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- PDB-5myw: Structure of Transcriptional Regulatory Repressor Protein - EthR ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5myw
タイトルStructure of Transcriptional Regulatory Repressor Protein - EthR from Mycobacterium Tuberculosis in complex with compound SB-435634 at 1.77A resolution
要素HTH-type transcriptional regulator EthR
キーワードTRANSCRIPTION / EthR / Mycobacterium tuberculosis / represor
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Transcriptional regulator EthR, C-terminal domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like ...: / Transcriptional regulator EthR, C-terminal domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
~{N}2-(1,3-benzodioxol-5-yl)benzene-1,2-diamine / HTH-type transcriptional regulator EthR
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Blaszczyk, M. / Mendes, V. / Mugumbate, G. / Blundell, T.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates Foundation 米国
引用ジャーナル: Front Pharmacol / 年: 2017
タイトル: Target Identification of Mycobacterium tuberculosis Phenotypic Hits Using a Concerted Chemogenomic, Biophysical, and Structural Approach.
著者: Mugumbate, G. / Mendes, V. / Blaszczyk, M. / Sabbah, M. / Papadatos, G. / Lelievre, J. / Ballell, L. / Barros, D. / Abell, C. / Blundell, T.L. / Overington, J.P.
履歴
登録2017年1月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_high

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator EthR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4882
ポリマ－25,2591
非ポリマー2281
水1,18966
1
A: HTH-type transcriptional regulator EthR
ヘテロ分子

A: HTH-type transcriptional regulator EthR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9754
ポリマ－50,5192
非ポリマー4562
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area2750 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area17220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.528, 121.528, 33.758
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-422-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulator EthR


分子量: 25259.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: ethR, etaR, Rv3855 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WMC1
#2: 化合物 ChemComp-WCU / ~{N}2-(1,3-benzodioxol-5-yl)benzene-1,2-diamine


分子量: 228.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H12N2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.15 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.7 to 2.1 ammonium sulfate 0.1M MES (pH 6 to 7) 5 to 15%(v/v) glycerol 7 to 12%(v/v) 1,4-dioxane
PH範囲: pH range 6-7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→60.764 Å / Num. all: 25356 / Num. obs: 25356 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 32.05 Å2 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.083 / Rsym value: 0.077 / Net I/av σ(I): 5.7 / Net I/σ(I): 19.1 / Num. measured all: 316819
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.77-1.8612.91.340.60.3941.4371.3499.5
1.86-1.98130.7710.2280.8260.7799.4
1.98-2.1112.50.41.80.120.4290.499.5
2.11-2.2813.20.2462.90.0710.2620.24699.9
2.28-2.512.40.1494.90.0450.160.14999.9
2.5-2.812.90.1017.10.030.1090.101100
2.8-3.2312.10.0739.30.0230.0790.073100
3.23-3.9511.90.05610.80.0170.0610.056100
3.95-5.59110.0512.10.0160.0540.05100
5.59-60.76410.40.03913.60.0130.0420.03999.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.20データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1T56

1t56


解像度: 1.77→33.706 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.98
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1983 1291 5.1 %
Rwork0.1762 --
obs0.1773 25300 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 121.32 Å2 / Biso mean: 47.1954 Å2 / Biso min: 19.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.77→33.706 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1483 0 17 66 1566
Biso mean--67.02 50.38 -
残基数----193
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061533
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7612093
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047241
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006271
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.265904
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7683-1.83910.2851730.26312558273199
1.8391-1.92280.2821500.23772584273499
1.9228-2.02420.24351350.20282626276199
2.0242-2.1510.23721230.178726362759100
2.151-2.3170.18761500.174626372787100
2.317-2.55010.21281470.17226542801100
2.5501-2.91890.21941420.182826852827100
2.9189-3.67680.21011210.17627502871100
3.6768-33.71190.16231500.162528793029100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.4163-4.73721.53739.3175-3.76652.17870.04840.5595-0.362-1.15060.08860.70130.3711-0.0514-0.02440.5838-0.1453-0.06150.3853-0.00540.4281-24.8293-50.5238-6.2868
23.22851.5811-2.36997.0892-0.04485.8847-0.11910.19370.4784-0.27180.29090.8747-0.80870.2044-0.24630.6173-0.19540.06510.33050.03370.4575-28.6625-58.5687-1.1711
34.32415.88712.65317.93983.54063.55440.6142-0.1423-0.10560.928-0.33930.08120.9920.0119-0.330.53610.04360.01450.25460.04630.3548-14.6134-41.57243.3181
40.44721.37210.31636.9005-0.79391.37730.7287-0.4410.74950.18120.1802-0.8366-0.55271.1194-0.68570.7074-0.00670.41131.0971-0.03691.70344.4298-26.5880.4953
58.98373.32210.12877.77671.76923.6396-0.0040.17770.1335-0.0180.17510.04260.36530.0723-0.15360.33260.06120.00530.18980.04380.2065-13.6845-31.6523-3.1081
64.35343.9987-0.15529.6051.10774.2006-0.065-0.3829-0.21550.426-0.0506-0.15770.40930.18650.09030.26370.10930.01420.24730.0290.1882-13.2451-26.03359.8875
72.88480.40031.15262.72810.80055.24070.07270.1671-0.071-0.1148-0.05840.04760.234-0.0537-0.00440.23230.07570.00220.242-0.00140.2479-16.1442-22.2306-2.7567
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 22 through 46 )A22 - 46
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 47 through 67 )A47 - 67
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 68 through 92 )A68 - 92
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 93 through 98 )A93 - 98
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 99 through 128 )A99 - 128
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 129 through 167 )A129 - 167
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 168 through 214 )A168 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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