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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ll0 | ||||||
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タイトル | Structure of Polyphosphate Kinase 2 from Francisella tularensis SCHU S4 with polyphosphate | ||||||
![]() | Polyphosphate kinase 2 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Polyphosphate metabolism and nucleotide metabolism / Polyphosphate Kinase 2 enzyme | ||||||
機能・相同性 | ![]() phosphorus metabolic process / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; リン酸基に移すもの / polyphosphate kinase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Roach, P.L. / Parnell, A.E. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Substrate recognition and mechanism revealed by ligand-bound polyphosphate kinase 2 structures. 著者: Parnell, A.E. / Mordhorst, S. / Kemper, F. / Giurrandino, M. / Prince, J.P. / Schwarzer, N.J. / Hofer, A. / Wohlwend, D. / Jessen, H.J. / Gerhardt, S. / Einsle, O. / Oyston, P.C.F. / Andexer, J.N. / Roach, P.L. #1: ![]() タイトル: Biochemical and structural characterization of polyphosphate kinase 2 from the intracellular pathogen Francisella tularensis. 著者: Batten, L.E. / Parnell, A.E. / Wells, N.J. / Murch, A.L. / Oyston, P.C. / Roach, P.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 395.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 328.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 42.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 59.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32135.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Polyphosphate: Nine phosphates 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: ppk2, FTT_1564, BZ14_1190 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q5NEQ5, ATP-polyphosphate phosphotransferase #2: 化合物 | ChemComp-9PI / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.66 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 5 % Glycerol/PEG 4000, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5, 0.15 M Morpheus alcohols, 1 mM polyP, 5 mM MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92001 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.96→72.81 Å / Num. obs: 76026 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3czq 解像度: 1.96→59.142 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
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溶媒の処理 | VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.96→59.142 Å
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