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- PDB-5mmv: Crystal structure of human Caspase-1 with 2-((2-naphthoyl)-L-valy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mmv
タイトルCrystal structure of human Caspase-1 with 2-((2-naphthoyl)-L-valyl)-4-hydroxy-N-((3S)-2-hydroxy-5-oxotetrahydrofuran-3-yl)-2-azabicyclo[2.2.2]octane-3-carboxamide (Compound 1)
要素(Caspase-1) x 2
キーワードHYDROLASE / caspase-1 / nanomolar inhibitor / inflammatory diseases / sp3 hybridization
機能・相同性
機能・相同性情報


caspase-1 / protease inhibitor complex / AIM2 inflammasome complex assembly / The AIM2 inflammasome / AIM2 inflammasome complex / IPAF inflammasome complex / The IPAF inflammasome / icosanoid biosynthetic process / NLRP1 inflammasome complex / canonical inflammasome complex ...caspase-1 / protease inhibitor complex / AIM2 inflammasome complex assembly / The AIM2 inflammasome / AIM2 inflammasome complex / IPAF inflammasome complex / The IPAF inflammasome / icosanoid biosynthetic process / NLRP1 inflammasome complex / canonical inflammasome complex / positive regulation of interleukin-18 production / cytokine precursor processing / CARD domain binding / NLRP3 inflammasome complex / osmosensory signaling pathway / Interleukin-1 processing / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Interleukin-37 signaling / pattern recognition receptor signaling pathway / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / signaling receptor ligand precursor processing / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / pyroptotic inflammatory response / cytokine binding / protein autoprocessing / The NLRP3 inflammasome / Pyroptosis / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / protein maturation / positive regulation of interleukin-1 beta production / NOD1/2 Signaling Pathway / cellular response to mechanical stimulus / cellular response to type II interferon / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / kinase binding / positive regulation of inflammatory response / cellular response to lipopolysaccharide / regulation of inflammatory response / regulation of apoptotic process / endopeptidase activity / defense response to virus / microtubule / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to bacterium / cysteine-type endopeptidase activity / apoptotic process / nucleolus / signal transduction / protein-containing complex / proteolysis / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Caspase recruitment domain / Caspase-like / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Rossmann fold - #1460 / Peptidase C14 family / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 ...Caspase recruitment domain / Caspase-like / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Rossmann fold - #1460 / Peptidase C14 family / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Death-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-WE0 / Caspase-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Brethon, A. / Chantalat, L. / Christin, O. / Clary, L. / Fournier, J.F. / Gastreich, M. / Harris, C. / Pascau, J. / Isabet, T. / Rodeschin, V. ...Brethon, A. / Chantalat, L. / Christin, O. / Clary, L. / Fournier, J.F. / Gastreich, M. / Harris, C. / Pascau, J. / Isabet, T. / Rodeschin, V. / Thoreau, E. / Roche, D.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human Caspase-1 with 2-((2-naphthoyl)-L-valyl)-4-hydroxy-N-((3S)-2-hydroxy-5-oxotetrahydrofuran-3-yl)-2-azabicyclo[2.2.2]octane-3-carboxamide (Compound 1)
著者: Brethon, A. / Chantalat, L. / Christin, O. / Clary, L. / Fournier, J.F. / Gastreich, M. / Harris, C. / Pascau, J. / Isabet, T. / Rodeschin, V. / Thoreau, E. / Roche, D.
履歴
登録2016年12月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年11月13日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caspase-1
B: Caspase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9173
ポリマ－30,3912
非ポリマー5261
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5730 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area12680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.081, 63.081, 138.042
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-501-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Caspase-1 / CASP-1 / Interleukin-1 beta convertase / IL-1BC / Interleukin-1 beta-converting enzyme / IL-1 beta- ...CASP-1 / Interleukin-1 beta convertase / IL-1BC / Interleukin-1 beta-converting enzyme / IL-1 beta-converting enzyme / p45


分子量: 20001.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP1, IL1BC, IL1BCE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29466, caspase-1
#2: タンパク質 Caspase-1 / CASP-1 / Interleukin-1 beta convertase / IL-1BC / Interleukin-1 beta-converting enzyme / IL-1 beta- ...CASP-1 / Interleukin-1 beta convertase / IL-1BC / Interleukin-1 beta-converting enzyme / IL-1 beta-converting enzyme / p45


分子量: 10389.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP1, IL1BC, IL1BCE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29466, caspase-1
#3: 化合物 ChemComp-WE0 / (3~{S})-3-[[(3~{S})-2-[(2~{S})-3-methyl-2-(naphthalen-2-ylcarbonylamino)butanoyl]-4-oxidanyl-2-azabicyclo[2.2.2]octan-3-yl]carbonylamino]-4-oxidanyl-butanoic acid


分子量: 525.593 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H35N3O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.56 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M HEPES (pH 7.4), 2 M (NH4)2SO4, and 25 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.989 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.989 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 15845 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 43.68 Å2 / Net I/σ(I): 10.16
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
CNS精密化
Cootモデル構築
MOLREP位相決定
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→19.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.233 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.257 / SU Rfree Blow DPI: 0.204 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.198
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 789 4.99 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.2 15819 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 50.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.8572 Å20 Å20 Å2
2--2.8572 Å20 Å2
3----5.7143 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.15→19.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2009 0 38 121 2168
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012101HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.142836HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d759SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes51HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes315HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2101HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.29
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.22
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion279SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2497SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.3 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 161 5.76 %
Rwork0.208 2634 -
all0.212 2795 -
obs--99.68 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -28.5754 Å / Origin y: 16.6506 Å / Origin z: 3.2729 Å
111213212223313233
T0.023 Å20.0035 Å2-0.0308 Å2-0.1191 Å20.0342 Å2---0.304 Å2
L1.3459 °2-0.2305 °20.7049 °2-1.3435 °2-0.8137 °2--2.66 °2
S0.1299 Å °-0.0026 Å °-0.1585 Å °-0.0486 Å °-0.0715 Å °0.0103 Å °0.371 Å °0.3417 Å °-0.0585 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { *|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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