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5n33_validation.xml.gz | 19.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/5n33 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/5n33 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5n3cC 5n3dC 5n3eC 5n3hC 5n3jC 5n3qC 5n3sC 6snnC 6snxC 6soxC 6spmC 6spsC 6spuC 6spyC 6ypsC 6z08C 6z44C 6zn0C 4wihS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-CAMP-dependent protein kinase ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 41193.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Phosphorylation of S11, S140, T198 and S339 由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 遺伝子: PRKACA / プラスミド: pET-16bTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P25321, cAMP-dependent protein kinase |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1993.318 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 12-30 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: cAMP dependent protein kinase inhibitor peptide 由来: (合成) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: A0A061IH64, UniProt: G3HK48*PLUS |
-非ポリマー , 4種, 326分子
#3: 化合物 | ChemComp-8JW / |
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#4: 化合物 | ChemComp-MPD / ( |
#5: 化合物 | ChemComp-DMS / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: MES-BIS-TRIS Mega8-Solution DTT EDTA LiCl Methanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月13日 / 詳細: Silicon, active surface |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918409 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.43→50 Å / Num. obs: 84316 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.25 % / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 14.92 |
反射 シェル | 解像度: 1.43→1.52 Å / 冗長度: 6.23 % / Mean I/σ(I) obs: 2.64 / Num. unique obs: 12943 / CC1/2: 0.9 / Rrim(I) all: 0.526 / % possible all: 95.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4WIH 解像度: 1.434→41.913 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 15.36 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.434→41.913 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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