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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5l27 | ||||||
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タイトル | Structure of CNTnw N149L in the intermediate 1 state | ||||||
![]() | Nucleoside permease | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / transporter / nucleoside / elevator-type alternate access | ||||||
機能・相同性 | ![]() pyrimidine- and adenosine-specific:sodium symporter activity / purine-specific nucleoside:sodium symporter activity / pyrimidine nucleoside transport / purine nucleoside transmembrane transport / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hirschi, M. / Johnson, Z.L. / Lee, S.-Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Visualizing multistep elevator-like transitions of a nucleoside transporter. 著者: Hirschi, M. / Johnson, Z.L. / Lee, S.Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 223 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 175.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44673.602 Da / 分子数: 3 / 変異: N149L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: nupC, HMPREF9370_1765 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-6ZL / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.18 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 50 mM Mg(OAc)2, 30% PEG400, 100 mM KCl, pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 4.1→37.64 Å / Num. obs: 16224 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.98 / Rpim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 7.3 |
反射 シェル | 解像度: 4.1→4.58 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / CC1/2: 0.69 / Rpim(I) all: 0.48 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5L26 解像度: 4.1→37.638 Å / SU ML: 0.64 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 36.51 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4.1→37.638 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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